《環(huán)境保護法》第六十條規(guī)定，環(huán)境保護主管部門可以對違法排污者采取限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治措施的情形有兩種：一是超過污染物排放標準；二是超過重點污染物排放總量控制指標排放污染物。而《辦法》第六條規(guī)定，環(huán)境保護主管部門可以對違法排污者采取停產(chǎn)整治措施的情形有五種：一是通過暗管、滲井、滲坑、灌注或者篡改、偽造監(jiān)測數(shù)據(jù)，或者不正常運行防治污染設施等逃避監(jiān)管的方式排放污染物，超過污染物排放標準的；二是非法排放含重金屬、持久性有機污染物等嚴重危害環(huán)境、損害人體健康的污染物超過污染物排放標準三倍以上的；三是超過重點污染物排放總量年度控制指標排放污染物的；四是被責令限制生產(chǎn)后仍然超過污染物排放標準排放污染物的；五是因突發(fā)事件造成污染物排放超過排放標準或者重點污染物排放總量控制指標的。原環(huán)保部環(huán)境監(jiān)察局有關負責人在對《辦法》的解讀中認為，停產(chǎn)整治的目的是為了督促排污單位完成污染整治任務、迫使排污單位自行整改，制定整治方案，落實排污者主體責任意識等，最終的目的都在于控制或減少污染物排放量或排放濃度，減少對環(huán)境的危害。

因此，筆者認為，責令停產(chǎn)整治的目的在于“整治”，而非“停產(chǎn)”，停產(chǎn)整治決定的解除與否不應依賴于生態(tài)環(huán)境部門的核查、驗收等程序，而應取決于排污者自身整治達標的情況。“停產(chǎn)”只是臨時性的手段，停產(chǎn)時間長短，要看整治效果。

《行政處罰法》并未規(guī)定“責令停產(chǎn)整治”屬于行政處罰，《環(huán)境行政處罰辦法》既沒有將其列入行政處罰種類中，也沒有明確將“責令停產(chǎn)整治”列入責令改正違法的行政命令中。筆者認為，將“責令停產(chǎn)整治”理解為責令改正或者限期改正違法行為的一種行政命令較為妥當，理由在于：一是生態(tài)環(huán)境執(zhí)法部門對排污者作出“責令停產(chǎn)整治”的目的是，要求超標排污者或超總量控制指標排放的排污者停止排放行為，并消除違法排放狀態(tài)，從而達標排放，是一種暫時性控制行為。二是從本質(zhì)上而言，生態(tài)環(huán)境執(zhí)法部門排污者作出“責令停產(chǎn)整治”，就是要求違法排污者履行其原本應當承擔的合法排污義務，并非是對違法排污者實施懲罰。 

針對排污單位無證排污、超標、超總量、逃避監(jiān)管排放污染物等環(huán)境違法行為，在《辦法》與單行法律規(guī)定存在不一致時，該如何適用責令改正或限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治？

根據(jù)《水污染防治法》第八十三條的規(guī)定，排污單位存在無證排污、超標超總量排放水污染物、私設暗管排放水污染物等逃避監(jiān)管，環(huán)境保護主管部門“責令改正或者責令限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治”。《大氣污染防治法》第九十九條亦規(guī)定，排污單位存在無證排污、超標超總量排放、逃避監(jiān)管方式排放，生態(tài)環(huán)境部門對排污單位“責令改正或者責令限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治”。根據(jù)上述法律規(guī)定，責令改正和責令限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治應擇一適用。而《辦法》第三條則規(guī)定，生態(tài)環(huán)境部門作出限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治決定時，應當責令排污者改正或者限期改正違法行為。

限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治制度是對原《環(huán)境保護法》中限期治理制度的延伸擴展，但由于2015年1月《辦法》實施時，《水污染防治法》、《大氣污染防治法》等單行法尚未修訂，其中對限期治理制度規(guī)定不一致，需要制定專門的配套制度來規(guī)范限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治制度的執(zhí)行，以解決單行法與新《環(huán)境保護法》在法律適用上的沖突。而實施限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治一般適用于污染較為嚴重，且需要一定整改期限的污染排污者，對于能夠立即改正環(huán)境違法行為、完成整治任務的無須同時采取限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治措施。

筆者認為，從立法層面分析，《辦法》是為了解決舊《水污染防治法》、《大氣污染防治法》等單行法與新《環(huán)境保護法》在法律適用上的沖突而制定，新修的《大氣污染防治法》、《水污染防治法》分別于2016年、2018年實施，已明確規(guī)定了責令改正和責令限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治應擇一適用。此外，新《大氣污染防治法》、《水污染防治法》屬于法律，《辦法》是部門規(guī)章，且在《辦法》施行之后修訂，根據(jù)新法優(yōu)先舊法、上位法優(yōu)于下位法的原則，對于無證排污，超標、超總量排污，通過逃避監(jiān)管方式排污等環(huán)境違法行為，生態(tài)環(huán)境部門應根據(jù)單行法相關規(guī)定，選擇適用責令改正或者限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治。如排污單位能夠立即改正環(huán)境違法行為，完成整治任務的，生態(tài)環(huán)境部門可以通過責令改正達到行政執(zhí)法目的，無需再責令排污單位停產(chǎn)整治。

根據(jù)《行政處罰法》、《環(huán)境行政處罰辦法》的規(guī)定，責令改正和實施行政處罰是對環(huán)境違法行為必須采取的措施；而責令限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治，則需生態(tài)環(huán)境部門根據(jù)《辦法》和排污單位的實際情況進行合理的自由裁量。那么，生態(tài)環(huán)境部門該如何進行合理的自由裁量呢？

筆者認為，首先，執(zhí)法人員須根據(jù)排污單位能否“立即改正”，判斷采取“責令改正”還是“停產(chǎn)整治”。如執(zhí)法人員判斷排污單位能夠“立即改正”，生態(tài)環(huán)境部門可決定適用“責令改正”；否則，決定“停產(chǎn)整治”。其次，生態(tài)環(huán)境部門采取“限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治”時應該綜合考慮各種因素，對各種利益進行權衡，盡量使行政相對人所受的損失保持在最小范圍和最低程度，具體包括以下幾點：一是違法行為的情節(jié)及其危害程度；二是糾正違法行為所要求的緩急程度；三是消除危害后果的難易程度。具體而言，實施“停產(chǎn)整治”一般適用于污染較為嚴重，且需要一定整改期限的污染排污者，對于違法超標、超總量的嚴重程度可以結合監(jiān)測數(shù)據(jù)予以判斷；對于能夠立即改正環(huán)境違法行為、完成整治任務的，無須同時采取限制生產(chǎn)、停產(chǎn)整治措施。