必須有，如果沒有參考因組，要提供近緣物種的序列，但不能保證捕獲結果的可靠性。因為捕獲探針是根據(jù)提供的參考序列來設計的，如果已知目標區(qū)域與參考基因組比有較大出入，例如大片段的插入缺失，是不推薦的。

第一，目標區(qū)域相對于全基因組一般較短，而且可能不連續(xù)，如果將目標區(qū)域單獨提取出來，會影響區(qū)域邊緣的序列比對效果；

第二，無法評估捕獲質量，例如脫靶率、on target比例等。

一般做100×或150×。較高的覆蓋倍數(shù)，對于測異質性的遺傳變質，可以發(fā)現(xiàn)小比例的突變。另外，外顯子測序的覆蓋是隨機的，這樣較高的平均覆蓋率有利于保證大部分的區(qū)域有足夠的覆蓋倍數(shù)。

測序深度代表了序列被探針組覆蓋的次數(shù)，次數(shù)越高，測序結果的識別就越精確，后續(xù)的統(tǒng)計分析也就越準確。如果做腫瘤、低頻突變研究，建議測序深度至少應達到150×以上。如果只看經(jīng)典SNP、非低頻突變，測序深度也至少應該在30×以上。測序深度換算方法：一般目標區(qū)域的捕獲效率在60-70%，安捷倫和羅氏等外顯子捕獲試劑盒的目標區(qū)域大小在60Mb左右，即測序深度=10G*60%/60Mb=100×。

大致能測出50bp的片段缺失。由于外顯子測序的覆蓋很不平均，所以如果有大段的缺失，無法判斷是因為雜交沒有捕獲到，還是因為缺失。目前能夠測到的，就是在一個read中發(fā)現(xiàn)的缺失。一個read的長度也就是150bp，所以50bp以下的片段缺失可以從外顯子測序中測出來。

全外顯子測序因為有一個雜交捕獲的過程，這樣就會有一個雜交捕獲效率的問題。各個外顯子的雜交效率是不同的，其同源競爭的情況也不同，所以不同的外顯子的覆蓋率的差異就很大。所以一般情況下，外顯子測序不能用于CNV的檢測。但在癌癥研究中，利用癌組織和癌旁組織對照，可以檢測CNV。還有另外兩種常規(guī)方法來檢測CNV，一種是全基因組重測序，另外一種是用Affymetrix SNP6.0的芯片來測。其中Affymetrix SNP6.0的檢測費用較低，是一個相對經(jīng)濟的手段。

目標區(qū)域甲基化檢測可以直接使用甲基化捕獲測序產(chǎn)品，例如SureSelect的MethylSeq或者NimbleGen的SeqCap Epi，都能進行甲基化捕獲，原理和捕獲測序類似，利用特制的探針對研究者感興趣的目標區(qū)域進行捕獲富集，經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后進行測序和甲基化檢測。RNA捕獲可以使用SureSelect的RNA Capture或者NimbleGen的SeqCapRNA System產(chǎn)品。

可以，只要捕獲的目的片段有相應的參考基因組，就能夠被探針捕獲到。例如宿主基因組中整合的病毒序列、血液中混合的寄生蟲序列、環(huán)境樣品中的低豐度微生物序列等等。由于這些序列在混樣中所占的比例往往很低，使用傳統(tǒng)的重測序方法的效率會非常低，需要非常高的測序量才能得到足夠的覆蓋深度，同時會產(chǎn)生大量的冗余數(shù)據(jù)。捕獲測序在這方面具有絕對的優(yōu)勢。

由于測序技術的限制，會有部分重復序列、未確定的“N堿基”、樣本本身質量等因素導致序列有無法覆蓋到的可能性，這是所有測序技術都會遇到的問題，即使是全基因組深度測序，也無法保證100%完全覆蓋基因組。由于每位老師的樣品千差萬別，對捕獲的效果直接做出承諾并不靠譜。最好的方式是：老師提供給我們目標區(qū)域，由歐易技術人員設計評估一下，就能得出預期的覆蓋度、可能無法覆蓋的區(qū)域等詳細報告。此外，物種普遍存在重復序列的情況，在設計前一般會先屏蔽掉一些難以覆蓋的重復區(qū)域（mask）再進行設計，會提高捕獲質量，但同時會降低總體的覆蓋度。

可以，但對這些片段的捕獲效率會有一定影響。同樣地，低復雜度片段和含有模糊堿基片段也有一定的捕獲難度。歐易技術人員在設計探針時會根據(jù)覆蓋度情況適當增加覆蓋次數(shù)和探針密度等，并且將預期的捕獲效果（能夠捕獲到的片段、無法捕獲到的片段）發(fā)給客戶確認。另外，如果是捕獲全外顯子、UTR 等，可以選用預設探針組，這些探針設計對較難捕獲的片段進行了優(yōu)化，提高了相應的捕獲效率。