1，        質(zhì)粒的構(gòu)建：啟動子的選擇
啟動子的選擇對于轉(zhuǎn)染基因的有效表達是非常重要的。對于轉(zhuǎn)染過程本身雖然無甚影響，但是對轉(zhuǎn)染結(jié)果卻有著微妙的影響。
2，        質(zhì)粒的大小和質(zhì)量
線性化還是超螺旋會影響轉(zhuǎn)染結(jié)果：超螺旋質(zhì)粒的轉(zhuǎn)染效率比線性DNA高得多，特別是瞬時轉(zhuǎn)染。而線性化DNA轉(zhuǎn)染的整合幾率高。質(zhì)粒太大了轉(zhuǎn)染會困難一些。畢竟，相對致密、較小的外源異物被細胞內(nèi)吞的幾率要大一些。如果你的質(zhì)粒正好比較大，又沒有經(jīng)驗，選擇特別注明可以轉(zhuǎn)大質(zhì)粒的轉(zhuǎn)染試劑成功幾率會高一些。有的轉(zhuǎn)染試劑還會提供一些促進DNA凝聚的成分，使得DNA形成轉(zhuǎn)染復(fù)合物時更致密一些，更容易轉(zhuǎn)染一些。純化質(zhì)粒的質(zhì)量也會影響轉(zhuǎn)染效率，一定要選擇高質(zhì)量的質(zhì)粒。
3，        質(zhì)粒DNA的濃度和量
既然質(zhì)粒純化已經(jīng)不成問題，初學者通常都不會在乎甚至愿意多加點DNA，但是要注意的是，DNA量過少固然轉(zhuǎn)染效率不高，DNA量過多同樣會降低轉(zhuǎn)染效率。所以預(yù)實驗需要按照說明書的要求，按一定比例混合適量的質(zhì)粒DNA和轉(zhuǎn)染試劑。有的轉(zhuǎn)染試劑要求DNA的量多些，有的轉(zhuǎn)染試劑效率高只要很少DNA。
4，        轉(zhuǎn)染試劑的選擇
在確定了質(zhì)粒的質(zhì)量之后，就要考慮轉(zhuǎn)染試劑的選擇了。目前大多數(shù)用的是脂質(zhì)體類的轉(zhuǎn)染試劑，但這類試劑的毒性較大，轉(zhuǎn)染效率低，最好選擇非脂質(zhì)體的轉(zhuǎn)染試劑，如Entranster試劑。