cBioPortal整合了來自TCGA,CCLE以及幾個獨立的大型腫瘤研究項目的數(shù)據(jù)，構(gòu)建了一個易于使用的網(wǎng)站，不需要有深厚的計算機功底，也可以通過該網(wǎng)站查詢，分析，可視化腫瘤的相關(guān)結(jié)果。

針對該網(wǎng)站的使用，官方專門發(fā)布了對應(yīng)的文章，鏈接如下

https://www.ncbi.nlm./pmc/articles/PMC4160307/

該網(wǎng)站的網(wǎng)址如下

http://www./

在該網(wǎng)站中，存儲了腫瘤的多種組學數(shù)據(jù)，列表如下

1. somatic mutations

2. DNA copy-number alterations(CNAs)

3. mRNA/miRNA expression

4. DNA methylation

5. protein abundance

6. phosphoprotein abundance

將每個腫瘤研究的相關(guān)結(jié)果作為一個study, 可以方便的針對一個或者多個study的數(shù)據(jù)進行探究。以探究單個study的分析結(jié)果為例，過程如下

需要經(jīng)過4個步驟，第一步選擇感興趣的study,第二步選擇需要查看的組學數(shù)據(jù)，在一個study中，可以包含突變， CNV, 表達譜等多種組學數(shù)據(jù)，支持篩選其中的部分數(shù)據(jù)進行查看，第三步對樣本進行選擇，在數(shù)據(jù)庫中有定義好的樣本列表，也支持自定義，第四步選擇需要查看的基因，數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)有定義好的腫瘤中研究的通路對應(yīng)的基因列表，當然也支持自定義了，圖示如下

經(jīng)過上述四步之后，點擊submit query就可以查看結(jié)果了。以下列study為例，

Breast Invasive Carcinoma (TCGA, Cell 2015)

結(jié)果頁面包含的內(nèi)容如下

1.  OncoPrint

以熱圖的形式展現(xiàn)樣本中mutations和CNAs的分布情況，每一行為一個基因，每一列代表一個樣本，示意如下

2.  Cancer Type Summary

以堆積柱狀圖的形式，展示mutations和CNAs的構(gòu)成，示意如下

3. Mutual Exclusivity

將一個基因上存在變異的樣本個數(shù)作為一個集合，通過對兩個基因?qū)?yīng)的集合進行分析，來分析兩個基因在腫瘤中的是互斥還是共發(fā)生，結(jié)果示意如下

4.  Plots

通過多組學數(shù)據(jù)對樣本的分布進行可視化，結(jié)果示意如下

5. Mutations

查看每個基因上突變位點的詳細信息，示意如下

6. Co-expression

根據(jù)基因表達量的數(shù)據(jù)，分析共表達的基因，結(jié)果示意如下

7. Enrichments

富集分析的結(jié)果，示意如下

8. Survival

根據(jù)在查詢基因上有無變異將樣本分為兩類，比較兩類樣本生存數(shù)據(jù)的差異，結(jié)果示意如下

9. CN Segments

通過IGV基因組瀏覽器，查看CNAs在染色體上的分布情況，示意如下

10. Network

展示基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)，示意如下

11. Download

下載數(shù)據(jù)，示意如下

cBioPortal功能非常的強大，更多用法請參考官方的幫助文檔。