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髓系腫瘤中88種基因突變篩查(NGS,全外顯子)

 生物_醫(yī)藥_科研 2019-05-13

目前,臨床上對惡性血液腫瘤的診斷采用“MICM”,即形態(tài)學(morphology)、免疫學(immunology)、遺傳學(cytogenetics)、分子生物學(molecular)對患者進行綜合診斷及預后分層。近十年來,我們了解到白血病的克隆演變是一個順序性的、多步驟、多基因的突變過程。對于髓系腫瘤的預后及病因探尋需要檢測多種基因,二代測序(NGS)相較于一代測序可同時檢測成千上萬個基因突變,測序深度遠高于一代測序的同時,還具有相對定量等優(yōu)勢。

目前,二代測序技術(shù)在血液腫瘤的輔助診斷、預后分層、用藥指導等方面取得了爆發(fā)式的進展,通過二代測序技術(shù)檢測血液腫瘤患者基因突變已成為NCCN指南、歐洲白血病網(wǎng)(ELN)的推薦,而我國在2018年11月也制定了《二代測序在血液腫瘤中的應用中國專家共識(2018年)》。

NGS在血液腫瘤中的重要應用

1.輔助診斷:2016年WHO髓系腫瘤分類在AML伴重現(xiàn)性遺傳異常分類亞型中定義了3個與基因突變有關(guān)的類別:AML伴NPM1突變、AML伴CEBPA雙等位基因突變及暫定類型AML伴RUNX1突變。JAK2、CALR及MPL基因突變也成為MPN診斷的主要標準之一;在MDS伴環(huán)狀鐵粒幼紅細胞的診斷標準中,對于骨髓環(huán)狀鐵粒幼紅細胞≥5%但<15%的患者,如其存在SF3B1基因突變則也歸于此亞型;BRAF V600E突變可作為鑒別HCL變異和其他B細胞白血病或淋巴瘤的可靠分子標記;

2.預后判斷:AML是高度異質(zhì)化的疾病,隨著臨床數(shù)據(jù)的不斷積累,人們發(fā)現(xiàn)在當前“MICM”評估分層中,患者預后仍存在很大的差異。正常核型的AML患者并非都是中危的,也有部分是低?;蚋呶5?。NGS結(jié)果表明,正常核型AML患者存在大量基因突變,不同基因突變組合決定其預后是不同的。

3. 指導治療:目前已有基于突變基因的靶向藥物應用于臨床或處于臨床試驗階段,其中FLT3、IDH1/2、BRAF 及 JAK-STAT 信號通路相關(guān)的突變基因已有靶向藥物上市;另一方面,基因突變,例如TP53、ABL激酶突變,可以導致對某些藥物的敏感或者耐受,及時檢測有助于治療方案的調(diào)整。

4. 微小殘留病的監(jiān)測:基因突變是MRD監(jiān)測的分子標志物之一。雖然實時定量PCR方法和流式細胞學是目前主流的 MRD 監(jiān)測方法,但是由于NGS靈敏度隨測序深度加深可進一步提高,在MRD監(jiān)測方面具有更大的優(yōu)勢。

5. 克隆演變監(jiān)測:血液腫瘤在發(fā)展過程中會伴隨動態(tài)的克隆演變,或是基因突變負荷的改變,或是新的突變基因的出現(xiàn),及時監(jiān)測基因改變,有助于了解疾病進展并調(diào)整治療方案。

髓系腫瘤88種基因突變篩查(NGS,全外顯子)

Panel攘括了血液腫瘤診斷、預后及指導治療相關(guān)的88個基因,基因集合了國內(nèi)外血液病臨床專家推薦檢測的熱點基因(NCCN、ELN及中國共識基因)。

采用雜交探針捕獲法檢測每個基因全外顯子區(qū)域保證了建庫的質(zhì)量;

測序平均深度在1500-2000X,確保1%以上突變檢出率;

臨床應用

1

急性髓細胞白血?。ˋML)精確預后分層與治療方案決策支持;

2

急性淋巴細胞白血?。ˋLL)精確預后評估及治療方案決策支持;

3

骨髓異常增生綜合征(MDS)精確預后評估及治療方案決策支持;

4

骨髓增值性腫瘤(MPN)輔助精確診斷及預后評估;

5

復發(fā)難治疾病查因;

6

格列衛(wèi)耐藥位點檢測;

適用人群

1

AML、ALL、MDS、MPN初診患者;

2

疑似血液腫瘤但尚未明確疾病類型患者;

3

復發(fā)難治患者:排查病因、制定治療方案、監(jiān)控亞克隆低頻突變,作為治療方案的決策支持依據(jù),預防復發(fā)或疾病亞型轉(zhuǎn)變、靶向藥物相關(guān)及耐藥位點檢測;

4

誘導治療/鞏固治療后MRD監(jiān)測;

華銀健康血液病理診斷中心

為向臨床提供精準的血液疾病病理診斷服務(wù),華銀健康充分依托南方醫(yī)科大學病理學系、“廣東省分子腫瘤病理學重點實驗室”、南方醫(yī)科大學醫(yī)學遺傳學教研室、美國賓夕法尼亞大學醫(yī)學部病理學與檢驗醫(yī)學系等國內(nèi)外知名高等醫(yī)學院校專家及技術(shù)資源,并邀請美國資深血液病理學和分子病理學專家王夏教授擔任學科負責人,建立起血液病理綜合性診斷平臺,采用國際主流的以形態(tài)學、免疫學、細胞遺傳學及分子生物學檢測為一體的“MICM”綜合診斷模式,從而為臨床提供準確可靠的診斷結(jié)果及預后信息。

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