經(jīng)過靖難之役的磨難，朱棣終于于建文四年（1402年）在南京奉天殿修成正果，登上了期望已久的龍椅，完成了生平第一個(gè)大愿。由于朱棣藩王時(shí)期，長年鎮(zhèn)守于北平，是以他對自己這個(gè)“龍興之地”非常的有感情。同年12月18日，朱棣下詔賦予了北平“北京”的稱號(hào)，同時(shí)宣布將首都遷往自己的“龍興之地”。第二年的二月，又將北平給名應(yīng)天府，“北京”的稱呼又一次被更改了，這一次的定位是“行在”。

朱棣元年（1403年），朱棣命人將直隸、江蘇的百姓適當(dāng)?shù)倪w入北京，增加北京的生氣。并且還要長江沿岸各省督造大型船只200艏，用以向北京地區(qū)運(yùn)送糧食。解決了人口糧食問題之后，就要解決管理問題了，隨后朱棣又在北京設(shè)立了管理機(jī)構(gòu)，“行在六部”，完整的一套行政班子在北京落地生根，負(fù)責(zé)北京事宜。永樂五年，物資的籌備工作準(zhǔn)備就緒，北京城的修建工作正式拉開了帷幕。

永樂十八年九月，朱棣下詔，次年正月開始，北京正式稱為“京師”。而南京的所有行政機(jī)構(gòu)前面都要加上“南京”二字，以作區(qū)處，同年11月，聲勢浩大的遷都隊(duì)伍揮別南京。第二年正月，朱棣在北京的大殿里接受了百官的朝賀，這也就意味著北京的“京師”之名是名實(shí)相副了，南京則正式成為陪都。

永樂22年，名成祖朱棣去世，他的尸骨未寒，因諫言還都南京而獲罪的原戶部尚書夏原吉就被新皇帝赦免了大罪。剛剛獲得自由的夏原吉就將還都南京這件舊事重提，以此來緩解漕運(yùn)所帶來的經(jīng)濟(jì)壓力，緩解朝廷諸多矛盾。數(shù)日后，太子朱高熾繼位，是為“明仁宗”。仁宗皇帝繼位之初就緊急叫停了成祖時(shí)期耗資巨大的鄭和下西洋的項(xiàng)目，并停了諸多建設(shè)材料的采買工作。整個(gè)太子生涯都是在南京度過的仁宗皇帝，是傾向于還都南京的，而在眾大臣的一次次諫言中，他還都的意愿日堅(jiān)，那里畢竟是他的“龍興之地”。

然而，世事無常，正當(dāng)仁宗皇帝準(zhǔn)備大展抱負(fù)之際，一場疾病卻是要了他的命。即使是在彌留之際，仁宗皇帝也沒有忘記還都之事，他下詔要求新君和大臣們完成他的這一未遂心愿。但是繼位之君卻對還都南京之事心存顧忌，因?yàn)槿首谠谖粫r(shí)期，南京的地震就比以前頻繁了許多，這樣的變故不僅是新君朱瞻基有所顧忌，就是以前支持還都的大臣們也產(chǎn)生了強(qiáng)烈的恐懼。這些變故還是在朱瞻基在南京做太子的時(shí)候發(fā)生的，給他的心里留下了不可逆轉(zhuǎn)的陰影，如果再去南京，無疑是和死神比鄰而居。

宣德三年（1428年），北京的六部職責(zé)又被重新恢復(fù)起來，加上皇帝常年都在北京，所以北京又回到了有實(shí)無名的首都時(shí)代。此時(shí)的朱瞻基既不想還都南京，又想留下孝順的美名，所以他就長期保留了北京“行在”的地位。他的考慮也是有道理的，這都已經(jīng)遷都北京好幾年了，再遷回去就又要耗費(fèi)大量的人力物力，更重要的是蒙古早就虎視眈眈了，再由于遷都引發(fā)外敵，那就得不償失了。有了這樣“充分”的理由，朱瞻基直到駕崩也沒有回南京的打算。

至此，4代皇帝歷時(shí)74年的兩京“首都”之爭就此落幕。明朝真正開始了北京的發(fā)展之旅，北京也見證了明朝的興衰歷程。