  王老師站在臨床研究的角度，通過分析優(yōu)秀的研究案例，了解如何用好代謝組學這門技術，從而更好地為臨床科研服務，下面主要圍繞三個方面來展開： 1  代謝組學最新的學科進展 從上世紀末開始到2009年，代謝組學學科迅速發(fā)展，研究者們紛紛搭建起自己的技術平臺，由賈偉老師主編的第一版書籍《醫(yī)學代謝組學》也在這個時期出版；第二個時期是從2010年到現(xiàn)在，研究者們在各自的平臺上積累了大量的經(jīng)驗，市場上也出現(xiàn)了各種代謝組學檢測服務公司，代謝組學也出現(xiàn)了一些新的分支，比如全譜定量代謝組學、靶向代謝組學、藥物代謝組學以及獨具中國特色的中醫(yī)方證代謝組學。同時，由賈偉老師主編的第二版書籍《代謝組學與精準醫(yī)學》也于近期出版，本書系為精準醫(yī)學系列叢書之一。 2  在第二個時期，代謝組學與臨床及分子生物學結合的研究工作頻頻發(fā)表在高水平的雜志上，進而引起了科研工作者的廣泛關注和認可。代謝組學研究從非靶向全譜代謝組學和靶向定量代謝組學開展： 3  目前80%以上的研究都是從1類研究開始，進而聚焦于定量代謝組學，當然也有從已有研究基礎和文獻資料的指向直接進行定量代謝組學分析。  代謝組學能為我的研究做些什么 2 所有人都想獲得高質量研究結果。對于臨床組學研究來說，樣本的質量和詳細的臨床信息是源頭。另外，靠譜的代謝組學平臺是關鍵，如何選擇合作伙伴，建議大家多考查平臺技術的研究基礎和已發(fā)表的論文；多溝通，把自己的實驗設計與合適的研究方法相結合；最后，強大的數(shù)據(jù)分析平臺也是考察合作對象的關鍵因素。 4  從右邊的生物信息流向圖可以發(fā)現(xiàn)，為什么人類基因組被破解這么多年之后還是有很多的疾病和臨床問題沒有得到解決，因為中間隔了太多未知的變化，代謝物處在生物信息流最復雜的位置，大部分代謝物既是反應物也是產(chǎn)物，既能反映人體的代謝狀態(tài)，又能解釋基因和蛋白的變化。通過代謝物所處的位置將代謝組學分為四大類： 5  代謝組學應用于臨床研究的經(jīng)典范例 3 請鏈接至麥特繪譜微信公眾號對應文章查看詳情 1. 發(fā)現(xiàn)型研究-多組學結合的隨機對照臨床研究 6  2. 發(fā)現(xiàn)型研究-疾病發(fā)生發(fā)展和預后的代謝標志物 7  8 3. 發(fā)現(xiàn)+故事：疾病發(fā)生發(fā)展和預后的代謝標志物 9 4. 講故事型研究——從臨床到基礎的疾病機制闡述 10 11 希望同仁們通過上述案例的啟發(fā)設計好自己的研究課題，后續(xù)將探討更多與基礎研究相結合的案例。 服務產(chǎn)品 4 2019年，麥特繪譜全新上線了代謝芯片檢測服務，可以有效結合自動化樣本處理工作站，和超高效液相色譜串聯(lián)質譜以及自主開發(fā)的定量數(shù)據(jù)分析軟件，能夠同時定量氨基酸、糖類、脂肪酸、膽汁酸等300多種代謝物。 12 Q&A 5 Q1: 如何從非靶向結果中選擇深入驗證的標志物？ A: 這是研究最難的部分, 可以從變化最大的代謝物入手，或者是從變化代謝物最多的通路入手，也可以結合自己前期基礎，還有相關的文獻綜合判斷。例如：白血病論文里選的2-HG是已發(fā)表文章里其他腫瘤里研究的比較多的。 Q2:非靶向代謝組學研究中內標的作用是什么，一定要加嗎？ A: ?對分析測試流程來說，內標肯定是不可缺少的，可以用來控制操作流程和儀器誤差。 Q3: 檢測糖酵解、三羧酸循環(huán)的中間產(chǎn)物，比較和正常人在含量上的差異，應該怎么做？ A: 采用非靶向及靶向代謝組學檢測均可實現(xiàn)。非靶向代謝組學完全可涵蓋到糖酵解及TCA循環(huán)，但非靶向只能看到相對定量結果。而靶向糖酵解代謝通路檢測可獲得絕對含量的差異結果。 Q4: 血清和尿液2種體液，哪種比較好，有什么注意事項嗎? A: 血清肯定是優(yōu)先考慮，當然有明確研究目的的樣本選擇除外。因為尿液受飲食影響比較大，尿液樣本需要收集全天的尿量并且需要記錄總體積，再從總量里面取部分樣本進行檢測比較好，一般而言臨床樣本收集做到以上幾點難度較大。 Q5: 利用代謝組學的方法研究有毒藥物，請問動物給藥時間需要多久才可以取材？ A: ?這個不是固定的，根據(jù)毒理的代謝周期來看。 Q6: 請問老師如何評估代謝組學檢測平臺？ A: 建立可靠的代謝組學方法是需要長期積累并不停優(yōu)化的，有相應的方法學文章并使用大量的樣本進行驗證，同時也需要參考研究團隊搭建平臺的研究歷史和已發(fā)表的研究論文來考核其整體實力。 Q7: 第一次樣本效果分析差異代謝物比較可觀，第二次驗證的效果就不明顯，代謝物物質隨時間的變化問題，如果排除樣本收集和保存有哪些原因可以改善的？拿到類似這樣的結果寫論文時，這樣的數(shù)據(jù)如何去驗證？ A: 需要多個中心的結果來驗證，我們組的代謝組學多中心的研究有很多，例如白血病的結果后面是六個中心來驗證，胰腺癌也是中美多個中心。前后兩次代謝物定性的數(shù)據(jù)庫也非常關鍵，最好能用標準品驗證相關結果的可靠性再結合臨床多中心驗證。 Q8: 在做多元統(tǒng)計分析時，同一個模型，發(fā)現(xiàn)二維視圖圖中各組的聚合趨勢不太好，然后用3D視圖呈現(xiàn)的結果就比較好，請問老師有什么見解？有科學依據(jù)可以解釋這一現(xiàn)象嗎？可以用3D 視圖來發(fā)文嗎？ A: 實際上還是兩組區(qū)分度不夠，需要再加上一個維度。這些圖在現(xiàn)在的論文發(fā)表中已經(jīng)不重要了，現(xiàn)在主要看組間的差異代謝物。 Q9: 請問一般血清肝臟放在-80度可以保存多久沒有影響？ A: 針對樣本凍存時間，我們曾特地用實際樣本進行過檢測研究，在不反復凍融的情況下，六年以內是沒有問題的。 Q10: 請問如果是做腸道菌群的臨床實驗，在排除使用抗生素的病人的時候，最少要排除幾個月內使用過抗生素的病人呢？ A：具體的影響時間和抗生素種類相關，大部分抗生素兩個月時間應該足夠了，保險一點可以時間更長些。 Q11: 是否有靶向代謝組學的經(jīng)典案例？ A: 最后一篇就是靶向的案例，通過轉錄組發(fā)現(xiàn)BCAA分解代謝差異，再靶向檢測BCAA及下游代謝產(chǎn)物。更多靶向案例請見麥特繪譜網(wǎng)站文獻或公眾號文獻解讀。 |
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