引導基金的管理方式主要有以下幾種：

一、是成立獨立的事業(yè)法人主體作為基金的管理機構。比如深圳市創(chuàng)業(yè)投資引導基金，專門成立了深圳市創(chuàng)業(yè)投資引導基金管理委員會辦公室（市創(chuàng)投辦），負責引導基金的日常管理工作；南京市創(chuàng)業(yè)投資引導基金的日常管理運作，也是由專門成立的南京市創(chuàng)業(yè)投資發(fā)展中心負責。

二、是委托地方國有資產(chǎn)經(jīng)營公司或政府投資平臺公司負責引導基金的管理運作。比如石景山區(qū)創(chuàng)業(yè)投資引導基金是以石景山區(qū)國有資產(chǎn)經(jīng)營公司作為受托管理機構，負責引導基金的運作；石家莊市創(chuàng)業(yè)投資引導基金委托石家莊發(fā)展投資有限公司負責具體投資運作。

三、是委托地方國有創(chuàng)投企業(yè)負責引導基金管理運作。如蘇州工業(yè)園區(qū)創(chuàng)業(yè)投資引導基金的管理機構為蘇州元禾控股集團，上海市創(chuàng)業(yè)投資引導基金由上海創(chuàng)業(yè)投資有限公司作為管理機構，廣州市創(chuàng)業(yè)投資引導基金則委托廣州市科技風險投資公司管理。

四、是成立引導基金管理公司或者由公司制引導基金自行管理。前者如北京股權投資發(fā)展基金管理有限公司、浙江省創(chuàng)業(yè)風險投資引導基金管理有限公司，此類公司并非引導基金的出資主體，而僅作為受托機構負責基金管理運作；后者如上海浦東科技投資有限公司、成都銀科創(chuàng)業(yè)投資有限公司等，由公司內(nèi)部團隊負責基金管理運作，內(nèi)部治理按照《公司法》執(zhí)行。

五、是委托外部專業(yè)管理機構負責引導基金管理。如上海楊浦區(qū)人民政府引導基金委托美國硅谷銀行，金山區(qū)、閔行區(qū)創(chuàng)業(yè)投資引導基金委托盛世投資，紹興市創(chuàng)業(yè)投資引導基金委托凱泰基金等。此外，2009年成立的安徽省創(chuàng)業(yè)（風險）投資引導基金、2012年成立的荊州市創(chuàng)業(yè)（產(chǎn)業(yè)）投資引導基金均曾委托浦東科投作為其管理機構，也可算作委托專業(yè)機構管理的典型代表。

在基金管理費方面，對于引導基金管理機構來說，一般會得到2%左右的固定管理費。由于多數(shù)引導基金出于政策導向，主要以帶動社會資本參與創(chuàng)業(yè)投資為主要目的，并無營利要求，因此，管理機構獲得業(yè)績分成的情況并不常見。