今天是第1006期日報。

Nature：腸道免疫細胞參與食物代謝

Nature[IF:41.577]

① 整合素β7+天然腸上皮內T淋巴細胞（天然IEL）分散在整個小腸上皮細胞層，調節(jié)全身代謝；② 缺乏天然IEL的小鼠代謝極度活躍，在喂食高脂和高糖飲食時，對肥胖、高膽固醇血癥、高血壓、糖尿病和動脈粥樣硬化具有抗性；③ 天然IEL缺乏對心血管病的預防作用，依賴于腸降血糖素GLP-1；④ IEL通過控制GLP-1受體的表達，來調控GLEL-1的生物利用度；⑤ IEL的調控作用在食物短缺情況下提供了生存優(yōu)勢，但當今高脂、高糖飲食情況下卻帶來了健康負擔。

Gut intraepithelial T cells calibrate metabolism and accelerate cardiovascular disease
01-31, doi: 10.1038/s41586-018-0849-9

【主編評語】機體對食物的代謝受到精密的調控。哈佛醫(yī)學院何順及Swirski作為共同通訊作者在Nature發(fā)表了一項研究，發(fā)現(xiàn)整合素β7+天然腸上皮內T淋巴細胞（天然IEL）可通過調節(jié)腸降血糖素GLP-1，影響營養(yǎng)物質代謝。該結果對闡釋營養(yǎng)物質代謝調控、探究一系列代謝紊亂相關疾病具有參考價值。（@小腸）

Nature：IL-22促進腸道干細胞DNA修復

Nature[IF:41.577]

① 模型小鼠中，缺少白介素（IL）-22信號的腸道干細胞（ISC），在致癌物引發(fā)DNA損傷后，無法有效進行DNA損傷修復（DDR），增加腫瘤易感性；② 穩(wěn)態(tài)下，IL-22促進ISC中激酶ATM表達，以誘導DDR及下游促DNA修復和細胞凋亡的效應分子p21和Puma等表達；③ 植物素硫代葡萄糖苷的代謝物（有的有基因毒性）是芳香烴受體配體，能促進腸道3型天然淋巴細胞和γδ T細胞生成IL-22；④ 吃不含硫代葡萄糖苷食物的小鼠，IL-22生成減少，腸上皮DDR通路受損。

Interleukin-22 protects intestinal stem cells against genotoxic stress
01-30, doi: 10.1038/s41586-019-0899-7

【主編評語】腸上皮每天都要接受來自食物和菌群的各種各樣代謝物的“洗禮”，有些代謝物具有基因毒性，能導致DNA損傷和基因突變。為了應對這樣惡劣的環(huán)境，腸上皮中的干細胞必須活化DNA損傷修復（DDR）通路，來維持自身基因組的穩(wěn)定性，并在必要時誘導細胞凋亡，從而減少突變和癌癥發(fā)生。Nature上線的一項最新研究，揭示了腸道中特定免疫細胞生成的細胞因子IL-22，在誘導腸道干細胞DDR通路活化中的關鍵作用。值得注意的是，十字花科植物富含的植物素硫代葡萄糖苷，其代謝物可激活這些免疫細胞上的感受器——芳香烴受體，促進IL-22生成，從而使腸道干細胞的DDR通路時刻處于待命狀態(tài)，限制DNA突變引發(fā)的不良后果。（@李丹宜）

Nature子刊：被忽視的巨大噬菌體

Nature Microbiology[IF:14.174]

① 兩種非洲狒狒以及丹麥豬的腸道菌群中，普遍存在>540kb的巨大噬菌體 ——Lak噬菌體；② Lak噬菌體感染普雷沃菌屬;③ Lak噬菌體使用特殊的密碼子，編碼基因之間的間距大，可表達多達35種tRNA，其中有一些含有功能未知的內含子；④ 噬菌體基因型具有個體特異性，腸道中噬菌體類群結構會不斷變化；⑤ 通過同源重組，9株狒狒Lak噬菌體基因具有高度混合性；⑥ Lak噬菌體廣泛分布于含有普雷沃菌屬的腸道環(huán)境，可能是常見但被忽視的人類和動物腸道微生物。

Megaphages infect Prevotella and variants are widespread in gut microbiomes
01-28, doi: 10.1038/s41564-018-0338-9

【主編評語】噬菌體對腸道細菌結構、營養(yǎng)分配、細菌進化等具有重要影響。本研究在哺乳動物腸道中發(fā)現(xiàn)了一種巨大噬菌體，該噬菌體的基因結構較特殊，可能擁有尚未被闡釋的特殊生物特征，值得參考。（@小腸）

病毒、宿主和菌群在感染過程中復雜的三角關系（綜述）

Trends in Microbiology[IF:11.776]

① 在哺乳動物中，致病性病毒感染更易發(fā)生在皮膚和粘膜表面等多細菌環(huán)境；② 微生物群能誘發(fā)并維持宿主對病毒感染的先天性及獲得性免疫；③ 某些病毒能夠利用共生菌及其代謝產物，從而促進病毒感染，在腸道環(huán)境中尤其顯著；④ 急性或慢性的病毒感染改變了共生菌群的組成和豐度，并對宿主造成短期或長期的影響；⑤ 確立菌株或腸/肺型與病毒感染的聯(lián)系是當前的首要目標，共生菌既是免疫防御的重要因素，也是診斷和治療病毒感染的靶點。

Ménage à trois: Virus, Host, and Microbiota in Experimental Infection Models
01-08, doi: 10.1016/j.tim.2018.12.004

【主編評語】病毒、共生菌群和宿主的互作對病毒感染、菌群結構變化具有重要影響。本綜述回顧了近年來在實驗感染條件下，病毒、共生菌群和宿主的互作的研究進展，值得參考。（@小腸）

泌尿生殖系統(tǒng)腫瘤中菌群的作用（綜述）

European Urology[IF:17.581]

① 泌尿生殖系統(tǒng)的惡性腫瘤（GC）與其菌群關系密切；② 膀胱癌、腎癌和前列腺癌患者的菌群或是直接致病因素，亦或通過菌群產生的促炎因子引發(fā)慢性炎癥，是GC發(fā)生的輔因；③ 藥物和化放療可改變胃腸道菌群，菌群參與調節(jié)免疫反應及藥物代謝，進而影響藥物的生物利用度和活性，影響治療效果；④ 通過檢測泌尿系統(tǒng)和生殖系統(tǒng)不同部位的菌群有助于GC的預測和預后；⑤ 菌群影響腫瘤免疫治療療效，糞菌移植或可在GC患者的免疫治療中發(fā)揮重要作用。

The Microbiome and Genitourinary Cancer: A Collaborative Review
01-14, doi: 10.1016/j.eururo.2018.12.043

【主編評語】European Urology上發(fā)表的一篇綜述文章，詳細介紹了泌尿生殖系統(tǒng)腫瘤中，泌尿生殖系統(tǒng)菌群及胃腸道菌群的直接或間接致病作用，以及菌群對腫瘤治療的影響。（@沈志勛）

運用多組學分析評估飲食對運動員免疫系統(tǒng)的影響（綜述）

Annual Review of Food Science and Technology[IF:9.523]

① 飲食在提高高強度和長時間鍛煉后的免疫代謝恢復率方面發(fā)揮重要的作用；② 從糖飲料或水果（如香蕉）中急性攝入碳水化合物可減少運動引起的代謝紊亂和炎癥；③ 水果的攝入提供的不僅僅是糖分，水果代謝物及其酚類物質具有抗炎和抗病毒作用；④ 建議運動員多吃水果，以促進長期健康，如降低上呼吸道感染的幾率和慢性疾病的發(fā)病率；⑤ 全系統(tǒng)、代謝組學、脂質組學和蛋白組學方法可評估各種飲食干預措施的有效性，應揭示針對運動員的最佳劑量方案。

Immunometabolism: A Multi-Omics Approach to Interpreting the Influence of Exercise and Diet on the Immune System
01-11, doi: 10.1146/annurev-food-032818-121316

【主編評語】Annual Review of Food Science and Technology上發(fā)表的一篇綜述文章，詳細介紹了利用多組學分析方法揭示的不同食物組分對運動員免疫系統(tǒng)的影響。（@沈志勛）

靶向腸道菌群治療酒精性肝?。ňC述）

Journal of Hepatology[IF:14.911]

① 酒精性肝病與腸道菌群密切相關；② 腸道屏障通透性的增加介導了腸道菌群對酒精性肝病進展的影響；③ 腸道細菌及菌群代謝產物轉移到肝臟，誘導和促進炎癥，并導致肝細胞死亡和纖維化反應；④ 菌群失調可改變菌群代謝功能及膽汁酸的組成與循環(huán)，并引起與酒精相關性肝病發(fā)病和進展相關的免疫失調；⑤ 飲食干預、益生菌/益生元、抗生素、糞菌移植等菌群干預手段或可用于治療或緩解酒精性肝病，糞菌移植可提升嚴重酒精性肝病患者的生存率。

Microbiome as a therapeutic target in alcohol-related liver disease
02-01, doi: 10.1016/j.jhep.2018.10.019

【主編評語】Journal of Hepatology上發(fā)表的一篇綜述文章，詳細介紹了在酒精性肝病中，腸道菌群所起的重要作用，并討論了以腸道菌群為靶點治療酒精性肝病的潛在可能。（@沈志勛）

腸道菌群進化靠常駐細菌基因突變，還是外來細菌入侵？

PLoS Biology[IF:9.163]

① 利用新的進化信號分析方法和模型，可分析腸道細菌進化與人類群體遺傳學的關聯(lián)；② 腸道菌群在短時間內積累的基因差異，主要來源于常駐細菌的基因變化，而并非遠親菌株的入侵；③ 常駐菌群的基因變化不僅來自于新突變的產生，也來源于基因重組；④ 長時間尺度下，腸道菌群基因變化主要源于遠親菌株的入侵；⑤ 腸道細菌可以在與人類相關的時間尺度上進化；⑥ 腸道菌群有助于研究復雜環(huán)境中微生物進化動力學，類似方法可用于描述其他環(huán)境中菌群演化。

Evolutionary dynamics of bacteria in the gut microbiome within and across hosts
01-23, doi: 10.1371/journal.pbio.3000102

【主編評語】腸道共生細菌也處于不斷演化的過程中。本研究開發(fā)了一種可分析腸道細菌進化動力學與人類群體遺傳學的關聯(lián)的方法，利用該方法發(fā)現(xiàn)腸道菌群短程、長程基因變化分別來源于常駐細菌突變和外來細菌入侵，基因差異能匹配人類相關的時間變化。（@小腸）