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國自然經(jīng)驗分享| 猴哥中了國自然,用meta 生信作為前期基礎(chǔ)

 Albertls27zycx 2019-08-18

2019年度國家自然科學(xué)基金申請項目評審結(jié)果公布,你是不是也迫不及待的想要查下自己的項目有沒有中了?

快來看看具體的查詢渠道時間及申請復(fù)審流程吧!

猴哥自己也申請了青年項目,可能運氣比較好,中獎了。

作為一個沒有什么基礎(chǔ)的臨床醫(yī)生,猴哥整天夜班、急診班、體檢班連軸轉(zhuǎn),上班10年沒有公休假。作為一個無平臺、無背景、無基金、無經(jīng)費的科研屌絲,猴哥是怎么做到拿基金的?

無他,唯有生信 meta!快來參加8月24-25日杭州的生信 meta線下班吧。這里,猴哥帶你飛起。。。。。。

看看猴哥的標(biāo)書吧,其實就是幾個生信中的熱圖和meta中的森林圖:前期基礎(chǔ) 圖 1是三個 熱圖(如下圖)

前期基礎(chǔ)圖2是柱狀圖、相關(guān)關(guān)系圖、ROC曲線(如下圖)

前期基礎(chǔ)圖3生存曲線(如下圖)

前期基礎(chǔ) 圖4 是 網(wǎng)站上預(yù)測的lncRNA的結(jié)合位點(如下圖)

前期基礎(chǔ) 圖5 做了一些簡單的基因的功能實驗:周期、凋亡、侵襲、遷移(圖形很丑,不好意思放上去)。

有人說,猴哥你這不夠吧。是的,猴哥也想到了,于是猴哥之前攢了一些meta文章,放在前期文章基礎(chǔ)里面。生存meta分析、網(wǎng)狀meta分析都算作很強大的前期基礎(chǔ)了。

(向上滑動啟閱)

1. Sun M, Du M, Zhang W, Xiong S, Gong X, Lei P, Zha J, Zhu H, Li H, Huang D, Gu X. Survival and Clinicopathological Significance of SIRT1 Expression in Cancers: A Meta-Analysis [J]. Front Endocrinol (Lausanne), 2019, 10:121.(第一作者,IF: 3.6750,PMID: 30930849 doi: 10.3389/fendo.2019.00121)

2. Huang JJ, Sun M, Wang ZT, et al. Induction treatments for acute promyelocytic leukemia: a network meta-analysis. Oncotarget. 2016 Nov 1; 7(44):71974-71986. (共同第一作者,IF=5.168, DOI: 10.18632/oncotarget.12451, PMID: 27713127)

3. Li Z, Sun M, Wang F, et al. Association between pioglitazone use and the risk of bladder cancer among subjects with diabetes mellitus: a dose-response meta-analysis. Int J ClinPharmacolTher. 2017 Mar; 55 (3):210-219.

4. Zhu GQ, Sun M, Liao WT, Yu WH, Zhou SL, Zhou ZJ, Shi YH, Fan J, Zhou J, Qiu LX, Dai Z. Comparative efficacy and safety between ablative therapies or surgery for small hepatocellular carcinoma: a network meta-analysis. Expert Rev GastroenterolHepatol. 2018 Jul 25:1-11. doi: 10.1080/17474124.2018.1503531.

前期基礎(chǔ)里面的核心內(nèi)容就是這樣了。左手生信,右手meta,就像胡蘿卜燉牛肉,端到了評審專家的面前,專家笑了笑,說了句:“讓你過算了”。

來杭州,猴哥告訴你后面的故事。世間沒什么,唯有酒還行。就著西湖美景,啜一口紹興黃酒,聊聊生信和meta吧。

猴哥之前還分享過一個經(jīng)驗,供大家參考:網(wǎng)狀Meta發(fā)SCI,念復(fù)旦PHD、拿基金,不難!猴哥證明給你看(?ω?)

另外,感謝大家對猴哥這次培訓(xùn)班的熱情支持,還有一些獲得紀(jì)念獎、但未聯(lián)系后臺的讀者,請盡快聯(lián)系后臺,通知:杭州線下課集贊活動獲獎名單;增設(shè)紀(jì)念獎,每位參與集贊活動的讀者都有,我們將于2019.08.26統(tǒng)一寄出紀(jì)念獎。

培訓(xùn)班詳情


實操SCI文章—生物信息數(shù)據(jù)挖掘和網(wǎng)狀meta分析(杭州)

課程介紹:

目前,不做實驗發(fā)表醫(yī)學(xué)SCI文章有兩種方式:生物信息數(shù)據(jù)挖掘和Meta分析。本課程專門為沒時間進(jìn)行「濕實驗」的臨床醫(yī)生或醫(yī)學(xué)生量身打造。從生物信息學(xué)分析和網(wǎng)狀Meta兩種文章類型出發(fā),結(jié)合文獻(xiàn)實例的學(xué)習(xí)和動手操作,帶領(lǐng)大家一步步從數(shù)據(jù)分析的「門外漢」到自己動手整理出一篇可以發(fā)表的文章。通過「接地氣」的套路學(xué)習(xí)和豐富的案例分析,真正掌握分析的方法并運用于實踐。

本次培訓(xùn)集結(jié)Freescience聯(lián)盟生物信息版主趙老師和網(wǎng)狀Meta分析版主猴哥,兩位大神共同打造本次課程,以第一或共同作者發(fā)表的文章為例,手把手復(fù)盤文章的分析、寫作及投稿過程。

課程目標(biāo):

1. 熟練掌握生物信息數(shù)據(jù)挖掘和網(wǎng)狀meta分析的方法。
2. 能獨立復(fù)盤2篇SCI的分析結(jié)果并應(yīng)用于其他研究領(lǐng)域。

課程亮點:

1. SCI作者,專業(yè)講解
2. 串聯(lián)知識,復(fù)盤全文
3. 一次購買,永久聽課(僅限本人此班)
4. 課后答疑,持續(xù)免費

內(nèi)容安排


第一天 上午:8:30—11:30

數(shù)據(jù)挖掘太高深?手把手帶你入門

1. 數(shù)據(jù)挖掘在醫(yī)學(xué)科研和臨床中的應(yīng)用
2. 常用科研數(shù)據(jù)庫介紹及實例分析(表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫GEO、腫瘤數(shù)據(jù)庫TCGA和SRA等)
3. 基因芯片和高通量測序介紹及下游實例分析(Genechip和RNAseq)

第一天 下午:1:30—5:00

一作講者專業(yè)剖析,復(fù)盤4.4分生信SCI

1. 文章整體解讀和亮點分析

2. 數(shù)據(jù)下載和整理
3. 基因分析軟件實操(BRB-ArrayTools)
4. 生物網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和功能模塊識別(Cytoscape)
5. 臨床相關(guān)數(shù)據(jù)分析和繪制 (SPSS&GraphPad)

6. 生信寫作方法和投稿技巧
7. 如何回復(fù)審稿人意見

生信SCI圖表

Zhao X,Xu M, Cai Z, Yuan W, Cui W, Li MD. 2019. Identification of LIFR, PIK3R1, andMMP12 as Novel Prognostic Signatures in Gallbladder Cancer Using Network-BasedModule Analysis. FRONT ONCOL 9:325.

第二天 上午:8:30—11:30

基礎(chǔ)知識引入,由簡入深
1. 網(wǎng)狀meta的概念、適用場景和流程
2. 三個基本假定(同質(zhì)性/相似性/一致性)
3. 間接比較的基本原理(頻率學(xué)方法、貝葉斯比較)
4. 數(shù)據(jù)的提取和錄入
5. Cochrance風(fēng)險偏倚評估
6. GRADE質(zhì)量評估

第二天 下午:1:30—5:00

講者文章實操,手把手練就meta分析從0到1
1. 貝葉斯/頻數(shù)學(xué)分析的軟件實操
2. 相關(guān)圖形的繪制(STATA & R/WinBugs)

3. 網(wǎng)狀meta分析常見誤區(qū)辨析
4. meta分析論文寫作方法和技巧
5. 如何回復(fù)審稿人意見

網(wǎng)狀Meta分析SCI圖表

Huang J, Sun M, WangZ, Zhang Q, Lou J, Cai Y, Chen W, Du X. Induction treatments for acutepromyelocytic leukemia: a network meta-analysis. Oncotarget 2016; 7:71974-86.

講師簡介

趙忻藝浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心生物信息分析工程師,從事生物信息學(xué)和醫(yī)學(xué)相關(guān)研究,主要致力于醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)挖掘,發(fā)表SCI論文13篇;參與5項863、973和精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)等國家級重點項目;8年數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗,30多場講座,擁有豐富生物信息學(xué)授課經(jīng)驗。目前,已建立浙大醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘團(tuán)隊,旨在降低研究者學(xué)習(xí)大數(shù)據(jù)的門檻,推動大數(shù)據(jù)共享與研究協(xié)作,發(fā)表更高質(zhì)量的研究成果,為科研決策提供精準(zhǔn)的預(yù)測和實驗證據(jù)。

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