胃癌 (GC) 是導(dǎo)致死亡的主要原因。10% 的胃癌與 eb 病毒感染有關(guān)。EBV 基因在GC中發(fā)揮的詳細(xì)作用機(jī)制，特別是病毒基因和人類基因之間的相互作用仍不清楚。在這項(xiàng)研究中，從 TCGA下載了 285 個 GC 樣本的原始 fastq 數(shù)據(jù)，包括25個EBV陽性 (EBV +) GC樣本和 260個EBV 陰性 (EBV-) GC 樣本。對于人類基因（在所有樣本中）和EBV基因（在 25 個 EBV +樣本中），均生成了基于 RNA-seq 的表達(dá)數(shù)據(jù)。生物信息學(xué)分析被執(zhí)行在 EBV + 與 EBV-樣品識別差別表示(DEx) 人的基因和 DEx KEGG小徑并且在 DEx 基因之間的共同表達(dá)的人的基因模塊和中心基因。在 EBV + 樣本中，分析 EBV 基因表達(dá)和人類基因表達(dá)模塊之間的相關(guān)性，EBV 基因表達(dá)和人類中心基因之間的相關(guān)性，以及 EBV 基因表達(dá)和 DEx 人類通路之間的相關(guān)性。發(fā)現(xiàn)EBV基因LMP-1、BALF1 和BALF2與人類hub基因、CNTD2和 VANGL2 有顯著相關(guān)性。發(fā)現(xiàn) EBV 基因 BALF4 和 BALF5 與人類通路相關(guān)，包括 Jak-STAT信號和磷脂酰肌醇信號系統(tǒng)。我們的研究揭示了 EBV與人類GC轉(zhuǎn)錄組之間的協(xié)調(diào)表達(dá)模式，并通過與人類基因和通路的相互作用確定了幾個可能在EBV + GC發(fā)病機(jī)制中起重要作用的 EBV 關(guān)鍵基因。

圖1

圖1：5個EBV 基因的讀取計(jì)數(shù)，共發(fā)現(xiàn) 939 個基因在 Bonferroni 校正 p 值 < 0.05 的顯著性水平上差異表達(dá)，其中 EBV + 與 EBV-樣本中表達(dá)上調(diào)的基因 189 個，下調(diào)的基因 750 個。

圖2

圖2：EBV基因與人類的相互作用網(wǎng)絡(luò)模塊5。

圖3

圖3：EBV 基因與人類中樞基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)

圖4

圖4：第一步是數(shù)據(jù)特征提?。ˋ），第二步是單因素相關(guān)分析（B），第三步是多因素相關(guān)分析（C）。

單因素和多因素分析是臨床研究的入門統(tǒng)計(jì)技術(shù)了，關(guān)鍵性難度在于測序數(shù)據(jù)分析方面，基因組數(shù)據(jù)本來就復(fù)雜，這里又需要分析人和病毒兩個轉(zhuǎn)錄組，其中的多重檢驗(yàn)會導(dǎo)致很多的假陽性率，所以需要降維和校正。

這篇文章的創(chuàng)新在于揭示了EB病毒基因與人類胃癌轉(zhuǎn)錄組的交互作用。EB病毒同胃癌的關(guān)系文獻(xiàn)早有報(bào)道，研究分子機(jī)制是常規(guī)思路，而用生物信息學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)方法從TCGA （The Cancer Genome Atlas） 數(shù)據(jù)庫挖掘到特征性分子標(biāo)記進(jìn)行EB病毒與人基因的交互網(wǎng)絡(luò)分析，則是新穎的切入點(diǎn)，這個模式借鑒一下，微生物+癌癥基因組合，潛在的資源頗豐。

DOI：10.18632/oncotarget.16417

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