1 蛋白性質(zhì)（protein properties）

1）氨基酸數(shù)量、等電點(diǎn)和相對(duì)分子質(zhì)量預(yù)測(cè)：

http://web./compute_pi/
將所有的蛋白序列整理成以下形式，批量計(jì)算。
ps：CDS長(zhǎng)度批量計(jì)算可以利用序列比對(duì)工具。

蛋白序列.png

批量操作.png

其他網(wǎng)站：
https://web./protparam/
https://web./protscale/

2 亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)（Subcellular localization）：

· 文件準(zhǔn)備：蛋白序列，上傳即可。

在線工具：
· CELLO：http://cello.life./
· WoLF PSORT: https://wolfpsort./
· Cell-PLoc 2.0 ：http://www.csbio./bioinf/Cell-PLoc-2/
· TargetP：http://www.cbs./services/TargetP/

2 基因結(jié)構(gòu)分析（gene structure analysis）

1）在線網(wǎng)站GSDS2.0（Gene Structure Display Server 2.0）：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/

2）數(shù)據(jù)準(zhǔn)備：gene&CDS序列或者gff3或者bed格式；可調(diào)整輸出的順序（outorder），修改label為Exon，可添加結(jié)構(gòu)域存在區(qū)段。參看。

3）基因結(jié)構(gòu)常見統(tǒng)計(jì)信息：自己excel或?qū)懗绦蚪y(tǒng)計(jì)

· The number of intron and exon.
· The splicing intron pattern inculding 0,1,2 phase.
· The marked region. For example kinase domain.
· sequence length.
· UTR

3 保守結(jié)構(gòu)域和模體分析（conserved motif and motif annotate）

1 ）保守domain：上傳蛋白序列即可

phmmer search | HMMER：上傳序列，確定domain（鏈接到Pfam）
Pfam search：google瀏覽器可以使用，有的瀏覽器打不開
SMART
NCBI Batch CD- search.：上傳序列（包含多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，結(jié)果可能不一樣）

2） motif分析：上傳蛋白序列即可，可調(diào)整模體數(shù)量

MEME suite：http:///tools/meme

注意：蛋白序列文件要求輸出順序時(shí)，輸入文件中順序要調(diào)整好

3）Motif注釋(不同網(wǎng)站結(jié)果有點(diǎn)不一致，大致參考)

ScanProsite: (https://prosite./scanprosite/)
BoxShade Server：https://embnet./software/BOX_form.html

注意：

基因結(jié)構(gòu)，保守模體和保守結(jié)構(gòu)域都可以用TBtools繪制。
再一次感謝CJ~