眾所周知，論文里的圖表是給讀者最直觀的信息，最能反映結(jié)果的形式。學(xué)者看一篇論文，一般先閱讀摘要，然后瀏覽引言，翻看文章圖表，并試著鎖定最重要的一兩張圖，確保自己弄明白插圖到底表達(dá)了什么。那么插圖無疑是文章很重要的部分。

　　針對主要基于信息分析的組學(xué)文章，插圖是論文的畫龍點(diǎn)睛之筆，漂亮的生信分析圖能提升論文分?jǐn)?shù)，比如，GO和KEGG分析是組學(xué)SCI論文中最常用的基因注釋分析方法，分析結(jié)果通常展示方法如下圖：

　　而換一款軟件，采用ClueGO可以形象地展示pathway之間的關(guān)系，以及gene在pathway中的富集情況，論文瞬間提升一個檔次，如下圖：

　　那么這款高逼格神器是什么？如何使用呢？且聽小編娓娓道來~~

　　ClueGO是一款用于在功能分組的網(wǎng)絡(luò)中可視化大型基因簇的cytoscape插件，可以與GOlorize或CluePedia結(jié)合使用。它整合了GO，KEGG，BioCarta，WikiPathways，InterPro等數(shù)據(jù)庫。它既可以分析單個簇，又可以基于多個簇功能之間的特異性和相同方面來比較。terms之間的連接度是由kappa統(tǒng)計算法計算得到。

　　好啦，話不多說，接下來小編就帶大家手把手繪制高逼格ClueGO網(wǎng)絡(luò)圖，一起為沖擊高分SCI添磚加瓦，come on！

　　安裝

　　1、安裝之前先申請license key，申請網(wǎng)站http://www.ici./cluego/cluegoLicense.shtml。

　　2、菜單Apps－＞App Manager菜單搜索ClueGO點(diǎn)擊安裝，安裝成功后在Apps菜單可以看到ClueGO，點(diǎn)擊打開。

　　使用方法

　　打開clueGO軟件，選擇CluePedia Gene/miRNA選項下拉框可以選擇物種，默認(rèn)只有人和小鼠，可以點(diǎn)擊按鈕下載其他物種。在文本框中輸入miRNA ID，點(diǎn)擊start。

　　Ctrl+A 全選miRNA，然后在下圖中的紅色方框內(nèi)選擇如紅色箭頭所示。點(diǎn)擊Enrich，得到如下miRNA對應(yīng)靶基因的網(wǎng)絡(luò)圖。

　　1、miRNA靶基因功能分析

　　Ctrl+A 選中所有節(jié)點(diǎn)，選中ClueGO：Function，選擇從網(wǎng)絡(luò)圖中加載節(jié)點(diǎn)“Network”然后點(diǎn)擊文件夾，文本框中就會變成如下ID。

　　2、添加靶基因相關(guān)的miRNA

　　按照下圖紅色箭頭所示，選擇show all genes from all pathways/terms，點(diǎn)擊Update。

　　隱藏小label，只顯示同一分組的Group leading term，Group leading term的定義有幾種方式，如下圖所示，這里的Group leading term是指顯著性最高的節(jié)點(diǎn)。

　　3、Term條形圖

　　縱坐標(biāo)表示Term，橫坐標(biāo)表示該Term上相關(guān)的Gene個數(shù)，label表示在該Term上輸入的基因個數(shù)占這個Term的所有相關(guān)基因個數(shù)的百分比。

　　4、Group餅圖

　　不同顏色代表不同Group，Group的label用該分組中的group leading term（比如分組中最顯著的Term），分組在餅圖中的占比用分組中Term的個數(shù)來衡量。

　　以上就是ClueGO安裝和使用方法啦！如有問題，歡迎隨時給小編留言，小編會及時回復(fù)哦！