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請(qǐng)查收這篇來(lái)自Cancer Science 的4.6分免疫浸潤(rùn)模型

 昵稱(chēng)69125444 2020-05-07

術(shù)語(yǔ)

· CIBERSORT Newman等開(kāi)發(fā)的分析工具,使用基因表達(dá)數(shù)據(jù)來(lái)估計(jì)混合細(xì)胞群體中成員細(xì)胞類(lèi)型的豐度,被廣泛用于腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞的估計(jì);

· LM22 包含了547個(gè)基因在內(nèi)的signature 矩陣,能夠精確區(qū)分從外周血或體外培養(yǎng)條件中分離出的22種成熟的人造血細(xì)胞群;

· RFS (relapse free survival)無(wú)復(fù)發(fā)生存期,或無(wú)病生存期,從隨機(jī)化開(kāi)始至疾病復(fù)發(fā)或(因任何原因)死亡之間的時(shí)間,最常用于根治性手術(shù)或放療后的輔助治療的研究;





1.研究思路

·  數(shù)據(jù)來(lái)源:TCGA數(shù)據(jù)庫(kù),ESCA, STAD, LIHC,PAAD, COAD, READ;GEO數(shù)據(jù)集

·  基于CIBERSORT結(jié)果進(jìn)行l(wèi)asso回歸分析,用于診斷模型的構(gòu)建,并進(jìn)行驗(yàn)證

·  基于CIBERSORT結(jié)果進(jìn)行預(yù)后模型的構(gòu)建和驗(yàn)證,并比較預(yù)后模型、TNM、列線圖的c-index,以確定預(yù)測(cè)效果

·  基于PIS和臨床信息進(jìn)行列線圖的構(gòu)建和驗(yàn)證

·  依據(jù)免疫細(xì)胞比例,對(duì)腫瘤病人進(jìn)行無(wú)監(jiān)督聚類(lèi),最后確定為6類(lèi),并進(jìn)行生存曲線的繪制和PIS分布的比較





2.結(jié)果

2.1 消化系統(tǒng)腫瘤中DIS(診斷免疫評(píng)分)的構(gòu)建和驗(yàn)證

利用了CIBERSORT網(wǎng)站對(duì)表達(dá)矩陣進(jìn)行處理,參考集是LM22 signature并置換1000次;結(jié)果圖里,同樣看到了熟悉的火山圖,但這里的點(diǎn)代表的已經(jīng)不是基因,而是免疫細(xì)胞了,代表的是免疫細(xì)胞比例的差異;將樣本分為訓(xùn)練集和驗(yàn)證集,進(jìn)行lasso回歸分析(點(diǎn)擊查看),得到DIS的計(jì)算公式;在訓(xùn)練集、驗(yàn)證集和整個(gè)數(shù)據(jù)集繪制ROC曲線;關(guān)于DIC的一些更詳細(xì)的結(jié)果,在補(bǔ)充材料里可以找到;這里用到的數(shù)據(jù)包括腫瘤和正常樣本,大思路是,lasso回歸得到的結(jié)果應(yīng)能區(qū)分樣本是否為腫瘤;

2.2 消化系統(tǒng)腫瘤中PIS(預(yù)后免疫評(píng)分)的構(gòu)建和驗(yàn)證

相較DIS,PIS是預(yù)后指標(biāo),所以,用到的數(shù)據(jù)是腫瘤樣本數(shù)據(jù);同樣是lasso回歸后,得到PIS的計(jì)算公式;繪制ROC曲線,在訓(xùn)練集、驗(yàn)證集和整個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行生存曲線的繪制;三個(gè)生存曲線的結(jié)果一致,均是,PIS高,預(yù)后差;

2.3 PIS(預(yù)后免疫評(píng)分)與TNM進(jìn)行預(yù)后比較

這里采用了DCA分析,PIS與傳統(tǒng)的TNM分級(jí)進(jìn)行比較,認(rèn)為使用PIS預(yù)測(cè)病人的RFS比使用TNM分級(jí)進(jìn)行預(yù)測(cè)獲益大,分別在訓(xùn)練集、驗(yàn)證集和整個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行了DCA曲線的繪制;表格展示的是PIS、TNM、Nomogram的c-index,c-index越高即預(yù)測(cè)效果越好;

2.4 消化系統(tǒng)腫瘤病人的列線圖構(gòu)建和驗(yàn)證

基于PIS和臨床信息進(jìn)行列線圖的構(gòu)建,同時(shí)在訓(xùn)練集、驗(yàn)證集和整個(gè)數(shù)據(jù)集都觀察到預(yù)測(cè)結(jié)果和實(shí)際具有較好的一致性;

2.5 基于免疫浸潤(rùn)區(qū)分不同免疫亞型

基于644個(gè)消化腫瘤病人的免疫浸潤(rùn)情況,進(jìn)行無(wú)監(jiān)督聚類(lèi),區(qū)分出6個(gè)免疫亞型;對(duì)分出的6個(gè)免疫亞型進(jìn)行生存曲線的繪制并展示了不同亞型的PIS分布情況;生存曲線和PIS分布共同印證了亞型5和亞型6復(fù)發(fā)概率高;

結(jié)語(yǔ)

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