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一個(gè)逆天的small RNA-seq數(shù)據(jù)挖掘神器

 生物_醫(yī)藥_科研 2019-04-03

大家好,我是白介素2同學(xué),繼續(xù)分享數(shù)據(jù)挖掘神器。

隨著高通量測序技術(shù)的不斷發(fā)展完善,大批量的基因組數(shù)據(jù)積累在數(shù)據(jù)庫中,這個(gè)大家都很清楚。近些年,越來越多的證據(jù)表明samll non-coding RNA(sncRNAs)也發(fā)揮了很重要的調(diào)節(jié)作用。同樣的,分析這些數(shù)據(jù)對物生物信息背景的研究人員而言存在諸多困難,這個(gè)時(shí)候我們就需要一款神器助攻了。

先看看大概長啥樣,簡潔干凈清爽的界面,名字就叫SPAR (后臺回復(fù) SPAR獲取可點(diǎn)擊鏈接,不是那個(gè)SPA。全稱:Small RNA-seq Portal for Analysis of sequencing expeRiments

分析公共數(shù)據(jù)集功能

這部分功能能幫助大家分析已有的 small RNA-seq數(shù)據(jù)集,這些數(shù)據(jù)集已經(jīng)整合在一個(gè)數(shù)據(jù)庫中了,分析非常常方便,下面可以演示下看看怎么操作的。

選擇一個(gè)數(shù)據(jù)集后,點(diǎn)擊一下 Analyze DASHR,就能看到以下的界面,發(fā)現(xiàn)結(jié)果已經(jīng)出來了,還貼心的提供了分析結(jié)果的鏈接:

接下來白介素同學(xué)就點(diǎn)擊一下結(jié)果鏈接可以發(fā)現(xiàn):

稍微點(diǎn)進(jìn)去看些結(jié)果,展示下這個(gè)逆天的功能:


隨便點(diǎn)一個(gè)看下,都是可供下載的: 

再看下result部分的結(jié)果,全部分析中的結(jié)果文件都整合在這里,可以下載,都是txt, xls, 還有Rdata格式的文件,全部文件都可下載:

當(dāng)然了,最簡單的方式還是在這里,提供了完整的數(shù)據(jù)下載鏈接,分析報(bào)告等等等,可以打包下載,還有完備的htlm格式報(bào)告,方便用戶瀏覽:

再看能得到的一些分析結(jié)果圖吧,這些全部都是一次性給出在分析報(bào)告中的:

這里白介素同學(xué)就不再多放了,大家可以自己去點(diǎn)擊試下,非常簡單,除此以外,另外兩個(gè)數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)集也已整合完備,可以直接點(diǎn)擊選擇分析:

分析自己的數(shù)據(jù)

除了已有的公開數(shù)據(jù)可以直接分析,用戶可以選擇上傳自己的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,同樣的界面非常簡潔,只需要稍作點(diǎn)擊選擇即可:

說到這,基本上這個(gè)工具的功能就是這樣了,白介素同學(xué)用過很多數(shù)據(jù)分析的工具,還頭一次見到用起來這么順手舒服的呢,長得又好看,又有才華。好了好了,介紹給大家,至少如果是samll RNA-seq的數(shù)據(jù),有了這個(gè),感覺那些公司的分析報(bào)告還比不上這個(gè)呢。

還是老樣子,每用一個(gè)工具,最后總要介紹下是何方神圣,該神器發(fā)表在著名的 Nucleic Acids Research雜志上,大家可以放心愉快的使用了吧。

內(nèi)容分享完了,白介素2同學(xué)祝大家周末愉快?。ū?/p>

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