質(zhì)粒，相信對許多小伙伴來說并不陌生。

小編“玩”了三年質(zhì)粒，每天為它“魂?duì)繅衾@”—今天還在，下次PCR還能否再見？轉(zhuǎn)了N次，我的目的基因何時(shí)能乖乖進(jìn)去？何時(shí)能給我“一見傾心”的酶切圖譜？怎樣才能增加質(zhì)粒的拷貝數(shù)……相信這N多個(gè)問題也是困擾各位客官的，那么小編在此得提醒各位一句，想要人家“好好干活”，那……你真的了解它嗎？

下面是小編整理的質(zhì)粒類型及相關(guān)研究，大家好好修煉～

隱性質(zhì)粒（cryptic plasmids）

顯而易見就是質(zhì)粒中的“隱君子”，目前還沒發(fā)現(xiàn)任何表型效應(yīng)的質(zhì)粒

顯性質(zhì)粒（acryptic plasmids）

與隱性質(zhì)粒相反，具有明顯的表型特征，如抗生素抗性，毒性等

R質(zhì)粒（R-plasmids）

特指具有抗性的質(zhì)粒，主要包括抗藥性和抗重金屬兩大類

泛宿主質(zhì)粒（broad-host-range plasmids）

宿主范圍很廣泛，可以在多個(gè)宿主之間傳遞的質(zhì)粒，如RP4和RSF101

狹宿主質(zhì)粒（narrow-host-range plasmids）

只能在單一或極為相近的宿主中生存的質(zhì)粒稱為狹宿主性質(zhì)粒，如F^-質(zhì)粒和ColE1

結(jié)合質(zhì)粒（conjugative plasmids）

兩個(gè)相關(guān)的細(xì)菌在接合時(shí)，可以在細(xì)菌間進(jìn)行轉(zhuǎn)移的質(zhì)粒，如F因子

非結(jié)合質(zhì)粒（non-conjugative plasmids）

不能發(fā)生接合轉(zhuǎn)移的質(zhì)粒

侵襲性質(zhì)粒（virulence plasmid）

能逃避宿主細(xì)胞殺害，并感染其他細(xì)胞的質(zhì)粒，通常具有耐藥基因和致病相關(guān)基因

共生質(zhì)粒（symbiotic plasmids）

和宿主細(xì)胞呈共生關(guān)系的質(zhì)粒

常見的質(zhì)粒復(fù)制類型有兩種：滾環(huán)復(fù)制（rolloing circle，RC）和theta復(fù)制（θ）

目前研究較多的復(fù)制類型是滾環(huán)復(fù)制（rolloing circle，RC）。滾環(huán)復(fù)制以單鏈起始，在先導(dǎo)鏈的特異位點(diǎn)斷開，產(chǎn)生3’-OH，宿主的DNA聚合酶識別后起始先導(dǎo)鏈的復(fù)制，滯后鏈隨后合成。

RC質(zhì)粒基因組所需的最基本的元件包括（如圖A~C）：

· dso（double-strand origin ，起始剪切位點(diǎn)）

· 復(fù)制起始蛋白Rep

· sso位點(diǎn)（single-strand origin，由宿主細(xì)胞DNA聚合酶識別，起始滯后鏈的合成）

· 復(fù)制調(diào)控相關(guān)元件

A圖 滾環(huán)復(fù)制的基本過程及所需的基本元件; 

B圖 滾環(huán)復(fù)制起點(diǎn)結(jié)構(gòu)；

C圖 不同RC質(zhì)粒家族復(fù)制起始位點(diǎn)

RC質(zhì)粒中基本元件的同源性是劃分不同RC質(zhì)粒的標(biāo)準(zhǔn)，LIC區(qū)（ leading strand replication initiation and control）包括dso和rep基因，以及調(diào)控rep基因表達(dá)的元件，即RC質(zhì)粒復(fù)制所需的最基本元件。

在質(zhì)粒中，除了LIC區(qū)之外其他序列都是非必須的，因此根據(jù)LIC區(qū)的同源性可將RC質(zhì)粒劃分為4大家族：pUB110/pC194、pT181、pLS1/pE194、pSN2。

通過高通量測序獲得質(zhì)粒全基因組序列，對基因組上的全部基因進(jìn)行預(yù)測、注釋，尋找與表型相關(guān)的基因，如耐藥基因、抗重金屬基因等和環(huán)境適應(yīng)性相關(guān)基因。 

 D.質(zhì)?；蚪M圈圖 

做過相關(guān)分析的筒子們應(yīng)該深有體會，質(zhì)?；蜃⑨尦鰜淼慕Y(jié)果為一大波putative 質(zhì)粒，如何查找耐藥基因，表示傷不起啊……“有大神在怕啥？”“如何解決？” “想知道……？且聽下回分解！”

參考文獻(xiàn)

1.Ruiz-Masó J. A., Machón C., Bordanaba-Ruiseco L., Espinosa M., Coll M., del Solar G. (2015). Plasmid rolling-circle replication. Microbiol. Spectr. 3:PLAS-0035-2014.

2.Boer D. R., Ruiz-Masó J. A., Gomez-Blanco J. R., Blanco A. G., Vives-Llàcer M., Chacón P., et al. . (2009). Plasmid replication initiator RepB forms a hexamer reminiscent of ring helicases and has mobile nuclease domains. EMBO J. 28, 1666–1678. 10.1038/emboj.2009.125.

3.Chandler M., de la Cruz F., Dyda F., Hickman A. B., Moncalian G., Ton-Hoang B. (2013). Breaking and joining single-stranded DNA: the HUH endonuclease superfamily. Nat. Rev. Microbiol. 11, 525–538. 10.1038/nrmicro3067.

4.del Solar G., Moscoso M., Espinosa M. (1993). Rolling circle-replicating plasmids from gram-positive and -negative bacteria: a wall falls. Mol. Micobiol. 8, 789–796. 10.1111/j.1365-2958.1993.tb01625.

5.Khan S. A. (2000). Plasmid rolling-circle replication: recent developments. Mol. Microbiol. 37, 477–484. 10.1046/j.1365-2958.2000.02001.