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人如其食:人工智能和人類微生物組

 長慶wcqjs 2019-08-19
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“相信你身體發(fā)出的信號”,的確是一個很好的建議。研究人員在不遺余力地向我們展示,我們體內(nèi)的腸胃等器官狀態(tài)對我們的生活質(zhì)量有著具有巨大且往往看不見的影響。

消化道和皮膚上的細(xì)菌、真菌、病毒和原生動物被稱為微生物群系或微生物組,會對我們的健康、福祉、情緒、壽命甚至體重產(chǎn)生重大影響。微生物組研究人員認(rèn)為,就人類生命而言,微生物組扮演的角色可能與 DNA 同等重要。

微生物組與 DNA 一樣,都很復(fù)雜。其包含超過 100 萬億個生物體,其遺傳物質(zhì)比人類基因組多 200 倍。若要分析一個人的腸道菌群,可能一輩子的時間也不夠。

在人工智能(AI)和先進(jìn)的計算機(jī)硬件幫助下,該項任務(wù)的時間被縮短到以分鐘計算,可虛擬識別人體生物群系中的每個微生物,檢測人眼不可見的模式和變化,并分析其相互作用。

NIH 人類微生物組項目”等微生物組研究旨在顯示人類微生物組的可行性,目標(biāo)是能夠更好地診斷、治療疾病。

遺傳學(xué)和微生物學(xué)

近年來,遺傳學(xué)占據(jù)了科技和人類健康類新聞的大部分版面。“人類基因組計劃”的測序項目于 2003 年完成,繪制了所有 20,500 個人類基因,由 30 億個化學(xué)堿基對組成?,F(xiàn)在,科學(xué)家們可以了解基因在 DNA 鏈中的位置及其可能的功能,便于更具針對性地向患者提供醫(yī)療服務(wù)。

最近,為了解人類健康及其改善方法,微生物群系受到了越來越多的關(guān)注。之所以對其產(chǎn)生興趣是因為:盡管微生物組的存在早已為人熟知,但其復(fù)雜的組成限制了研究人員理解微生物組的能力。直至現(xiàn)在。

我們的體內(nèi)都包含很多微生物細(xì)胞,這些微生物細(xì)胞的組成和結(jié)構(gòu)與我們的身體細(xì)胞大不相同。實際上,微生物組本身就是一種有生命的有機(jī)體,約 5 磅重。這些細(xì)胞填充我們的消化道、內(nèi)臟器官、嘴、鼻子、眼睛和皮膚。微生物組的組成因人而異,由數(shù)百萬個基因組成,與身體的基因組以及我們的免疫系統(tǒng)相互作用,從而形成健康的狀態(tài)或產(chǎn)生疾病。

基因組學(xué)和生物組學(xué)就像兩個精心設(shè)計的謎題一樣,揭示了很多人類構(gòu)成的秘密。正如 Micron 美光副總裁 Sumit Sadana 最近在舊金山舉行的 Micron Insight 2018 年大會上所言,“研究者們正在致力于破解這些代碼?!?/p>

隱藏的奧秘

激動人心又令人費解的基因組學(xué)和生物組學(xué)研究可能會為我們打開一扇了解未來的窗口。我們的 DNA 和微生物組狀態(tài)可以提供哪些關(guān)于我們自身、現(xiàn)在和未來的信息?可以如何預(yù)測我們的健康情況?我們?nèi)菀谆加心男┘膊。?/p>

在遺傳學(xué)領(lǐng)域,科學(xué)家們尋找個體基因或基因組的缺陷,以確定一個人染上阿爾茨海默氏癥等某些疾病的可能性。將來,治療過程可能會變成替換或修復(fù)那些突變基因(即基因治療)。不過我們現(xiàn)在還是無法改變基因;我們能做的選擇是改善我們的健康。

然而,通過飲食改變、藥物、甚至鍛煉,人類的微生物組可能很快發(fā)生改變。因此,通過仔細(xì)檢查腸道,我們能夠發(fā)現(xiàn)疾病出現(xiàn)和擴(kuò)散的跡象,這對于改善我們的健康狀況,甚至延長壽命都至關(guān)重要。

借助科學(xué)研究領(lǐng)域的人工智能和機(jī)器學(xué)習(xí),科學(xué)家盡可能多地采集人的微生物學(xué)特征,以了解發(fā)生疾病變化的表征。研究者也可通過操縱生物群系,找到抵御、甚至治愈疾病的方法。

如果我們認(rèn)為每個微生物組都不同,則可根據(jù)個體基因突變和生物組成對癥下藥。據(jù)此,研究者正在從簡單的診斷向預(yù)防醫(yī)學(xué)和個人醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)變。

  • 預(yù)測性:研究認(rèn)為,在發(fā)病或病情發(fā)展之前的幾個月、甚至是幾年內(nèi),人類的微生物組都有可能發(fā)生變化。但飲食、壓力、鍛煉和其他因素也可以改變微生物組。醫(yī)學(xué)科學(xué)家正在努力了解哪些變化是由于生活方式的不同,又有哪些變化表示疾病的出現(xiàn)。檢測健康人體的微生物組,提供基線指標(biāo),借此分析這段時間內(nèi)的變化。

  • 預(yù)防性:研究者正在尋找填充人體系統(tǒng)及其活動的微生物類型,以找到抵御糖尿病、癌癥和癡呆癥等疾病的建議。研究者希望將基因數(shù)據(jù)與微生物組數(shù)據(jù)相結(jié)合,以提供預(yù)防性護(hù)理。

  • 個性化:直至今日,基于人體獨特生物學(xué)特點的“個性化”或“精確”治療主要依賴家族史和 DNA 分析。研究者希望通過微生物組包含的數(shù)據(jù)做出更為準(zhǔn)確的治療選擇。

在每個人的生物群系中檢測數(shù)百萬億微生物,分析速度可能比預(yù)期速度慢。通過改進(jìn)后的、高級計算機(jī)系統(tǒng)(采用 Micron 美光內(nèi)存設(shè)備)支持的人工智能技術(shù),研究者可在幾分鐘內(nèi)完成數(shù)年的人力工作(人力工作也并不一定能成功完成)。

比如,國家人類基因組研究所認(rèn)為需考慮到技術(shù)如何加速基因測序(并減少成本):

  • 基因測序開始于 1990 年,歷時 13 年完成,花費了 10 億美元。

  • 10 年后,DNA 測序只花了兩至三天,花費 5,000 美元。

  • 如今,單人基因測序僅需 20 分鐘,花費 600 美元。

Micron 美光業(yè)務(wù)開發(fā)經(jīng)理 Eric Caward 表示:“完成這個重要的人類健康分析所需的時間和成本只會隨著內(nèi)存技術(shù)的改進(jìn)而降低?!蔽⑸锝M分析領(lǐng)域同樣可通過更快速度、更高容量和更復(fù)雜的人工智能技術(shù)實現(xiàn)。

Sadana 認(rèn)為到 2021 年,人工智能服務(wù)器所需的 DRAM 內(nèi)存預(yù)計將較標(biāo)準(zhǔn)、非人工智能服務(wù)器多 7 倍,較 NAND 閃存多兩倍。“內(nèi)存是人工智能技術(shù)需要的原材料?!?/p>

眾多項目

研究者正在探究微生物組采樣和分析對健康診斷和護(hù)理的益處。很快,護(hù)理人員就可收集我們的微生物組樣本、血液和尿液,作為常規(guī)健康檢查的一部分。

為了使該樣本分析更有意義,科學(xué)家需要數(shù)據(jù)庫的輔助。美國國家衛(wèi)生研究院的“我們所有人”計劃旨在采集 100 多萬人的數(shù)據(jù),包括微生物組采樣數(shù)據(jù),以有助于更準(zhǔn)確的醫(yī)療用途。美國國家衛(wèi)生研究院的“人類微生物組計劃”(已停止)開展了許多關(guān)于腸道菌群對人類各方面健康作用的研究。目前很多其他項目正在進(jìn)行中,希望可以實現(xiàn)以下目標(biāo):

  • 改善免疫系統(tǒng)。將微生物組看作免疫系統(tǒng)調(diào)節(jié)劑的這一觀點已被廣泛接受。從嬰兒時期開始,腸道中的細(xì)菌就開始教我們的免疫系統(tǒng)“如何好好表現(xiàn)”(引用 ScienceNordic 中的一篇文章)。這些生物也會影響消化道和其他器官的炎癥情況。

  • 預(yù)防霍亂。來自杜克大學(xué)、麻省綜合醫(yī)院和孟加拉國達(dá)卡國際腹瀉病研究中心的研究者正在通過機(jī)器學(xué)習(xí)算法檢測消化系統(tǒng)中的細(xì)菌群落活動模式 - 人類通過肉眼基本無法看到這些活動。由于并非所有接觸霍亂的人都患上腹瀉疾病,因此人工智能可以幫助研究人員了解其被研究者是否有風(fēng)險及其原因。其還有助于疫苗的開發(fā)。

  • 藥物相互作用。根據(jù)美國國家醫(yī)學(xué)圖書館摘要,我們認(rèn)為微生物組的組成影響藥物治療的反應(yīng),以及某些藥物的代謝程度。

  • 老化。微生物組對健康老化的作用是加州大學(xué)圣地亞哥分校和 IBM 研究院的健康生活人工智能中心的研究重點之一。該中心研究遺傳學(xué)、環(huán)境因素、日常生活習(xí)慣和人類微生物組對老年人認(rèn)知能力的影響?,F(xiàn)已證實,帕金森病和其他老齡疾病都與微生物組有關(guān)。該中心采用人工智能技術(shù),篩選并分析抽樣中提供的大量數(shù)據(jù)。

視臍或仔細(xì)檢查腸道

醫(yī)療領(lǐng)域可通過人工智能算法,更好地了解微生物組的復(fù)雜組成和相互作用,并查找人類研究者無法發(fā)現(xiàn)的相關(guān)聯(lián)系。結(jié)果可能會為糖尿病、癌癥等眾多疾病的治療帶來突破性進(jìn)展。但是,目前的分析主要限于將數(shù)據(jù)庫中的個人微生物組與其他人比較。

Micron 美光公司的 Patricia Reiter 委托其中一家提供該服務(wù)的公司對其微生物組進(jìn)行分析。客戶先郵寄少量糞便過去,接下來就可以收到書面的分析結(jié)果了。Reiter 之所以選擇該項服務(wù),是因為她有消化方面的問題。報告結(jié)果令她感到驚訝:她是一名魚素者,但報告顯示她的飲食不夠多樣化。

送回樣本時,她對此還持懷疑態(tài)度。Reiter 表示:“他們排除了很多可能性,如乳糜瀉和克羅恩病。我原本以為是疾病或其他原因?qū)е逻@些問題。這個報告結(jié)果令我安心,我知道了我沒有生病,而且如果飲食再多樣化一點,報告的結(jié)果還會更好。”

特別值得一提的是,報告建議她增加“益生元”(蘆筍、香蕉、燕麥和蘋果)和“益生菌”食品(酸奶、康普茶、泡菜和其他發(fā)酵食品與飲料)的攝取。盡管菊芋和牛蒡等一些推薦的食品對她來說很陌生,但是她希望通過飲食的改變來改善整體健康。

人工智能的力量

在分析這些復(fù)雜的微觀生物的組成、結(jié)構(gòu)和相互作用時,人類需要機(jī)器的幫助。幸運的是,帶寬、內(nèi)存和速度的進(jìn)步為人工智能技術(shù)鋪平了道路 - Micron 美光在上述領(lǐng)域名列前茅

為實現(xiàn)上述新功能,Micron 美光開發(fā)了三款必要的內(nèi)存產(chǎn)品:低功耗、高密度的 DRAM;高速運行的 NAND 閃存和 3D XPoint? 技術(shù)。

Sadana 表示:“Micron 美光云數(shù)據(jù)中心的產(chǎn)品組合是完整的人工智能產(chǎn)品組合,它可以擴(kuò)展到各個層次。

研究者希望可以告別'一刀切’的模式?!辈辉俨聹y?;蚪M學(xué)、生物組學(xué)、活體組織檢查、虛擬和預(yù)測診斷以及其他人工智能輔助領(lǐng)域可實現(xiàn)比以往更具預(yù)防性、預(yù)測性和個性化的精準(zhǔn)用藥,為人類帶來更長壽命、更加優(yōu)質(zhì)和幸福的生活。

Sadana 表示:“人工智能將改變醫(yī)療領(lǐng)域?!蹦切┺D(zhuǎn)變正在由內(nèi)而外地進(jìn)行中。

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