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1.純化siRNA
siRNA的濃度和純度對轉染實驗非常重要。為得到高純度的siRNA，推薦用玻璃纖維結合，洗脫或通過15-20%丙烯酰胺膠除去反應中多余的核苷酸，小的寡核苷酸，蛋白和鹽離子。注意：化學合成的RNA通常需要跑膠電泳純化（即PAGE膠純化）。
2.避免RNA酶污染
微量的RNA酶將導致siRNA轉染實驗失敗。由于實驗環(huán)境中RNA酶普遍存在，如皮膚，頭發(fā)，所有徒手接觸過的物品或暴露在空氣中的物品等，因此保證實驗中的每個環(huán)節(jié)不受RNA酶污染非常重要。
3.健康的細胞培養(yǎng)物和嚴格的操作確保轉染的重復性
通常，健康的細胞轉染效率較高。此外，較低的傳代數能確保每次實驗所用細胞的穩(wěn)定性。為了優(yōu)化實驗，推薦用50代以下的轉染細胞，否則細胞轉染效率會隨時間明顯下降。
4.選擇合適的轉染試劑
針對siRNA制備方法以及靶細胞類型的不同，選擇好的轉染試劑和優(yōu)化的操作對siRNA實驗的成功至關重要。如engreen的Entranster-R4000，專門針對siRNA等RNA轉染。
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