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作者：SciRes 來源：科研小助手 miRNA(microRNA)是一類長(zhǎng)度約20～23個(gè)核苷酸的非編碼RNA，通過和靶基因mRNA堿基配對(duì)引導(dǎo)沉默復(fù)合體(RISC)降解mRNA或阻礙其翻譯。在物種進(jìn)化中相當(dāng)保守，在植物、動(dòng)物和真菌中發(fā)現(xiàn)的miRNA大部分在特定的組織和發(fā)育階段表達(dá)。miRNA的組織特異性和時(shí)序性，決定組織和細(xì)胞的功能特異性，表明miRNA在細(xì)胞生長(zhǎng)和發(fā)育過程的調(diào)節(jié)過程中起多種作用。之前小助手為大家介紹了miRNA常用的數(shù)據(jù)庫(kù)『研究miRNA，這些數(shù)據(jù)庫(kù)你必須得知道！| 常用數(shù)據(jù)庫(kù)匯總』，面對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)中各種名稱是否曾想過這其中是否有著某種規(guī)范？今天我們就為大家講解一下miRNA的命名規(guī)則，小助手還特意為大家整理一個(gè)包含200多個(gè)物種三字母縮寫（少數(shù)為多個(gè)字母）的列表，如欲索取PDF版本請(qǐng)按照文末要求添加小助手微信。 miRNA成熟體命名規(guī)則(以動(dòng)物miRNA為例) ①確定命名規(guī)則之前發(fā)現(xiàn)的miRNA，保留原來名字，如hsa-let-7。 ②miRNA成熟體簡(jiǎn)寫成miR，再根據(jù)其物種名稱，及被發(fā)現(xiàn)的先后順序加上阿拉伯?dāng)?shù)字，如hsa-miR-122； ③高度同源的miRNA在數(shù)字后機(jī)上英文小寫字母(a,b,c,…)，如hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等； ④由不同染色體上的DNA序列轉(zhuǎn)錄加工而成的具有相同成熟體序列的miRNA，則在后面加上阿拉伯?dāng)?shù)字以示區(qū)分，如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2； ⑤通常一個(gè)miRNA前體長(zhǎng)度大約為70~80nt，很可能兩個(gè)臂分別產(chǎn)生miRNA，則繼續(xù)在名稱之后加上-5p/-3p等，如hsa-miR-122-5p。 補(bǔ)充說明：在較早文獻(xiàn)中可看到，表達(dá)水平較高的miRNA后面不加任何符號(hào)，而表達(dá)水平較低的miRNA后面加上*號(hào)，如rno-miR-9*。有時(shí)帶“*”的miRNA就根本不出現(xiàn)。有時(shí)也會(huì)以“-s”和“-as”來命名，但現(xiàn)在已經(jīng)取消了這種命名方式。 目前的miRBase 21.0對(duì)miRNA成熟體的名稱進(jìn)行了大量的修改，很多帶“*”的miRNA都變成了“-5p”或“-3p”。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p，分別表明從hsa-mir-26b前體的5’端臂和3’端臂加工而來的。 miRNA編號(hào)及名稱(以動(dòng)物miRNA為例) miRBase記錄了miRNA前體序列及miRNA成熟體序列，其中： ① miRNA的前體(precursor miRNA, pre-miRNA) 發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)的miRNA前體轉(zhuǎn)錄本以“mir”命名，其編號(hào)以“MI”編號(hào)，如人的miRNA 122的前體ID為hsa-mir-122，Accession為MI0000442。 ② miRNA的成熟體(mature sequence) 大約20～23nt的miRNA成熟體以“miR”命名，其編號(hào)以“MIMAT”編號(hào)，如人的miR-122有兩個(gè)成熟體，其中之一ID為hsa-miR-122-5p ，Accession為 MIMAT0000421；另一個(gè)為ID為hsa-miR-122-3p ，Accession為 MIMAT000 4590。 不同物種命名方式差別 ① 動(dòng)物： miRNA前體：以動(dòng)物物種縮寫+“-”+ mir+“-”+命名順序，如hsa-mir-122； miRNA成熟鏈：以動(dòng)物物種縮寫+“-”+ miR+“-”+命名順序，如hsa-miR-122-5p； ② 植物： miRNA前體：以植物物種縮寫+“-”+ MIR+命名順序，如ath-MIR156a。注意：MIR是大寫，并與命名順序之間沒有“-”； miRNA成熟鏈：以植物物種縮寫+“-”+ miR+命名順序，如ath-miR156a。注意：miR是小寫，并與命名順序之間沒有“-”； ③ 病毒： miRNA前體：以病毒物種縮寫+“-”+ mir+命名順序，如bhv1-mir-B1； miRNA成熟鏈：以病毒物種縮寫+“-”+ miR+命名順序，如bhv1-miR-B1。
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