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今天跟大家分享的是發(fā)表在NATURE COMMUNICATIONS雜志上的一則一篇文章：Single-cell RNA-seq enables comprehensive tumor and immune cell profiling in primary breast cancer，本文主要講述了乳腺癌亞型間的表達(dá)譜異質(zhì)性和免疫細(xì)胞譜異質(zhì)性。

方法

①臨床標(biāo)本

共計(jì)11個(gè)病人的數(shù)據(jù)，涵蓋了4種乳腺癌的分類

·ER-positive (BC01 and BC02; luminal A)

·ER/HER2-positive (BC03; luminal B)

·HER2-positive (BC04, BC05 and BC06; HER2)

·triple-negative (BC07–BC11; TNBC) invasive ductal carcinoma

②單細(xì)胞測(cè)序

使用C1 Single-Cell Auto Prep System捕獲單細(xì)胞，顯微鏡檢查，建庫使用 SMARTer Ultra Low RNA Kit.

*去除低質(zhì)量細(xì)胞：

·(1) number of total reads;

·(2) mapping rate;

·(3) number of detected genes;

·(4) portion of intergenic region.

*去除低質(zhì)量基因

·First, TPM values < 1 were considered unreliable and substituted with zero.

·Second, TPM values were log2-transformed after adding a value of one.

·Third, genes expressed in < 10% of all tumour groups were removed.

最后剩下515單細(xì)胞和17,779基因。

③拷貝數(shù)變異、通路活性分析和TNBC亞型分析

測(cè)序結(jié)果可靠性驗(yàn)證

單細(xì)胞測(cè)序與單細(xì)胞qPCR結(jié)果相關(guān)性較高。

scRNA測(cè)序與bulk轉(zhuǎn)錄組結(jié)果相關(guān)性也較高，但似乎也不是特別高。

細(xì)胞亞群分類

可以看出來腫瘤微環(huán)境中不止有腫瘤細(xì)胞，還有大量非腫瘤細(xì)胞。

依據(jù)單細(xì)胞表達(dá)譜推斷CNV，隨后區(qū)分出腫瘤細(xì)胞、免疫細(xì)胞和基質(zhì)細(xì)胞。

可以看出來單細(xì)胞推斷CNV與WES推斷CNV結(jié)果相關(guān)性較高。

可以看出來單細(xì)胞CNV推斷基質(zhì)與免疫細(xì)胞可以使用ESTIMATE驗(yàn)證。

腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性研究

腫瘤細(xì)胞病人間異質(zhì)性較強(qiáng)，免疫細(xì)胞病人間異質(zhì)性較弱。

計(jì)算ER和HER2分?jǐn)?shù)，發(fā)現(xiàn)腫瘤細(xì)胞中存在不同的亞群，尤其是HER2型，這可能是其耐藥的原因。

一些通路活性分析。

干性、EMT、血管生成具有較強(qiáng)相關(guān)性，但是同時(shí)具有兩種功能的細(xì)胞不多，可能這些罕見細(xì)胞就是預(yù)轉(zhuǎn)移細(xì)胞。

差異分析與GSVA通路活性分析

TNBC亞型分析

腫瘤微環(huán)境——免疫微環(huán)境

一些標(biāo)志物，來源于文獻(xiàn)整理

主要利用標(biāo)志物區(qū)分不同細(xì)胞，同時(shí)對(duì)于每一種免疫細(xì)胞區(qū)分促癌與抑癌的細(xì)胞，并找到不同細(xì)胞功能之間的差別，如凋亡、細(xì)胞因子、增殖和生發(fā)中心等。

總結(jié)

本文是較早期的一篇單細(xì)胞文章，現(xiàn)在看起來可能簡(jiǎn)單了一些，但是由于本文的工作都非常細(xì)致，因此有許許多多值得我們學(xué)習(xí)的地方。比如如何分析PCR和轉(zhuǎn)錄組的相關(guān)性？如何分析免疫熒光和轉(zhuǎn)錄組的相關(guān)性？如何分析WES推斷CNV和轉(zhuǎn)錄組推斷CNV的相關(guān)性？因此，如果想要入門單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的同學(xué)，可以花點(diǎn)時(shí)間重復(fù)一下這篇文章。