晚年僑居法國的圣馬丁曾經(jīng)給昔日的戰(zhàn)友沃伊金斯和吉多等人寫信。圣馬丁在這些信件中，曾經(jīng)說明過瓜亞基爾期間他和玻利瓦爾的主要分歧，主要是三件事：
　　

首先，圣馬丁認(rèn)為瓜亞基爾及基多地區(qū)（相當(dāng)于今天的厄瓜多爾）應(yīng)該被并入秘魯，但玻利瓦爾認(rèn)為它們應(yīng)該加入大哥倫比亞。在厄瓜多爾已經(jīng)基本上被玻利瓦爾控制的情況下，圣馬丁認(rèn)識到，實現(xiàn)自己的想法已經(jīng)基本不可能。
　　

其次，圣馬丁要求玻利瓦爾合作，出兵一起消滅盤踞在秘魯?shù)奈靼嘌乐趁褴?，但玻利瓦爾只答?yīng)出1070人的部隊。經(jīng)過反復(fù)商討，圣馬丁認(rèn)識到，玻利瓦爾希望掌控南美獨立的整個進(jìn)程，不愿意交出軍隊的指揮權(quán)。
　　

第三，圣馬丁希望獨立后的秘魯恢復(fù)印加王權(quán)，實施君主制或君主立憲，而玻利瓦爾希望秘魯走向共和制。
　　

正是由于瓜亞基爾會談中，圣馬丁看到自己與玻利瓦爾的戰(zhàn)略構(gòu)想充滿沖突，為了避免南美獨立運(yùn)動出現(xiàn)內(nèi)訌，他才主動交出了領(lǐng)導(dǎo)權(quán)。
　　
另外一些歷史學(xué)家則認(rèn)為，圣馬丁向玻利瓦爾退讓的原因，除了品格高尚以外，還包括圣馬丁身體狀況不好，或者被德.拉.塞爾納糾纏得焦頭爛額，心生退意等等。
　　

托馬斯.基朵（Thomas Guido）則在他的《圣馬丁與偉大的史詩》中寫道：“玻利瓦爾對圣馬丁在解放秘魯戰(zhàn)爭中所取得的勝利是不高興的。為了爭奪最后勝利和南美洲的最高權(quán)力，玻利瓦爾就會以大膽的手段，帶領(lǐng)他的部隊與圣馬丁的軍隊爭斗。兩支革命軍火并，圣馬丁認(rèn)為是‘留在世界上的一件十分丟臉的丑行惡名！’所以他作出了痛苦的抉擇！”
　　

從玻利瓦爾除掉米蘭達(dá)的舊事來看，這種說法也不是絕無可能的。
　　
就這樣，圣馬丁選擇了退出。他在秘魯制憲會議上對議員們說：
　　

“……而今桂冠布滿了整個南美洲戰(zhàn)場 ，我的頭顱卻要躲避最后勝利的桂冠！我的心靈從來沒有被甜蜜的感情激動過，然而今天卻激動了我的心！對一個為人民的自由、民主、幸福而戰(zhàn)的斗士來說，勝利的喜悅只能使他更加誠心誠意地成為使人民享有權(quán)利的工具……我異常高興地見到了國會的成立，在這屆國會上，我辭去我所擁有的一切最高權(quán)力！我今天講話的目的只有一個，那就是，請所有議員先生都不要投我繼續(xù)執(zhí)政的選票！”
　　

隨后，圣馬丁婉言謝絕了議員們的挽留。當(dāng)天深夜，他離開利馬，取道智利，先回到阿根廷，又在1824年4月20日僑居法國，直到1850年8月17日辭世，享年72歲。
　　
由于圣馬丁的激流勇退，他贏得了舉世贊譽(yù)，有人稱他為“一個歷史上舉世無雙的靈魂”。
　　

晚年的圣馬丁在法國過著清貧的生活——當(dāng)他離開秘魯?shù)臅r候，秘魯政府曾經(jīng)授予他每年九千比索的年金，而圣馬丁將這些錢投資給秘魯政府，希望從中獲益，但是秘魯財政隨后破產(chǎn)；他曾經(jīng)希望依靠出租在布宜諾斯艾利斯的房產(chǎn)為生，但隨著阿根廷比索的貶值，這些房租在歐洲也顯得微不足道。幸好圣馬丁生活節(jié)制，沒有不良嗜好，這樣他才得以依靠昔日的積蓄、微薄的房租收入和朋友的接濟(jì)，維持著清貧的生活。
　　

當(dāng)暮年的圣馬丁僑居法國，平靜地度過晚年的時候，不知道他有沒有因為那片生他養(yǎng)他，讓他為之奮斗半生的土地上，那些永無休止的戰(zhàn)亂、暴政和饑餓，而后悔他當(dāng)初的決定呢？