一、原核重組表達抗原方案設計

1．原核重組表達方案設計

分析蛋白性質性質和特點，根據(jù)實際應用目的制定抗原制備方案。

1）基本性質分析:查看蛋白質修飾情況（糖基化、羥基化、磷酸化、甲?；龋?、結構域特點、剪切加工等情況，如果蛋白質有后加工，應該盡可能選擇一個完整“成熟體”區(qū)段進行分析。常用網站：(Http://www.)。

2）分析跨膜區(qū)分析：進行跨膜分析最常用的網站（http://www.cbs./services/TMHMM-2.0/），只需要將蛋白整個序列直接拷貝進文本框，即可直接分析。

3）同源性分析：通過NCBI軟件分析其在同物種中與其他蛋白同源性，這就是所謂的特異性原則；同時要檢索其與被免疫宿主的同源性,避免宿主“免疫耐受”。

4）親水性/免疫原性分析：用DNASTAR軟件進行分析預測。

5）稀有密碼子分析：稀有密碼子分析一般使用以下網站（http://people.mbi./sumchan/caltor.html），只要將序列輸入即可查看結果；連續(xù)出現(xiàn)兩個或者兩個以上的稀有密碼子就有可能使表達變得極為困難。

作為抗原使用的重組蛋白如果獲得全長有困難，可以截取其中抗原性比較好的區(qū)段部分重組表達。

經以上幾步分析之后，如果我們決定要截取其中片段表達，我們需要遵循以下原則：

1）選取某個目標蛋白“成熟體”區(qū)段序列作為表達序列。

2）避開跨膜蛋白的“膜內區(qū)”。

3）避開與本體其他蛋白和免疫宿主“同源區(qū)”。

4）選取親水性和免疫原性都較好的區(qū)段。

5）選取的區(qū)段盡可能長（100氨基酸以上）。

符合以上原則的區(qū)段如果氨基稀有密碼子太多或比較集中，需要對其密碼子進行優(yōu)化，優(yōu)化到大腸桿菌比較偏愛的密碼子；如果符合以上原則的區(qū)段比較短或者不集中，這時可考慮通過合成多肽制備抗原。