|
本文首發(fā)于 ”百味科研芝士“ 微信公眾號，轉(zhuǎn)載請注明：百味科研芝士，F(xiàn)ocus科研人的百味需求 今天小編將為大家介紹兩個功能富集分析網(wǎng)頁版工具——DAVID和Metascape網(wǎng)站，這兩個都是專注于基因功能注釋和富集通路分析的網(wǎng)站。 DAVID網(wǎng)站 界面介紹 先看第一個網(wǎng)站——DAVID網(wǎng)站，官方網(wǎng)址為：https://david./。輸入網(wǎng)址后進入網(wǎng)站主頁，DAVID網(wǎng)站左側(cè)區(qū)域是其四個常用的工具，而常用的是功能注釋和ID轉(zhuǎn)換工具。  操作步驟 首先介紹DAVID網(wǎng)站的功能注釋工具，點擊“Functional Annotation”，在Step1中輸入我們準備好的20個差異基因，按照步驟輸入。值得注意的是，DAVID網(wǎng)站的基因輸入首先不能是單個基因，單個基因富集不到有意義的通路或者功能；DAVID網(wǎng)站的gene list限制輸入不超過3000個基因；輸入格式是每行一個基因名或者基因名用逗號隔開。  Step2中選擇'OFFICIAL_GENE_SYMBOL', Step3中選擇'Gene list'。  點擊提交列表，跳轉(zhuǎn)界面。  點擊“Gene_Ontology”進行GO分析(基因本體論)，也就是對基因進行功能注釋，勾選GO分析的三個參數(shù)：BP（生物學(xué)過程），CC（細胞組分），MF（分子功能）。  點擊BP后面的“Chart”。  然后點擊“Download File”,下載GO分析BP的數(shù)據(jù)，跳轉(zhuǎn)頁面。  全選后粘貼，保存在一個txt文件里面，用EXCEL打開查看如下。  同樣的方法下載GO分析的CC、MF數(shù)據(jù)，保存在TXT文檔里面。   例如本帖選擇基因功能富集數(shù)量最多五個(數(shù)量相等情況下根據(jù)P-Value值選擇)做條形圖，最簡單的方法是使用EXCEL來做，準備一個EXCEL表格，將GO號和count數(shù)據(jù)放在表格里面。  選中新建的列表，點擊插入-圖表-條形圖-堆積條形圖。 點擊確定，保存圖片，即可得到在文獻中很常見的條形圖。 GO的分析已完成，接著找到“Pathways”,選擇KEGG_PATHWAY。 同樣點擊 Chart。 點擊其中一條通路的Term，查看通路圖。 點擊“Download File”，下載KEGG分析的數(shù)據(jù)，保存在TXT文檔中，EXCEL打開如圖。 根據(jù)富集基因數(shù)量制作一張堆積條形圖。 下拉頁面我們可以看到三個選項，點擊中間的選項。 可以查看所有的GO和KEGG分析結(jié)果。 DAVID常用的第二個功能是基因ID轉(zhuǎn)換，點擊“Gene ID Conversion”。 例如本帖選擇一列基因ID輸入step1中。 其余步驟與前述相同。 在Option1中選擇“OFFICIAL_GENE_SYMBOL”，點擊提交。 跳轉(zhuǎn)界面后，點擊框內(nèi)紅色箭頭。 最終，基因ID便轉(zhuǎn)換為基因名稱了，點擊下載保存，基因轉(zhuǎn)換率為100%，當(dāng)然，當(dāng)基因ID數(shù)量較多時候，可能轉(zhuǎn)換率就達不到100%了。 寶貝評價 DAVID網(wǎng)站還是比較簡單的，操作起來也不麻煩，但它的功能卻是相當(dāng)強大的，讀過生信文獻的小伙伴，應(yīng)該不少看到DAVID的身影。但是這里吐槽一點~DAVID數(shù)據(jù)更新稍慢一點，其實也不影響我們的生信分析。 Metascape網(wǎng)站 今天為大家介紹的另一個強大的數(shù)據(jù)庫是Metascape網(wǎng)站，它是如何強大的呢？第一，三步完成基因分析；第二，一次分析即可完成GO、KEGG和PPI；第三，數(shù)據(jù)更新快，覆蓋廣，整合了多個數(shù)據(jù)庫的資源。 直奔官網(wǎng)去吧~(http:///)。 界面介紹 界面介紹沒有太多可說的，因為Metascape官網(wǎng)的界面十分簡潔清晰，左側(cè)的數(shù)據(jù)分析欄，右側(cè)信息公告欄，右上角是網(wǎng)站提供的一些幫助文件和小工具(直接下拉查看吧)，頁面下拉，有關(guān)于Metascape的視頻介紹和Metascape引用的一些雜志的信息。 數(shù)據(jù)分析 傻瓜式的三步~ Step1:輸入基因，有兩種方式，本地文件導(dǎo)入或者粘貼gene list，右側(cè)我們可以看到Metascape支持xls/xlsx，CSV，txt三種格式。 需要提醒一下，本地輸入時候別忘記勾選“Multiple Gene List”選項了哦！ 例如粘貼好100個差異基因，點擊Submit。 Step2:選擇物種，選擇H.sapiens人類，可以看到Metascape數(shù)據(jù)庫中還包含了其他物種的信息。 Step3:進行分析，選擇“Express Analyze”或“Custom Analyze”都可以。 點擊后跳轉(zhuǎn)頁面。 結(jié)果解讀 首先看點擊“Express Analyze”后的結(jié)果界面，對于分析結(jié)果，可以輸出在EXCEL表格里面；圖片可以顯示在PPT模板中；也可以是一個壓縮的文件夾。 Figure 1 : 功能富集分析的結(jié)果圖 Table 1: TOP20的聚類分析表 Figure 2: 富集網(wǎng)絡(luò)圖，左側(cè)是根據(jù)gene ID進行的聚類，右側(cè)是根據(jù)P-Value進行的聚類，圖片下方有保存的方式。 Figure 3 : PPI聚類功能模塊分析圖。 再看看點擊“Custom Analyze”后的結(jié)果。 ID Conversion: 這是個gene ID的轉(zhuǎn)換工具，哈哈，又學(xué)習(xí)了一種GENE ID轉(zhuǎn)換的方法。Metascape支持gene ID、genesymbol的輸入，在數(shù)據(jù)分析過程中，可以自動轉(zhuǎn)換識別。 Annotation: 選擇不同的功能注釋條目后，點擊Apply后進行查看。 Membership: 主要是針對用戶自行搜索的一個欄目，比如輸入pathway后，點擊Search，再點擊Apply。 Enrichment: 對于富集分析的參數(shù)及cut-off值可以進行更改設(shè)置，然后點擊“Enrichment Analyze”進行分析，結(jié)果和點擊“Express Analyze”后的結(jié)果是一致的。 寶貝評價 Metascape數(shù)據(jù)庫用起來還是不錯的，做基因功能注釋絲毫不差于DAVID網(wǎng)站，最主要的是網(wǎng)站更新較快，操作簡單。想做功能注釋的小伙伴，趕緊行動起來吧！ End 排版：小丸子 |
|
|
