(1)樣品純度要求: OD值應(yīng)在1.8至2.2之間;電泳檢測28S:18S至少大于1.8。 (2)樣品濃度: totalRNA濃度不低于400ng/μg。 (3)total RNA樣品請置于-20℃保存;請?zhí)峁﹖otalRNA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數(shù)據(jù),包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)。 (4)樣品請置于1.5 ml管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口。建議使用干冰運(yùn)輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運(yùn)輸過程中樣品降解的可能性。 四、轉(zhuǎn)錄組測序需要多大的測序量才能得到有意義的結(jié)果? 轉(zhuǎn)錄組測序前,需要對物種轉(zhuǎn)錄組的大小進(jìn)行評估,評估方法如下: (1)對于有reference genome的物種,可以分析基因組信息,統(tǒng)計(jì)編碼基因的個數(shù),及其堿基數(shù),從而估計(jì)物種轉(zhuǎn)錄組的大小,另外可以查詢相關(guān)或相近物種轉(zhuǎn)錄組研究的文獻(xiàn),作為參考。 (2)對于無reference genome的物種則只能參考相近物種的轉(zhuǎn)錄組大小。 由于轉(zhuǎn)錄組需要進(jìn)行表達(dá)量的分析,因此在轉(zhuǎn)錄組測序中不推薦覆蓋度,在進(jìn)行不同基因和不同實(shí)驗(yàn)間的基因表達(dá)差異分析時,人們提出了RPKM和FPKM的概念。RPKM(Reads Per Kilo bases per Million reads)是每百萬reads中來自于某基因每千堿基長度的reads數(shù)。FPKM(fragments per kilobase of exon per million fragments mapped). FPKM與RPKM計(jì)算方法基本一致。不同點(diǎn)就是FPKM計(jì)算的是fragments,而RPKM計(jì)算的是reads。Fragment比read的含義更廣,因此FPKM包含的意義也更廣,可以是pair-end的一個fragment,也可以是一個read。因此,在確定轉(zhuǎn)錄組的測序量時,最好以產(chǎn)生的讀長數(shù)目做依據(jù),參照轉(zhuǎn)錄組大小,估計(jì)需要的讀長數(shù)目,來確定轉(zhuǎn)錄組需要的測序量。 五、轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒?yàn)技術(shù)路線 六、轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析技術(shù)路線
|
|
|