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不斷擴大的CRISPR工具箱:不僅僅是Cas9

 周婷111 2019-02-13

CRISPR這個風靡生物界的基因編輯工具,正在變得越來越強大。據(jù)美國《洛杉磯時報》報道,研究人員開始搜尋地球上的每一個角落,以尋找Cas9以外的CRISPR酶。

眾所周知,CRISPR由兩個基本部分組成。一個是RNA片段,它定位在研究人員希望改變的DNA序列上;另一個是蛋白質(zhì)(如Cas9酶),它附著在DNA的目標區(qū)域,并對其進行切割和拼接。

一直以來,Cas9都是基因編輯中的主力軍,因為它能夠帶來平整的末端。不過近幾年,研究人員也開始尋找Cas9以外的酶,以期釋放CRISPR的新潛能。

基因編輯領(lǐng)域的領(lǐng)軍人物、Broad研究所的張鋒博士認為:“Cas9是一種強大的工具,但其存在限制。每種蛋白質(zhì)都有其長處和短處,將它們放在一起為我們帶來了一套更多功能的工具。”

CRISPR-Cas12a是繼CRISPR-Cas9后第一個用于實驗室中基因編輯的系統(tǒng)。最近人們又對Cas12a的堂哥Cas12b進行了研究,發(fā)現(xiàn)這種變異體也能夠編輯人類基因組,為研究人員提供了另一種對付遺傳病的工具。

其他CRISPR酶,包括Cas13、Cas14和CasY,也同樣表現(xiàn)出潛力。上周,加州大學伯克利分校的研究人員在《Nature》雜志上介紹了另一位新星CasX?;蚓庉嬵I(lǐng)域的另一位領(lǐng)軍人物Jennifer Doudna正是這篇論文的通訊作者之一。

據(jù)張鋒介紹,CRISPR系統(tǒng)之間的差異有點像水果。如果Cas9酶是蘋果,那么Cas12酶可以看成李子。兩者都很美味,但完全不同。與水果一樣,這些不同的系統(tǒng)也有變種。Cas12酶就存在不同變異體,像紅李子和青李子一樣。

這些差異在幾個方面發(fā)揮作用。例如,CRISPR-Cas9在同一個位置切割DNA的兩條鏈,而CRISPR-Cas12a和CRISPR-CasX則形成所謂的交錯切割,因此DNA兩條鏈的不同位置被切斷。

范德堡大學的遺傳學家Thomas Clements表示,有證據(jù)表明交錯切割使得細胞更容易接受新的DNA片段。因此,如果目標是將DNA添加到細胞中,那么Cas12a(或許還包括CasX)興許是比Cas9更好的選擇。

此外,不同Cas酶的大小也不同。與Cas9相比,CasX和Cas12a比較小。據(jù)NIH研究人員Eugene Koonin介紹,這是一個重要的標準,因為較小的分子更容易進入細胞?!皬哪撤N意義上說,現(xiàn)在有一種競賽是設(shè)計出最小的基因組編輯器,這樣人們就可以將它與其他東西結(jié)合起來,”他說。

于是,研究人員開始搜索地球上的每一個角落。CasX和CasY是從棲息在地下水層的細菌中找到的,而最早的Cas12b是從美國宇航局維京號航天器的潔凈室中發(fā)現(xiàn)的。

如今,科學家們還在采集那些棲息在湖泊、河流和海洋環(huán)境中的生物,以及地表之下數(shù)百英尺深的生物,以發(fā)現(xiàn)更多可能含有基因編輯器的細菌?!拔覀儞碛械倪x擇越多,治療各種疾病的可能性就越大,”張鋒談道。

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