東西方教會分裂以后，東正教會陷于極端的孤立之中。在理論上，君士坦丁堡大主教是東方各教會（安條克、亞歷山大里亞、耶路撒冷）的最高主宰，但由于它們都處于阿拉伯人統(tǒng)治之下，君士坦丁堡教會和拜占庭的皇帝從這種領(lǐng)屬關(guān)系中不可能得到任何好處。

相反，西方羅馬教廷卻可以通過其分布在西歐各國和封建領(lǐng)地上的教會，獲得源源不斷的什一稅收入和干預(yù)各國、各地區(qū)內(nèi)政的權(quán)力。自克呂尼改革后，經(jīng)過“政教之爭”，西方羅馬教會的首領(lǐng)一一羅馬教皇的權(quán)力達到了中世紀世界的頂峰。在西歐的政教斗爭中，教皇仍然保持了長時期的優(yōu)勢，并一直企圖主宰西歐幾個主要封建君主的命運。

同一時期，自拜占庭強有力的皇帝瓦西里二世逝世后，其國勢江河日下。在其內(nèi)部，以自由小土地所有者和軍農(nóng)為主體的拜占庭軍區(qū)制趨于瓦解，地方割據(jù)勢力日趨嚴重?！捌章迥醽喼啤保幢O(jiān)領(lǐng)地制或恩地制）的全面推行，使農(nóng)民多淪為束縛在土地上的農(nóng)奴，大封建貴族的特權(quán)也得到了國家的承認。

此后，國家已經(jīng)沒有一支常備軍，只是在需要時由各大監(jiān)領(lǐng)地主們提供了相應(yīng)數(shù)量的騎兵或步兵，不足之處則由雇傭兵頂替。在此嚴峻時刻，來自東方亞歐草原的塞爾柱突厥人進入了中亞。他們以軍力控制了處于衰落中的巴格達哈里發(fā)政權(quán)，在小亞和黑海地區(qū)擴張，使敘利亞和圣城耶路撒冷淪陷，君士坦丁堡也危在旦夕。

這時，羅馬教皇格列哥利七世不失時機地利用了拜占庭皇帝邁克爾七世致西方各國封建主們的求援信，策劃將東正教會再次納入自己的最高權(quán)力之下，隨之發(fā)起了一場延續(xù)兩個世紀之久的十字軍東征運動。羅馬教皇烏爾班二世恰如其分地利用了西歐民眾的強烈宗教情緒，于1095召集了克勒芒宗教會議，在會上正式申明了組織十字軍赴東方作戰(zhàn)、解救圣城耶路撒冷的決心。他說：“耶路撒冷是世界的中心，土地肥沃，如同天堂，它等待著你們?nèi)フ?。你們蒙上帝賜給強大的武力，所以要毫不遲疑地前往，這樣不僅罪得赦免，而且將得到天國永不朽壞的榮耀?！?/p>

于是，西歐社會各階層，上至騎士、大封建主，下至普通農(nóng)民、農(nóng)奴，都將“解放圣地”作為自己尋求今生的出路和來世幸福的宏偉目標，由法國、德國、佛蘭德等地集合起來，組成浩浩蕩蕩的大軍，直奔東方“乳蜜成河”的土地。不少農(nóng)民為參加這一“神圣”的戰(zhàn)爭，變賣了自己的財產(chǎn)，像當(dāng)年民族遷徙時期的先輩們一樣，拖兒帶女，離開了世代居住的土地。但是，這支農(nóng)民十字軍，對踐山涉水的遠征毫無精神和物質(zhì)上的準備，隊伍歷盡艱辛，一路上只能靠搶劫維持生活，結(jié)果只有極少數(shù)人到達了近東，而且很快被英勇善戰(zhàn)的塞爾柱人所殲滅，生還者寥寥無幾。

由英、法、德三國的封建領(lǐng)主們組成的第一支騎士十字軍遠征部隊于1198年遠征近東和小亞，從塞爾柱人手中收復(fù)了一些原來屬于拜占庭的城市，建立了4個拉丁十字軍騎士國家。教皇十分欣喜地認為，自己在同東方教會斗爭中有了新的資本。為了保護十字軍已經(jīng)獲得的勝利成果，教皇下令在東方各十字軍國家中建立了軍事修道團體——圣殿騎士團（1118年）、圣約翰騎士團（1120年）、條頓騎士團（12世紀末）。這些騎士團后來成為“拉丁人”在近東經(jīng)商和從事?lián)尳俚闹饕α?、從而激化了在拉丁人和希臘人之間本來已經(jīng)十分尖銳的矛盾。

但是，對東西方教會間關(guān)系和東西方民族間關(guān)系影響最大的還是第四次十字軍遠征，這是在象征著教皇權(quán)力頂峰的英諾森三世統(tǒng)治羅馬教會時期發(fā)動的。這次十字軍遠征由于受到拜占庭內(nèi)亂的干擾，在威尼斯人的精心策劃下，沒有進入預(yù)期的目標埃及，而是轉(zhuǎn)變方向進入了君士坦丁堡。

十字軍人在拜占庭帝國的土地上建立了拉丁帝國，恢復(fù)了西方天主教會在拜占庭領(lǐng)地上的統(tǒng)治。但是，大多數(shù)拜占庭人并不接受拉丁人的宗教崇拜方式，仍然頑強地堅持用希臘方式做禮拜。只有極少數(shù)人離棄了東方正教會，在武力之下改信西派天主教。堅持東正教傳統(tǒng)的牧首則將其駐節(jié)地遷至小亞的希臘人文明中心尼西亞，在拜占庭的土地上，出現(xiàn)了拉丁派教會和希臘派教會并存的局面。即使在1261年希臘人完成了“復(fù)國”的壯舉之后，這種局面也沒有多大改觀。

1261年拜占庭“復(fù)國”之后，羅馬教皇仍然企圖借用西方騎士的力量，討伐顛覆拉丁帝國的拜占庭皇帝邁克爾八世，并允諾，參與討伐者將得到與穆斯林作戰(zhàn)一樣的特權(quán)。在教皇的壓力下，拜占庭桌帝邁克爾八世接受了與羅馬教延談判的動議。l274年，他的使者在里昂會議上代表皇帝邁克爾承認了羅馬教廷在基督教世界中擁有至高無上的權(quán)威。但是，邁克爾的這一決定受到了東方基督教會教眾的反對，他最親近的顧問尤洛吉亞（Eulogia，邁克爾的姐姐）也反對他羅馬妥協(xié)。

羅馬教皇盛怒之下，對邁克爾下了最后通牒，命令他必須在1282年5月1日以前全力貫徹他的聯(lián)合教令，否則，邁克爾將被開除教籍；教皇還聲明，他將支持早已進駐西西里和南意大利的法國，安茹伯爵也起兵對付拜占庭皇帝。恰逢此時，發(fā)生了所謂“西西里晚禱”事件，法國人被趕出了西西里島，邁克爾因此逃脫了一大劫難。雖然，邁克爾認為在其后半生他一直在遵守與教皇達成的協(xié)議，但東正教會并不接受他的妥協(xié)，其后繼者們在邁克爾死后立即恢復(fù)了教會的獨立地位。