葉文潔在暴露地球坐標(biāo)后，三體文明正式展開(kāi)了對(duì)太陽(yáng)系的入侵。這時(shí)的三體文明對(duì)微觀世界的認(rèn)識(shí)和研究遠(yuǎn)勝于地球文明，三體人發(fā)現(xiàn)微觀世界中共有十一個(gè)維度，利用這種技術(shù)優(yōu)勢(shì)三體人造出了針對(duì)地球文明的重要武器“智子”。他們將原子核中的質(zhì)子進(jìn)行二維展開(kāi)，雕刻成智能計(jì)算機(jī)。并將其先于艦隊(duì)發(fā)送到太陽(yáng)系，一邊監(jiān)視人類(lèi)，一邊干擾人類(lèi)的粒子對(duì)撞實(shí)驗(yàn)來(lái)鎖死人類(lèi)的基礎(chǔ)科學(xué)研究。這也解釋了小說(shuō)剛開(kāi)始描寫(xiě)到的諸多物理科學(xué)家無(wú)法通過(guò)實(shí)驗(yàn)無(wú)法找到實(shí)驗(yàn)規(guī)律，最終選擇自殺的原因。

葉文潔在得以平反之后回到母校任教，因負(fù)責(zé)一個(gè)發(fā)射基地選址的項(xiàng)目，在偏遠(yuǎn)的西北地區(qū)結(jié)識(shí)了未來(lái)三體組織真正的掌舵人伊文斯。這位在荒山中植樹(shù)三年以保護(hù)瀕危鳥(niǎo)類(lèi)的富二代，雖然擁有一家四百五十億資產(chǎn)的跨國(guó)石油公司，但他依然無(wú)法阻止人類(lèi)對(duì)自然環(huán)境的破壞，他同樣渴望外星文明來(lái)到地球拯救人類(lèi)。于是葉文潔和伊文斯一拍即合，一個(gè)有技術(shù)，一個(gè)有資金，就此成為了三體組織ETO的創(chuàng)始人。至此三年后，葉文潔收到伊文斯的邀請(qǐng)，來(lái)到大西洋上的“審判日”號(hào)巨輪上，根據(jù)葉文潔當(dāng)年提供的宇宙方位，伊文斯將這里建成了第二紅岸基地，并成功與三體文明建立通訊。三體組織的第一批成員正式在這里授予葉文潔最高統(tǒng)帥的資格。

而先于三體艦隊(duì)發(fā)射的智子已經(jīng)到達(dá)了地球。也正是智子一直在向第二紅岸基地ETO組織的首領(lǐng)伊文思傳遞來(lái)自三體文明的信息。并將這些信息存儲(chǔ)在第二紅岸基地上的某一臺(tái)計(jì)算機(jī)上中。

納米科學(xué)家汪淼在調(diào)查諸多物理學(xué)家無(wú)故自殺的過(guò)程無(wú)意中發(fā)現(xiàn)了一個(gè)關(guān)于三體文明的虛擬現(xiàn)實(shí)游戲，通過(guò)這個(gè)游戲汪淼成功打入了三體組織的內(nèi)部。進(jìn)入三體組織的汪淼驚訝的發(fā)現(xiàn)地球三體組織的精神領(lǐng)袖不是別人正是葉文潔。而令他更震驚的是葉文潔命手下當(dāng)從處決了狗急跳墻的一個(gè)三體組織成員，并談定的繼續(xù)講述她在紅岸的往事。在紅岸基地工作期間，葉文潔利用太陽(yáng)作為天線放大發(fā)射功率，向太空發(fā)射了地球的第一聲啼鳴。然后在八年后，葉文潔驚訝的收到了一條來(lái)自三體文明的警告信息“不要回復(fù)！”。但最終葉文潔還是回復(fù)了這個(gè)來(lái)自三體文明的信息。最終，人類(lèi)的命運(yùn)就此改變。此時(shí)已獲得三體組織情況的一支抓捕隊(duì)伍沖進(jìn)會(huì)場(chǎng)，將包括葉文潔在內(nèi)的三體組織成員抓獲，并且?guī)Щ貙徲?。至此人?lèi)終于獲悉了三體文明的來(lái)地球的目的。

在人類(lèi)知道大量通信內(nèi)容被保存在審判者號(hào)上，為順利奪取來(lái)自三體文明的信息，避免三體組織毀壞信息，消滅伊文斯領(lǐng)導(dǎo)的三體組織，國(guó)際組織的首領(lǐng)們決定了啟用“古箏”計(jì)劃。把只有發(fā)絲十分之一粗細(xì)的納米絲，提前布置在審判者號(hào)巨輪必經(jīng)的一個(gè)狹窄的水道，在巨輪經(jīng)過(guò)時(shí)，將其切成了四十多片。古箏計(jì)劃，大獲全勝。國(guó)際組織獲得了關(guān)于三體的文明多達(dá)28個(gè)G的三體信息，并解密了其中令人震驚的消息。至此古箏計(jì)劃的勝利讓人類(lèi)初步解開(kāi)了三體文明的神秘面紗。