1911年10月10日武昌起義爆發(fā)。

武昌起義后，民軍紛起，省自為政，步調(diào)不一。章炳麟曾大聲疾呼非統(tǒng)一不能集中力量推翻清廷。11月12日，江蘇都督程德全、浙江都督湯壽潛聯(lián)名電瀘軍都督陳其美，請各省推派代表至上海，仿美國十三州會議之制，建立中央政府，統(tǒng)一全國行動。15日，各省都督府代表聯(lián)合會在上海江蘇教育總召開，商議組織臨時政府。而湖北軍政府都督黎元洪在20日通電各省在武昌組織臨時政府。各省代表因武昌首舉義旗，決定“認鄂軍為民國中央軍政府，即以武昌都督府執(zhí)行中央政府政務，統(tǒng)籌全局，劃一軍令”。在瀘代表除留一人聯(lián)絡聲氣外30日齊聚武昌，假漢口英租界順昌洋行議定《臨時政府組織大綱》。時清軍進陷漢陽，武昌全城皆處于清軍在龜山的炮口之下，在此建都極不安全，宋教仁等力主擇地組織中央政府。

12月2日南京光復消息傳來，程德全急赴上海、與陳其美、湯壽潛于4日在上海召開各省留駐代表會議，決定臨時政府暫設南京，舉黃興為大元帥，黎元洪副之，電請在鄂代表赴寧議事；同日，在鄂各省代表也致電陳其美；公決臨時政府設于南京，七日內(nèi)各省代表須會南京。因黃興堅辭大元帥之職，17日各省代表在南京推黎元洪為大元帥，黃興為副元帥。

25日，長期在海外組織革命斗爭的孫中山回到上海，徐紹楨極力主張推選孫為臨時大總統(tǒng)，許多代表也認為孫中山為革命先覺，譽滿內(nèi)外，臨時大總統(tǒng)非他莫屬。29日，在南京召開直、奉、魯、汴、鄂、湘、桂、閩、晉、陜、滇、贛、皖、蜀、浙、蘇、粵17省代表會議，共45人，每一票，孫中山以16票當選為臨時大總統(tǒng)。

1912年1月1日，孫中山在南京就任，定國號為中華民國，以南京為首都。

讓人頗感意外的是，孫中山建都南京的主張，竟然遭到包括革命黨人自身在內(nèi)的大多數(shù)人的反對。不僅袁世凱陣營和張謇等立憲派人士主張建都北京，帶有革命黨機關(guān)報性質(zhì)的《民立報》、革命黨人中的領(lǐng)袖人物章太炎、宋教仁以及大多數(shù)獨立各省的都督也都主張建都北京，甚至連曾經(jīng)主張或參加北伐的革命黨軍隊高級將領(lǐng)朱瑞、姚雨平等人也贊成建都北京。

對于建都南京，當時就有人評論曰:“自古江南形勝，必曰金陵，曩者洪楊發(fā)難，破上游，名城十數(shù)皆棄置不守，直趨江寧而據(jù)有之。其后清人竭天下之全力，十余年而后克舉。故東南有事，江寧必為首先攻占之區(qū)，地利之勢也?！薄叭辉O武昌不陷，江寧豈為民國首都耶?……”

章太炎也在1912年初致信南京參議會，提出：“謀國是者，當規(guī)度利病，顧瞻全勢，慎以言之，而不可以意氣爭也”，更不能“忘國家久安之計，而循朋友利祿之情?！彼鞔_主張建都北京，并列述南京建都的五害：

其一害，廣大的北方失去了文化和政治經(jīng)濟中心的影響和統(tǒng)治力，政府“威力必不能及長城以外”；

其二害，文化的影響力不及，“是將北民化為蒙古”；

其三害，若袁氏被迫南遷，日俄會乘機侵及東北，中原失重，國體將土崩瓦解；

其四害，政府南來，蒙古諸王相擁戴，使南北分裂；

其五害，若政府和使館南遷，耗資極大，民窮財盡。

面對反對者的洶洶聲浪，孫中山仍然強調(diào)首都選擇應能體現(xiàn)民國共和體制之新。

在建都之爭中，孫中山極為孤立，革命黨領(lǐng)袖人物中只有黃興一人站在孫中山一邊。當時宋教仁等一些參議員也傾向于建都北京。

2月14日,參議院討論臨時政府設置地點問題，參加投票者28人，主北京者20票，主南京者5票，主武昌者2票，主天津者1票。

孫中山接到參議院的議決案后，異常氣憤。一面依法咨交參議院復議，仍主定都南京；一面急召參議院中的同盟會員李肇甫、黃復生等，嚴責他們不應為袁氏張目。黃興尤其怒不可遏，聲色俱厲地對他們說：“政府決不為此委屈之手續(xù)，議院自動翻案，盡于今日，否則吾將派憲兵入院，縛所有同盟會員去！”

在孫、黃的嚴責下，參議院于2月15日舉行復議，參加投票者27人，以19票多數(shù)通過建都南京。此外，6票主北京（直隸、奉天、江蘇、云南、陜西、山西6?。?，2票主武昌。會議終于通過了孫中山的主張，建都南京。

為什么孫中山一定要建都南京呢？

首先，同盟會的根基和影響在東南沿海，特別是在江浙一帶；其次， 江浙一帶，經(jīng)濟發(fā)達，交通便利，百姓富裕，歷來是國家稅收的主要來源地；第三，日本方面對孫中山等人的影響是一個不容回避的因素。日本很多人士主張民國政府的政治中心放在南京，免受封建王朝及其思想的影響。不過日本人看似好心卻包藏禍心，他們是借中國的政治中心南移，削弱中國對北方疆域的關(guān)注和防御，以便利于它對外蒙古和東北的擴張。

從歷史發(fā)展的實際情況看，章太炎所憂慮的建都南京后，蒙古分裂、日軍侵占東北等問題，也都不幸被其言中了。