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上期的conda安裝步驟中沒有添加鏡像，“conda config --add channels bioconda”，本期的第一節(jié)仍舊是數(shù)據(jù)的下載，對此沒有疑問的同學(xué)，請直接略過。 因為周一專欄處于6月交接期間，所以大家仍然是可以在頭條教程看到新的學(xué)徒的數(shù)據(jù)挖掘教程，然后我這個腫瘤外顯子數(shù)據(jù)處理系列會一直在次頁慢慢更新，直到離開為止，非常謝謝大家關(guān)注了我一年！ 腫瘤外顯子數(shù)據(jù)處理系列教程（一）讀文獻并且下載測序數(shù)據(jù) https://www.ncbi.nlm./Traces/study/?acc=SRP070662 ## 推薦下載NCBI官網(wǎng)最新版本的sra-tools（2.9.6）4.8G 2月 24 2016 SRR3182418.sra 3.0G 2月 24 2016 SRR3182419.sra 3.1G 2月 24 2016 SRR3182420.sra 3.1G 2月 24 2016 SRR3182421.sra 3.1G 3月 1 10:58 SRR3182422.sra 3.0G 2月 24 2016 SRR3182423.sra 7.8G 3月 1 11:57 SRR3182424.sra 7.8G 3月 4 09:41 SRR3182425.sra 7.7G 2月 24 2016 SRR3182426.sra 8.2G 2月 24 2016 SRR3182427.sra 7.6G 2月 24 2016 SRR3182428.sra 4.1G 2月 24 2016 SRR3182429.sra 3.2G 2月 24 2016 SRR3182430.sra 4.0G 3月 4 09:35 SRR3182431.sra 4.1G 2月 24 2016 SRR3182432.sra 7.6G 2月 24 2016 SRR3182433.sra 6.6G 2月 24 2016 SRR3182434.sra 8.2G 2月 24 2016 SRR3182435.sra 6.0G 2月 24 2016 SRR3182436.sra 6.7G 2月 24 2016 SRR3182437.sra 5.9G 2月 24 2016 SRR3182438.sra 6.2G 3月 1 11:58 SRR3182439.sra 6.0G 2月 24 2016 SRR3182440.sra 7.9G 3月 1 12:03 SRR3182441.sra 6.0G 2月 25 2016 SRR3182442.sra 7.2G 2月 25 2016 SRR3182443.sra 6.8G 2月 25 2016 SRR3182444.sra 5.7G 3月 1 11:42 SRR3182445.sra 7.1G 3月 1 11:42 SRR3182446.sra 2.5G 2月 24 2016 SRR3182447.sra 5.8G 5月 16 16:57 case1_biorep_A_techrep_1.fastq.gz 5.8G 5月 16 17:04 case1_biorep_A_techrep_2.fastq.gz 4.9G 5月 15 20:46 case1_biorep_B_1.fastq.gz 4.9G 5月 15 20:50 case1_biorep_B_2.fastq.gz 6.1G 5月 15 21:12 case1_biorep_C_1.fastq.gz 6.1G 5月 15 21:18 case1_biorep_C_2.fastq.gz 2.4G 5月 15 18:15 case1_germline_1.fastq.gz 2.4G 5月 15 18:16 case1_germline_2.fastq.gz 5.1G 5月 15 23:13 case1_techrep_2_1.fastq.gz 5.2G 5月 15 23:18 case1_techrep_2_2.fastq.gz 4.5G 5月 15 21:30 case2_biorep_A_1.fastq.gz 4.6G 5月 15 21:34 case2_biorep_A_2.fastq.gz 5.0G 5月 15 21:49 case2_biorep_B_techrep_1.fastq.gz 5.2G 5月 15 21:53 case2_biorep_B_techrep_2.fastq.gz 4.4G 5月 15 22:06 case2_biorep_C_1.fastq.gz 4.5G 5月 15 22:09 case2_biorep_C_2.fastq.gz 2.2G 5月 15 17:45 case2_germline_1.fastq.gz 2.3G 5月 15 17:47 case2_germline_2.fastq.gz 1.4G 5月 18 12:21 case2_germline_2_val_2.fq.gz 4.3G 5月 15 23:32 case2_techrep_2_1.fastq.gz 4.3G 5月 15 23:35 case2_techrep_2_2.fastq.gz 6.0G 5月 15 19:30 case3_biorep_A_1.fastq.gz 6.1G 5月 15 19:36 case3_biorep_A_2.fastq.gz 5.7G 5月 15 19:54 case3_biorep_B_1.fastq.gz 5.6G 5月 15 19:59 case3_biorep_B_2.fastq.gz 3.1G 5月 15 20:07 case3_biorep_C_techrep_1.fastq.gz 3.2G 5月 15 20:09 case3_biorep_C_techrep_2.fastq.gz 2.4G 5月 15 18:00 case3_germline_1.fastq.gz 2.4G 5月 15 18:01 case3_germline_2.fastq.gz 4.4G 5月 16 17:20 case3_techrep_2_1.fastq.gz 4.5G 5月 16 17:23 case3_techrep_2_2.fastq.gz 5.8G 5月 16 16:27 case4_biorep_A_1.fastq.gz 5.8G 5月 16 16:34 case4_biorep_A_2.fastq.gz 5.9G 5月 15 18:36 case4_biorep_B_techrep_1.fastq.gz 5.9G 5月 15 18:42 case4_biorep_B_techrep_2.fastq.gz 5.7G 5月 15 19:03 case4_biorep_C_1.fastq.gz 5.7G 5月 15 19:09 case4_biorep_C_2.fastq.gz 2.4G 5月 15 17:52 case4_germline_1.fastq.gz 2.4G 5月 15 17:54 case4_germline_2.fastq.gz 5.8G 5月 16 17:48 case4_techrep_2_1.fastq.gz 6.0G 5月 16 17:55 case4_techrep_2_2.fastq.gz 4.6G 5月 15 22:24 case5_biorep_A_1.fastq.gz 4.7G 5月 15 22:27 case5_biorep_A_2.fastq.gz 4.6G 5月 16 18:12 case5_biorep_B_techrep_1.fastq.gz 4.7G 5月 16 18:16 case5_biorep_B_techrep_2.fastq.gz 2.0G 5月 16 00:08 case5_biorep_C_1.fastq.gz 1.9G 5月 16 00:09 case5_biorep_C_2.fastq.gz 3.6G 5月 15 17:38 case5_germline_1.fastq.gz 3.7G 5月 15 17:40 case5_germline_2.fastq.gz 5.3G 5月 15 23:56 case5_techrep_2_1.fastq.gz 5.3G 5月 16 00:03 case5_techrep_2_2.fastq.gz 2.4G 5月 16 18:24 case6_biorep_A_techrep_1.fastq.gz 2.5G 5月 16 18:26 case6_biorep_A_techrep_2.fastq.gz 3.1G 5月 15 20:18 case6_biorep_B_1.fastq.gz 3.1G 5月 15 20:20 case6_biorep_B_2.fastq.gz 3.1G 5月 15 20:27 case6_biorep_C_1.fastq.gz 3.1G 5月 15 20:29 case6_biorep_C_2.fastq.gz 2.4G 5月 15 18:07 case6_germline_1.fastq.gz 2.4G 5月 15 18:09 case6_germline_2.fastq.gz 5.2G 5月 15 22:48 case6_techrep_2_1.fastq.gz 5.5G 5月 15 22:53 case6_techrep_2_2.fastq.gz ## fastqc使用多線程要用--threads5.0G 5月 18 13:32 case1_biorep_A_techrep_1_val_1.fq.gz 5.1G 5月 18 13:32 case1_biorep_A_techrep_2_val_2.fq.gz 4.4G 5月 17 17:35 case1_biorep_B_1_val_1.fq.gz 4.4G 5月 17 17:35 case1_biorep_B_2_val_2.fq.gz 5.2G 5月 17 17:56 case1_biorep_C_1_val_1.fq.gz 5.3G 5月 17 17:56 case1_biorep_C_2_val_2.fq.gz 2.1G 5月 17 15:23 case1_germline_1_val_1.fq.gz 2.1G 5月 17 15:23 case1_germline_2_val_2.fq.gz 4.3G 5月 17 20:09 case1_techrep_2_1_val_1.fq.gz 4.4G 5月 17 20:09 case1_techrep_2_2_val_2.fq.gz 3.9G 5月 17 18:17 case2_biorep_A_1_val_1.fq.gz 4.0G 5月 17 18:17 case2_biorep_A_2_val_2.fq.gz 4.2G 5月 18 13:11 case2_biorep_B_techrep_1_val_1.fq.gz 4.4G 5月 18 13:11 case2_biorep_B_techrep_2_val_2.fq.gz 3.8G 5月 17 18:34 case2_biorep_C_1_val_1.fq.gz 3.9G 5月 17 18:34 case2_biorep_C_2_val_2.fq.gz 1.3G 5月 17 14:45 case2_germline_1_val_1.fq.gz 1.4G 5月 17 14:45 case2_germline_2_val_2.fq.gz 3.8G 5月 17 20:28 case2_techrep_2_1_val_1.fq.gz 3.8G 5月 17 20:28 case2_techrep_2_2_val_2.fq.gz 5.3G 5月 17 16:26 case3_biorep_A_1_val_1.fq.gz 5.3G 5月 17 16:26 case3_biorep_A_2_val_2.fq.gz 5.0G 5月 17 16:49 case3_biorep_B_1_val_1.fq.gz 5.0G 5月 17 16:49 case3_biorep_B_2_val_2.fq.gz 2.7G 5月 18 12:56 case3_biorep_C_techrep_1_val_1.fq.gz 2.8G 5月 18 12:56 case3_biorep_C_techrep_2_val_2.fq.gz 2.1G 5月 17 15:04 case3_germline_1_val_1.fq.gz 2.1G 5月 17 15:04 case3_germline_2_val_2.fq.gz 3.8G 5月 17 19:31 case3_techrep_2_1_val_1.fq.gz 3.9G 5月 17 19:31 case3_techrep_2_2_val_2.fq.gz 5.1G 5月 17 15:40 case4_biorep_A_1_val_1.fq.gz 5.1G 5月 17 15:40 case4_biorep_A_2_val_2.fq.gz 5.2G 5月 18 12:49 case4_biorep_B_techrep_1_val_1.fq.gz 5.2G 5月 18 12:49 case4_biorep_B_techrep_2_val_2.fq.gz 5.0G 5月 17 16:03 case4_biorep_C_1_val_1.fq.gz 5.0G 5月 17 16:03 case4_biorep_C_2_val_2.fq.gz 2.1G 5月 17 14:54 case4_germline_1_val_1.fq.gz 2.1G 5月 17 14:54 case4_germline_2_val_2.fq.gz 5.0G 5月 17 19:12 case4_techrep_2_1_val_1.fq.gz 5.1G 5月 17 19:12 case4_techrep_2_2_val_2.fq.gz 4.0G 5月 17 18:52 case5_biorep_A_1_val_1.fq.gz 4.0G 5月 17 18:52 case5_biorep_A_2_val_2.fq.gz 3.9G 5月 18 13:20 case5_biorep_B_techrep_1_val_1.fq.gz 3.9G 5月 18 13:20 case5_biorep_B_techrep_2_val_2.fq.gz 1.7G 5月 17 21:01 case5_biorep_C_1_val_1.fq.gz 1.7G 5月 17 21:01 case5_biorep_C_2_val_2.fq.gz 3.1G 5月 17 14:35 case5_germline_1_val_1.fq.gz 3.2G 5月 17 14:35 case5_germline_2_val_2.fq.gz 4.6G 5月 17 20:47 case5_techrep_2_1_val_1.fq.gz 4.6G 5月 17 20:47 case5_techrep_2_2_val_2.fq.gz 2.1G 5月 18 13:01 case6_biorep_A_techrep_1_val_1.fq.gz 2.1G 5月 18 13:01 case6_biorep_A_techrep_2_val_2.fq.gz 2.7G 5月 17 17:06 case6_biorep_B_1_val_1.fq.gz 2.7G 5月 17 17:06 case6_biorep_B_2_val_2.fq.gz 2.7G 5月 17 17:18 case6_biorep_C_1_val_1.fq.gz 2.7G 5月 17 17:18 case6_biorep_C_2_val_2.fq.gz 2.1G 5月 17 15:14 case6_germline_1_val_1.fq.gz 2.1G 5月 17 15:14 case6_germline_2_val_2.fq.gz 4.3G 5月 17 19:50 case6_techrep_2_1_val_1.fq.gz 4.6G 5月 17 19:50 case6_techrep_2_2_val_2.fq.gz
大家可以看到，我這邊的分享以干貨為主，大概就是人少話不多的代表了吧，不過關(guān)于測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制，jimmy老師其實給了我非常信息的指導(dǎo)： |
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