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wgMLST——流行病學(xué)菌株分型的新標準 BioNumerics是全球唯一集電泳數(shù)據(jù)、色譜數(shù)據(jù)、光譜數(shù)據(jù)、表型特征數(shù)據(jù)、基因芯片、基因組序列、氨基酸序列等多種生物信息數(shù)據(jù)格式存儲和處理分析的軟件平臺，包括數(shù)據(jù)存儲、數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)分享三大功能。優(yōu)化整合不同基因組與表型來源的數(shù)據(jù)，方便用戶進行數(shù)據(jù)分析管理并進行回歸分析。引進業(yè)界領(lǐng)先的數(shù)據(jù)庫引擎Oracle? 和 Microsoft? SQL Server?，為大數(shù)據(jù)管理分析提供了前提。 金云臺是官方授權(quán)中文版BioNumerics 軟件中國區(qū)總代理以及英文版經(jīng)銷商。在海量數(shù)據(jù)的網(wǎng)絡(luò)采集、傳輸、處理、上報和分析統(tǒng)計、垂直搜索引擎核心技術(shù)、數(shù)據(jù)挖掘與分析利用、數(shù)據(jù)遠程比對、數(shù)據(jù)倉庫建設(shè)、檢驗機構(gòu)大型精密儀器數(shù)據(jù)自動采集等領(lǐng)域擁有國內(nèi)領(lǐng)先的核心技術(shù)，并能夠提供軟件定制開發(fā)和運行維護為一體的完善服務(wù)體系。 一、wgMLST數(shù)據(jù)分析簡介 多位點序列分型（Multilocus sequence typing，MLST）是一種基于序列的微生物分子分型手段，其技術(shù)原理是通過測定7個管家基因的序列，并根據(jù)每個位點序列的不同為其分配等位基因號，七個管家基因的等位基因號共同組成了細菌的序列型（Sequence Type，ST）。傳統(tǒng)的基于7個管家基因序列的多位點序列分型在過去的15年中已經(jīng)證明其在細菌分型領(lǐng)域中不可或缺的作用。 致病菌進化速度快，耐藥基因變化大，傳統(tǒng)分型方式跟不上疫情爆發(fā)的節(jié)奏，菌株高精度分型wgMLST，以其高精度、高可靠性的分型結(jié)果，成為流行病學(xué)菌株分型的新標準。wgMLST，全稱為全基因組多位點序列分型(Whole Genome Multilocus Sequence Typing)，是多位點序列分型（MLST）的一個拓展方法，由于wgMLST包含更多的基因位點（1500-4000），因此相較于傳統(tǒng)的基于7個基因位點的MLST分型手段有著更高的精度及分辨率。隨著二代測序數(shù)據(jù)成本的降低，基于二代測序數(shù)據(jù)的分型手段正在逐漸替代傳統(tǒng)的分子分型手段。 二、wgMLST數(shù)據(jù)分析內(nèi)容 1.原始下機數(shù)據(jù)處理 此步驟過濾測序質(zhì)量值低的reads，保留高質(zhì)量reads，進行數(shù)據(jù)質(zhì)控； 2.樣品組裝 使用Velvet算法進行基因組組裝，得到能反映樣品基因組基本情況的序列文件，并對組裝結(jié)果進行評價； 3.等位基因ID獲取 基于Assemblybased和Assembly free兩種算法對基因組內(nèi)的基因位點進行等位基因ID號的獲??； 4.功能注釋 針對編碼基因序列進行不同數(shù)據(jù)庫的功能注釋和致病及耐藥分析等； 5.進化分析 利用wgMLST數(shù)據(jù)構(gòu)建高分辨率物種分型結(jié)果，對傳染病的爆發(fā)進行解釋，分析目標菌種的群體結(jié)構(gòu)和進化規(guī)律，為疾病預(yù)防和控制提供數(shù)據(jù)基礎(chǔ)； 6.基因組可視化分析 結(jié)合基因組組分分析結(jié)果和功能注釋結(jié)果，展示基因組的基礎(chǔ)研究結(jié)果。 三、wgMLST數(shù)據(jù)分析范圍 目前我們向用戶提供以下菌種的全功能的wgMLST分析，包括： Brucellaspp. Campylobactercoli - C. jejuni Clostridiumdifficile Cronobacterspp. Enterococcusraffinosus Escherichiacoli / Shigella Klebsiellaoxytoca Klebsiellapneumoniae Legionellapneumophila Listeriamonocytogenes Mycobacteriumtuberculosis Neisseriagonorrhoeae Salmonellaenterica Staphylococcusaureus |
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