太祖洪武二年(1369)降瑞安、平陽(yáng)兩州為縣，溫州府轄永嘉、樂(lè)清、瑞安、平陽(yáng)4州縣。在府城設(shè)溫州衛(wèi)，衛(wèi)指揮使司在府治東原郡署處(今鹿城區(qū)公安局)，下轄前、后、左、右、中5個(gè)千戶(hù)所。建溫州衛(wèi)平陽(yáng)守御千戶(hù)所，有千戶(hù)等官18員，旗軍1232名，隸溫州衛(wèi)，設(shè)江口和鎮(zhèn)下二關(guān)。

　　為防止倭寇侵?jǐn)_，在縣城增設(shè)備倭守備。海防承宋制，設(shè)陸汛13處，其中右營(yíng)游擊所轄陸汛均在甌江以南。城守營(yíng)都司所轄陸汛，有七汛在現(xiàn)永嘉縣境內(nèi)。分別為羅浮汛、楓林汛、西洲汛、韓埠汛、河田岸汛、烏牛汛、碧蓮汛。

　　五月，倭寇掠溫州、樂(lè)清及中界山等地。方國(guó)珍及張士誠(chéng)余黨亡命入海，勾結(jié)倭寇擄掠永嘉、樂(lè)清、玉環(huán)山及中界山(今洞頭)等沿海村莊。倭患擾溫始于此。自明太祖洪武二年到明毅宗崇禎五年(1369—1632)，在這263年里，倭寇多次侵?jǐn)_溫州。

　　太祖洪武三年(1370)降平陽(yáng)州、瑞安州為縣。改州學(xué)為縣學(xué)。

　　是年，瑞安設(shè)江南總鋪(飛云鋪)及江南驛道，與今瑞平塘河并行，南通平陽(yáng)縣治。

　　是年，明代詩(shī)文家、平陽(yáng)張著(字則明，號(hào)永嘉子)中直隸鄉(xiāng)試，授膚施縣知縣，后升江西臨江府同知。博學(xué)工詩(shī)，元至正(1341—1367)間游學(xué)姑蘇(常熟)，因兵亂道梗，不得歸，定居常熟，學(xué)者爭(zhēng)師之。舉薦為州學(xué)訓(xùn)導(dǎo)，便居家于此。享年60歲。平生詩(shī)文甚富，著有《永嘉集》，另與金文徵、黃廷玉唱和，有《長(zhǎng)安唱和詩(shī)集》。撰《易經(jīng)精義》，已佚。

　　太祖洪武四年(1371)為防止沿海居民支助方國(guó)珍，下詔“禁?！薄敖麨l海民不得私自出?！薄案矣兴脚c諸番互市者，必置之重法”。

　　在此前后，詔定騶搖為“漢東甌王”。

　　是年，溫州知府湯遜重修元至正末戰(zhàn)火毀壞的溫州府學(xué)。

　　太祖洪武五年(1372)溫州衛(wèi)設(shè)沿海巡檢司10處，管轄93處烽堠。建梅頭巡檢司城。二十年(1387)，巡檢司遷東山，并筑城。六月，倭寇犯平陽(yáng)縣境，平陽(yáng)所百戶(hù)王星義率兵星夜往擊，寇敗退?？h人孔旸為作《王將軍破倭寇序》以紀(jì)其事。

　　是年，平陽(yáng)徐興祖(字宗起)舉于鄉(xiāng)，為溫州府學(xué)訓(xùn)導(dǎo)、教授。受學(xué)于史伯璇，黃淮是他再傳弟子。以性理之學(xué)開(kāi)導(dǎo)諸生，登顯仕者眾。撰有《易經(jīng)講義》，已佚。