在民國初期，國民政府將阿拉善厄魯特和碩特旗劃歸甘肅省所轄，并保留了封建王公世襲統(tǒng)治權(quán)。

國民黨時(shí)期，阿拉善厄魯特和碩特旗、額濟(jì)納舊土爾扈特旗直屬中央行政院蒙藏委員會(huì)管轄。

隨著歷史的發(fā)展，阿旗的隸屬關(guān)系也曾發(fā)生過一些變動(dòng)，主要有：1913年9月12日，北京政府命將寧夏鎮(zhèn)總兵改為寧夏護(hù)軍使，駐阿旗定遠(yuǎn)營(yíng)(今巴彥浩特鎮(zhèn)),阿旗軍務(wù)受其節(jié)制。1914年8月1日，北京政府命將鄂托克、烏審二旗劃歸綏遠(yuǎn)管轄；阿旗的行政事務(wù)仍由寧夏道尹處理，軍事防務(wù)歸寧夏護(hù)軍使節(jié)制。1921年7月1日，北京政府將寧夏護(hù)軍使改為鎮(zhèn)守使，阿旗軍務(wù)仍受其節(jié)制。                           

1926年冬，馮玉祥由五原誓師北伐時(shí)，平甘援陜，路經(jīng)水旱碼頭的阿旗老磴口（今阿左旗巴音木仁蘇木所在地），設(shè)置縣治（先為兵戰(zhàn)）。1928年11月，南京國民政府決定成立寧夏省；1929年1月，國民政府正式批準(zhǔn)將阿旗的磴口地區(qū)改設(shè)磴口縣，隸屬寧夏省。但在建縣問題上一直遭到阿拉善旗王府的反對(duì)。經(jīng)調(diào)解后，仍保留縣治，但地權(quán)仍歸阿旗所有，阿旗在磴口設(shè)蒙古總管公署，置邊官和部隊(duì)，和縣政府共存，使該地形成一地兩治局面。1936年4月，寧夏省與阿旗在磴口縣的土地權(quán)上發(fā)生糾紛，南京政府蒙藏委員會(huì)派唐柯三赴寧調(diào)處，結(jié)果議定：磴口縣的地權(quán)仍屬阿旗所有，行政權(quán)歸寧夏省方負(fù)責(zé)。

民國30年(1941年)4月1日，經(jīng)國民政府批準(zhǔn)，對(duì)寧夏省行政區(qū)劃進(jìn)行調(diào)整，變動(dòng)較大，同時(shí)在阿拉善旗設(shè)置“紫泥湖”設(shè)治局。民國36年(1947年)，寧夏省提出了阿拉善旗的隸屬關(guān)系問題，國民黨政府蒙藏委員會(huì)于同年4月16日訓(xùn)令答復(fù)：“阿拉善旗政府方面按蒙古盟旗組織法第四條仍隸屬中央；旗與省之關(guān)系就近接受西北行轅之督導(dǎo)；阿拉善旗的軍事事項(xiàng)由軍委駐旗軍事專員負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)處理，同時(shí)受西北行轅節(jié)制”。