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MacOS的rjava加載失敗問題

 生物_醫(yī)藥_科研 2019-01-19
日常處理粉絲提問的時(shí)候,加載測試數(shù)據(jù)及代碼,很有趣的報(bào)錯(cuò)

> library(rJava)
Warning: Error in : package or namespace load failed for ‘qdap’:
.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
 call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
 error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
 dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib
 Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
 Reason: image not found



解決bug思路

輕輕松松就谷歌搜索到前輩的經(jīng)歷??

很簡單,按照最高票答案??

在我的mac終端輸入:sudo R CMD javareconf  代碼即可,但是二次報(bào)錯(cuò)如下:

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/darwin
detected JNI linker flags : -L/Users/jmzeng/Library/Java/Extensions -L/Library/Java/Extensions -L/Network/Library/Java/Extensions -L/System/Library/Java/Extensions -L/usr/lib/java -L. -ljvm
xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
Unable to compile a JNI program

還是很明顯,是xcrun問題,這個(gè)小毛病第十幾次遇到了,每次更新macos系統(tǒng)都來一次,還是老規(guī)矩,使用代碼;xcode-select --install  安裝即可。


      ■




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