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1. siRNA原理 siRNA為 small interfering RNA的縮寫，siRNA與靶向特異性的mRNA結(jié)合，通過RNA介導(dǎo)的沉默復(fù)合體RISC（RNA-induce siliencing complex）介導(dǎo)mRNA的降解。siRNA長度一般為21-23nt，被RISC識(shí)別結(jié)合之后，siRNA發(fā)生解旋。然后RISC在siRNA的反義鏈指導(dǎo)下，尋找具有同源序列的內(nèi)源性的mRNA，并在距離5’端10-11位剪輯之間切割mRNA，從而導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄后基因沉默。 siRNA的原理如下：  2. siRNA設(shè)計(jì)步驟 首先選擇一個(gè)靶基因的目的片段位置，并顯示出代表性的siRNA序列； 其次從候選的siRNA中排除含有SNP位點(diǎn)的和位于非開放閱讀框架的片段； 接下來去除一些不利siRNA序列，如簡并堿基、毒性結(jié)構(gòu)域、重復(fù)序列、高GC/低GC序列； 然后從熱烈學(xué)、高級結(jié)構(gòu)等打分，列出從高到低的序列； 隨后將siRNA片段進(jìn)行Blast分析，去除非特異結(jié)合的序列； 最后預(yù)設(shè)計(jì)幾條siRNA序列 3.siRNA在線設(shè)計(jì)網(wǎng)址 siRNA有很多在線設(shè)計(jì)工具。我們今天介紹兩個(gè)在線設(shè)計(jì)工具，以p21為例，我們在pubmed上面找到其mRNA的序列。并得到FASTA格式的序列：  首先我們來看一下第一個(gè)在線設(shè)計(jì)工具，我們打開網(wǎng)址 http://sidirect2./  在上面的界面中，我們可以輸入Accestion number，我們也可以直接輸入FASTA格式的序列，直接點(diǎn)擊“design siRNA”即可，或者可以點(diǎn)擊 Options，進(jìn)行一些其他的設(shè)置。稍等片刻，得到如下的結(jié)果：  結(jié)果中顯示了目標(biāo)位置，靶序列，RNA oligo等一些其他的信息。 接下來我們看一下另外一個(gè)在線工具，同樣以p21為例，打開下面網(wǎng)址：http://biodev.extra./DSIR/DSIR.html  這個(gè)在線工具中，只能輸入FASTA數(shù)據(jù)。然后點(diǎn)擊“Run analysis”得到如下的結(jié)果：  這個(gè)結(jié)果中，排名越靠前，預(yù)測的效果越好。我們結(jié)合第一個(gè)在線工具來分析，發(fā)現(xiàn)在696附近的siRNA序列在兩種預(yù)測軟件中都有，所以我們可以選擇在696附近的序列作為我們待驗(yàn)證的siRNA序列。當(dāng)然最終效果是否好，還得看預(yù)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。 |
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