在新疆已知10多處佛教石窟遺址中，吐峪溝石窟遺址是新疆東部開鑿年代最早、規(guī)模最大的佛教石窟遺址群；

史書記載，吐峪溝的石窟造像最早出現(xiàn)在晉、十六國(guó)時(shí)期，沮渠氏家族 稱王吐魯番時(shí)，即公元443年—450年，當(dāng)?shù)胤鸾淌咴煜袷O一時(shí)；

南北朝時(shí)期，這里是高昌王國(guó)統(tǒng)治者最為重視的佛教圣地；

唐代文獻(xiàn)《西州圖經(jīng)》里曾對(duì)吐峪溝的繁榮有過(guò)生動(dòng)的描述：佛塔高聳入云，橫跨溝谷東西的橋梁如彩虹臥波。遍布山間的佛窟，密密麻麻，不計(jì)其數(shù)；

吐峪溝佛教遭遇第一次劫難是在元末明初，佛教寺廟洞窟被大面積破壞。

1904年，德國(guó)人勒柯克來(lái)到吐峪溝，找到了一間封閉的石窟密室，發(fā)現(xiàn)了不少唐代的佛教典籍，將它們連同在柏孜克里克里發(fā)掘出的文物裝滿了200多箱，和其他一些“驚人的刺繡”，一并運(yùn)回了柏林；

日本人橫瑞超和野村榮三郎也在吐峪溝“收獲頗豐”；

英國(guó)人斯坦因幾次來(lái)新疆探險(xiǎn)，同樣沒有放過(guò)吐峪溝；

1916年，吐魯番地區(qū)發(fā)生大地震，?的吐峪溝石窟頃刻間灰飛煙滅，被永遠(yuǎn)深埋在歲月的塵埃中；

中華人民共和國(guó)成立后，國(guó)家曾在1952年、1961年兩次組織專家到吐峪溝考察，隨后實(shí)施了維修、加固、看管等一系列保護(hù)措施，但未進(jìn)行過(guò)發(fā)掘；于2010年春、秋季和2011年春季，對(duì)吐峪溝石窟進(jìn)行了保護(hù)性發(fā)掘；

2010年春季發(fā)掘的區(qū)域?yàn)?span> 溝東區(qū)北部石窟群 和 一處地面佛寺，秋季發(fā)掘區(qū)域?yàn)?溝西區(qū)北部，2011年春季發(fā)掘區(qū)域主要集中在 溝西北區(qū)；發(fā)掘總面積超過(guò)3000平方米，新發(fā)現(xiàn)壁畫面積200多平方米；

此次發(fā)掘發(fā)現(xiàn)，石窟是當(dāng)時(shí)所建寺院的一個(gè)重要組成部分，后來(lái)寺院被毀，留下了洞窟；

在 溝東區(qū)北部窟群遺址發(fā)掘中，考古人員清理洞窟56處，包括：禮拜窟、禪窟、僧房窟以及其他配套生活設(shè)施等；

最重要的發(fā)現(xiàn)是一處塔殿遺址；

在多處洞窟前還清理出門道、臺(tái)階等重要遺跡，并發(fā)現(xiàn)多處洞窟改建、維修等跡象；

在 溝西北部發(fā)掘 的一組石窟中，在一僧房窟壁上，考古人員發(fā)現(xiàn)了一處目前已知面積最大的回鶻文題記；

最讓考古人員感到興奮的是，在此次考古發(fā)掘中，他們發(fā)現(xiàn)了200多平方米的壁畫和數(shù)以千計(jì)的文書殘片；

據(jù)參加發(fā)掘的考古人員介紹，這些壁畫非常精美，風(fēng)格與河西、于闐等地明顯不同，顯示出較早的時(shí)代特征；

壁畫題材也是前所未見，具有較強(qiáng)的地域特色，尤其是一排10個(gè)的立像及立像中間加壁合龕等，都是罕見的發(fā)現(xiàn)；

在出土的文書中，包括漢文、粟特文、藏文、回鶻文、婆羅迷文等多種文字；有佛經(jīng)寫本、世俗文書和古書注本等；部分文書保存完整，帶有卷軸，并有紀(jì)年題記；從文書字體的風(fēng)格上看，最早的為公元4世紀(jì)-5世紀(jì)。

吐峪溝石窟的發(fā)掘，是近年來(lái)中國(guó)石窟寺考古的重要成果，因?yàn)檫€沒有一個(gè)石窟寺出土如此多的文物，解決這么多學(xué)術(shù)問(wèn)題。

因此，吐峪溝石窟遺址亦當(dāng)選中國(guó)社會(huì)科學(xué)院公布的“2010年中國(guó)六大考古新發(fā)現(xiàn)”之一；

由于吐峪溝石窟寺遺址包含：吐峪溝石窟、蘇貝希石窟、蘇貝希墓地、霍加木麻扎、古代民居，以及祅教、摩尼教遺跡和墓葬，內(nèi)容豐富，專家學(xué)者們建議，將這些文物單位進(jìn)行統(tǒng)一科學(xué)規(guī)劃管理；

北京大學(xué)考古文博學(xué)院教授陳凌向記者證實(shí)，2016年4月，他們?cè)谛陆卖敺掠鴾鲜呖脊虐l(fā)掘中發(fā)現(xiàn)回鶻高昌新壁畫；新發(fā)現(xiàn)的壁畫之精美、繪畫技藝之高，不僅在吐魯番，甚至在全國(guó)都不多見；

這充分說(shuō)明，在回鶻高昌時(shí)期，吐峪溝仍然保持著王家佛教寺院的重要地位；

吐峪溝石窟中發(fā)現(xiàn)了目前所知最早的漢文佛經(jīng)寫本——《諸法要集經(jīng)》

無(wú)意間發(fā)現(xiàn)腳下有一段常人難以察覺的白線，僅2米左右；

最終討論的結(jié)果是，溝西崖體下方可能埋藏著建筑遺址，這道白線就是古代佛教洞窟的白灰地面；

2016年4月，再次開始發(fā)掘吐峪溝西岸崖體下的這段白線，隨著崖體倒塌下來(lái)的石塊、泥土一鍬鍬地被鏟去，土坯塊開始露頭；

考古隊(duì)員發(fā)現(xiàn)，這確實(shí)是一處被崩毀的山體掩埋的建筑遺址；

當(dāng)墻壁上菩薩頭上精美的頭光、發(fā)髻ji一個(gè)接一個(gè)出現(xiàn)的時(shí)候，一切都明白了，這里確鑿無(wú)疑是一組佛堂建筑；佛堂的頂部早已被崩塌的山體壓毀，四壁大部分完整地保存了下來(lái)，殘存的壁畫面積超過(guò)30平方米；

佛堂正中立著一座方形的像臺(tái)，佛堂正壁佛像須彌座兩側(cè)繪制高大的男女供養(yǎng)人，金裝的華貴服飾顯示，他們是回鶻貴族；

兩側(cè)壁繪制上下兩排形態(tài)各異的菩薩像，菩薩駕座蓮臺(tái)，體態(tài)豐腴，神態(tài)慈祥；

門道兩側(cè)也繪有足踏神獸或法器的神像，衣冠服飾極其華美；

佛堂南側(cè)還殘存著一組形制復(fù)雜的僧房洞窟，顯示出吐峪溝石窟特有的風(fēng)格類型。

陳凌推測(cè)，佛堂的北側(cè)原來(lái)也有建筑，但現(xiàn)在已經(jīng)完全被毀了；

……

2015年新年剛過(guò)，新疆吐魯番地區(qū)文物局傳來(lái)好消息：最早《大唐西域記》殘卷寫本就是在新疆吐魯番地區(qū)吐峪溝考古發(fā)現(xiàn)的一件；

寫本是指成書時(shí)手寫形式流傳的古籍，以此區(qū)別于刻本；

這件殘卷寫本1981年出土于吐峪溝石窟，是目前學(xué)術(shù)界所知數(shù)十種《大唐西域記》中年代最早的寫本；

在此寫本發(fā)現(xiàn)之前，年代較早的古本為敦煌寫本，存卷一、卷二、卷三，都是殘卷，書法非出一人之手，不是同一寫本；

其中卷一、卷三藏大英博物館，卷二藏巴黎國(guó)家圖書館；此外還有日本東寺觀智院所藏北宋刻本；

漢文抄寫的《維摩詰所說(shuō)經(jīng)——佛國(guó)品第一》，文書背面寫有回鶻文，具體內(nèi)容和年代有待專家解讀；