培根認為人類必須重新開始科學工作。他自己并沒有提出一套完整的世界理論，他只是為科學標出范圍指出取得新成就的方法。為實現這一目的，他計劃寫他的巨著《偉大的復興》，這部書有六個部分，培根只完成了兩部分：《百科全書》或《學術的進展》以及《新工具》。他按照人類對心靈能力的運用，將知識領域或者“理智領域”劃分為歷史、詩歌和哲學（也就是記憶、想象和推理），并將每一部分又再分為許多具體部門。

哲學是理性的工作，它處理來源于感覺印象的抽象概念，其任務是根據自然規(guī)律和事實對這些概念進行結合和劃分。它包括：第一哲學、啟示神學、自然神學、形而上學、物理學、力學、魔術、數學、心理學和倫理學。第一哲學研究所有學科公用的概念和公理，研究我們現在所稱的科學范疇和科學預設。形而上學有兩個作用：發(fā)現永恒不變的物體形式和討論目的、目標、和最終因。物理學不討論最終因，因此德謨克利特沒有在這上面浪費時間，培根認為他比柏拉圖和亞里士多德更為深入地理解自然。最終因的學說沒有實踐價值，只是空洞的東西，就像獻身于上帝的處女。數學是形而上學的一個分支—是關于量的科學，而量是物質最根本、最抽象和可分離的形式之一。數學和邏輯學都應當是物理學的婢女，但是它們反而已經凌駕于物理學之上。但是培根并沒有否定數學對于形而上學、力學和“魔術”的重要性。

人的哲學包括人性哲學和市民或政治哲學。在前者中我們將之視為一個獨立的個體，在后者中他是社會的一員。人性哲學研究身體和靈魂以及二者之間的關系。其研究主題包括人類的痛苦、特權或者美德，人相學和對自然的夢的解釋，身體狀態(tài)（例如，在瘋狂或者神智錯亂的情形中）對心靈的影響，心靈對身體的影響，心靈的每一種功能在身體及其器官中的位置和處所，以及“醫(yī)學、美容術、運動和沉迷酒色”。培根認為人性科學包括作為精神—物理個體的人的全部知識。他的人性科學是綜合的哲學人類學，利用了更為專業(yè)的心理學和生理學研究。培根建立了科學的人文主義，這遠不同于文藝復興哲學家的古典人文主義，并注定要在20世紀由像約翰·杜威這樣的哲學家復興。

人類靈魂具有神圣的或理性的和非理性的部分。所有與前者有關的問題都必須交與宗教。有感覺的靈魂是物質性的，因熱而變得稀薄，成為不可見的，在更為高級的動物的情形中，靈魂主要位于頭部。靈魂的功能有理解、推理、想象、記憶、欲求、意志以及那些與邏輯學和倫理學有關的東西。對這些功能的原因必須從物理學上進行解釋。培根對隨意運動和感覺能力的討論是啟發(fā)性的。像物質性靈魂那樣細小而精微的氣息如何能夠推動像人類所處理和控制的物質性對象那樣粗重而堅實的物體的運動？知覺和感覺之間有什么差別？培根發(fā)現甚至無機物也有明顯的知覺能力，具有選擇與其自身相符者并避開與其自身不符者的傾向：磁石吸引鐵，水滴彼此結合，一物“感覺”另一物的影響，覺察到阻礙它的物體的離開，知覺散布于整個自然中。培根醉心于這樣的思辨，這表明他那個時代的人要拋棄關于生機勃勃的自然的中世紀觀念是多么困難。

邏輯學討論知性和理性；倫理學討論意志、欲望和情感；邏輯學產生決定，而倫理學則要求采取行動。邏輯的藝術是探究或發(fā)明、檢查或判斷、保管或記憶、論辯或陳述。歸納研究屬于判斷的藝術。倫理學描述善的本性，并為遵守這一本性制定規(guī)則。人由自私的和社會的沖動所驅動。個體的善—自我保存和防衛(wèi)—極不同于社會的善，并且通常與之相沖突，盡管它們有時候是一致的。社會的善被稱為義務。政府科學的任務在于發(fā)現正義和公共善的根源，即使當它們同個體的利益發(fā)生沖突，政府科學也要求人們遵守正義和公共善的主張。

哲學在廣義上位于知識金字塔的頂端。它建立在對于培根所建議的所有學科的公正、純粹和嚴格的探究上。培根的目的并不是要提供一個一般的體系，而是要“讓基礎更加牢固，并大大地拓展人類的力量和偉業(yè)的限度”。他并不相信已經是時候提出一個關于宇宙的推理性的理論；實際上，他似乎懷疑獲得這樣的知識的可能性。