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GEO 下載的series matrix 文件想把基因表達(dá)量用R轉(zhuǎn)換為L(zhǎng)OG2,求代碼

 雙峰寶林 2019-05-24

1、xlsx文件轉(zhuǎn)為txt分隔符存儲(chǔ)('datExp.txt');

2、dat = read.table('datExp.txt',header=T,sep='\t') #讀取數(shù)據(jù);

3、dat1 = dat[,-1]  #刪除dat的第一列,賦予dat1

4、rownames(dat1) = dat[,1] #把dat中第一列作為dat1的行名

注意:行名是獨(dú)一無(wú)二的,所以原始文件series matrix文件中的基因名稱是不能有重復(fù)的!(有的話需要取該基因的平均值處理),我給你數(shù)據(jù)運(yùn)行后發(fā)現(xiàn)GOLGA6有2個(gè)重復(fù),我進(jìn)行刪除后就行了

5、dat.exp = log(dat1,2);#

6、View(head(dat.exp))  #查看處理后的數(shù)據(jù)

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