寫(xiě)在前面沒(méi)有系統(tǒng)地學(xué)過(guò)生信，當(dāng)時(shí)靠著導(dǎo)師的“威逼”，在學(xué)長(zhǎng)的指導(dǎo)下學(xué)了perl，然后開(kāi)始了邊學(xué)邊用的生信路程。 回頭去看，才意識(shí)到基礎(chǔ)有多不扎實(shí)。所以現(xiàn)在但凡遇到+解決一點(diǎn)小問(wèn)題，都盡量歸納整理出來(lái)。 之前用IGV去看比對(duì)情況，直接導(dǎo)入bam文件(一個(gè)外顯子的比對(duì)文件6G左右），結(jié)果筆記本就卡頓了，特別不順。當(dāng)時(shí)因?yàn)椴恢保簿蜎](méi)想過(guò)要去了解變通方案。 可以將bam轉(zhuǎn)為tdf文件。tdf文件很小，再也不用擔(dān)心IGV卡頓了。但是tdf文件只能反映基因組每個(gè)區(qū)域的測(cè)序深度，無(wú)法看到具體的比對(duì)情況，適合用來(lái)check找到的peak或者CNV。 實(shí)戰(zhàn)#安裝igvtoolsconda install igvtools#remove duplicated readssamtools rmdup -s sample.bam sample.rmdup.bam samtools index sample.rmdup.bam#自定義genome的chrom.sizes文件 （根據(jù)bam的header獲得），這里需要根據(jù)具體的header來(lái)去除相應(yīng)的行，僅保留染色體名稱和長(zhǎng)度信息samtools view -H sample.rmdup.bam | awk -F '[\t:]' '{print $3'\t'$5}' | grep -v 'coordinate' | grep -v 'bwa' | grep -v 'SAM' >mm10.chrom.sizescp mm10.chrom.sizes /root/miniconda2/share/igvtools-2.3.93-0/genomes/#從bam生成tdfigvtools count -z 5 -w 10 -e 0 sample.rmdup.bam sample.tdf mm10 #-w The window size over which coverage is averaged. Defaults to 25 bp.#The count command computes average feature density over a specified window size across the genome.#The input file must be sorted by start position. See the sort command below.#會(huì)調(diào)用 /root/miniconda2/share/igvtools-2.3.93-0/genomes/mm10.chrom.sizes 文件，需要chrom名字對(duì)應(yīng)導(dǎo)入樣本的tdf文件：File >>> Load from file Note : 如果發(fā)現(xiàn)一片空白，好像啥都沒(méi)有，不要心慌?？赡苤皇秋@示了全基因組，信息太多沒(méi)顯示出來(lái)，選擇其中一條染色體，也就是縮小顯示范圍，就能看到希望的柱子了。O(∩_∩)O哈哈~ |
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