明王朝從建立政權(quán)初，就和豪強(qiáng)地主展開了爭(zhēng)奪戶口的斗爭(zhēng)。農(nóng)民出身的朱元璋深知“得民心者得天下”的道理。明初，朱元璋曾頒布解放那些在富豪地主家為奴的百姓為民的命令，挾新政權(quán)的強(qiáng)大威力，把勞動(dòng)人民從舊貴族手中奪回，歸由明王朝政權(quán)掌握。對(duì)于這些人戶的有效管理問題，成為統(tǒng)治者的當(dāng)務(wù)之急，黃冊(cè)制度正是適合這種需要而創(chuàng)建出來的。黃冊(cè)制度是將戶籍與賦役合二為一的一種冊(cè)籍，其根本目的就是為了征調(diào)賦役，通過黃冊(cè)制度，實(shí)行“人戶以籍為定”，對(duì)全國人戶實(shí)行嚴(yán)格的人身控制，同時(shí)把明王朝統(tǒng)治下的各種人戶都無例外組織到黃冊(cè)的里甲制之中，有效地堅(jiān)持和維護(hù)封建徭役制度。

明洪武年間規(guī)定，黃冊(cè)每十年攢造一次。首先由戶部查照原定冊(cè)式，刊印成圖冊(cè)，奏請(qǐng)皇帝批準(zhǔn)；而后，由各地官府照式翻刻，通過榜文曉諭天下；民戶根據(jù)官府公布的注意事項(xiàng)，在限期內(nèi)把本戶十年內(nèi)人丁、事產(chǎn)的變化如實(shí)地填寫在《清冊(cè)供單》上。各級(jí)官府進(jìn)行審核，確認(rèn)無誤后，裝訂成冊(cè)，主審官簽字鈐印，然后逐級(jí)呈送到戶部，戶部按類匯編成全國總冊(cè)，呈供皇帝御覽。按黃冊(cè)制度規(guī)定，各地制造的總冊(cè)要詳寫地區(qū)名稱并留副本備查。解送到戶部的黃冊(cè)須經(jīng)查考后，再轉(zhuǎn)送后湖（玄武湖）冊(cè)庫收貯。明政府規(guī)定：黃冊(cè)長寬各為一尺二寸，不得越度。黃冊(cè)的種類有：里甲賦役黃冊(cè)、司府州縣總冊(cè)、軍匠專職役戶冊(cè)籍等。

黃冊(cè)制度是一項(xiàng)長期實(shí)施的制度，是需要大量經(jīng)費(fèi)的。但規(guī)模巨大的黃冊(cè)庫卻沒有任何固定的經(jīng)費(fèi)，最初由南京幾個(gè)相關(guān)部門拼湊，有些費(fèi)用則由上元、江寧兩縣負(fù)擔(dān)，查冊(cè)監(jiān)生的費(fèi)用則由國子監(jiān)負(fù)責(zé)。自洪武到正德這一百多年間，黃冊(cè)庫就在這種無固定經(jīng)費(fèi)的狀況下維持著。正德九年（1514年），南京刑科給事中史魯上書：對(duì)地方官送來的有錯(cuò)黃冊(cè)，一經(jīng)查出駁回重造，給予罰款，所罰款項(xiàng)，作為后期黃冊(cè)庫固定經(jīng)費(fèi)。此法得到明武宗朱厚照的恩準(zhǔn)，并作為一種制度在全國推廣。有了“駁費(fèi)”，黃冊(cè)庫擺脫了窘境而成為富裕部門，但黃冊(cè)駁費(fèi)的真實(shí)作用，卻滿足了統(tǒng)治階級(jí)內(nèi)許多人的貪婪和欲望。

“為貯版圖人罕到，只余樓閣夕陽低?！边@是明代對(duì)戒備森嚴(yán)黃冊(cè)庫的描寫。明弘治三年（1490年），明政府對(duì)黃冊(cè)庫范圍進(jìn)行界定，并立界石三十六塊，碑高143厘米，寬48厘米，厚15厘米，重達(dá)200多公斤，用界墻、界石“以斷人畜往來，樵牧窺視冊(cè)庫”。湖內(nèi)外派有專職官吏和軍隊(duì)負(fù)責(zé)巡守防衛(wèi)，對(duì)過湖船只加以重鎖，鑰匙由皇宮太監(jiān)專責(zé)保管，防范工作十分嚴(yán)密，“巡湖有役，過湖有舟，操舟有鎖，欽定一六過湖，非其期不敢渡”。為保證黃冊(cè)安全，在建有冊(cè)庫的島上不許生火，不許點(diǎn)燈，以防火災(zāi)；對(duì)于前來查冊(cè)官員，有著種種的嚴(yán)格限制，防止泄密；不允許軍戶出身的監(jiān)生到后湖查冊(cè)，以防私改戶籍；除后湖官員外，其他官吏一概不許入湖。弘治二年，欽差兩廣公干郭鏞，因私闖后湖，遭到皇帝重斥而撤職。 

為維護(hù)黃冊(cè)制度的健全，明政權(quán)對(duì)團(tuán)局造冊(cè)或改抹黃冊(cè)一律處以斬首，對(duì)隱瞞產(chǎn)業(yè)試圖減除糧稅的也要處以極刑。但明中葉以后，隨著黃冊(cè)制度的衰敗，黃冊(cè)中的舞弊現(xiàn)象日趨嚴(yán)重。成化二年（1466年），張成花重金收買了黃冊(cè)庫的官吏，偷抄和洗改了本戶的黃冊(cè)底籍；正德五年（1510年），江西南昌豐城縣陳質(zhì)先、陳季三父子先后用銀絹等買通地方管冊(cè)官員，偷換黃冊(cè)戶籍，又到南京買通黃冊(cè)庫庫匠高景清偷盜出洪武、永樂年間屬于自己的冊(cè)頁，攜出湖外燒毀。案發(fā)后，張成、陳季三、高景清等人都處以斬刑，分別在后湖黃冊(cè)庫和江西布政司黃冊(cè)庫前梟首示眾。這些腐敗現(xiàn)象，嚴(yán)重侵蝕著黃冊(cè)制度的作用。

洪武二十四年（1391年），朱元璋下詔：“令各處布政司及直隸府、州、縣并各上官衙門所造黃冊(cè)，俱送戶部轉(zhuǎn)送后湖收架。”每當(dāng)黃冊(cè)大造之年，先有黃冊(cè)庫主管官員奏請(qǐng)皇帝批準(zhǔn)，預(yù)建新冊(cè)庫三十間，以備收貯全國各地送來的黃冊(cè)。冊(cè)庫根據(jù)地勢(shì)和位置，分別稱作東庫、西庫、南庫、北庫或前庫、后庫等；各庫再按時(shí)間、地點(diǎn)依次編號(hào)，以便查閱。明初，后湖三洲設(shè)庫：舊洲（梁洲）貯洪武、永樂、宣德、正統(tǒng)、景泰、天順、成化、弘治等年份的黃冊(cè)；中洲（環(huán)洲）貯弘治、正德、嘉慶等年份的黃冊(cè)；新洲（櫻洲）貯嘉慶十一年以后的黃冊(cè)。從洪武二十四年（1391年）至萬歷二十年（1592年），黃冊(cè)庫從最初的三十間發(fā)展到九百多間，密布于玄武湖的五洲之上。黃冊(cè)庫所保存的黃冊(cè)數(shù)量相當(dāng)巨大，據(jù)《后湖志》記載：正德元年（1436年），在庫黃冊(cè)有四十余萬冊(cè)；弘治三年（1490年），為七十七萬二千九百余冊(cè)；萬歷二十年（1592年），已有一百五十三萬一千四百五十八冊(cè)。到了明朝滅亡前夕，除歷年浥爛，損壞的黃冊(cè)外，據(jù)估計(jì)尚有一百七十萬冊(cè)以上，真可謂：“湖中文冊(cè)浩穰，漫若煙海?！?/span>