甲基化是什么？

DNA甲基化是表觀遺傳的經(jīng)典修飾方式，其并不改變基因的堿基序列，而是通過改變基因的表達影響細胞的功能，在調(diào)控基因表達、維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、基因印記、X染色體失活以及胚胎發(fā)育等生物學(xué)過程中發(fā)揮著重大的作用。DNA 甲基化的形式多種多樣，主要包括 C5-甲基胞嘧啶（5mC）、N6-甲基腺嘌呤（6mA）等。

目前市場常用重亞硫酸鹽法檢測5mC，其精確度高，但化學(xué)處理會導(dǎo)致DNA分子的片段化、測序深度高、無法鑒定更多修飾類型。Nanopore技術(shù)作為新一代基于納米孔的單分子實時電信號測序技術(shù)。截至目前，全球范圍內(nèi)基于Nanopore平臺進行的甲基化研究文章近10篇，見刊于nature methods、bioRxiv等國際知名期刊。

甲基化怎么做？

不同于傳統(tǒng)的甲基化檢測方法，使用ONT平臺進行測序前，不需要再對DNA樣本進行化學(xué)處理，避免了人為因素和化學(xué)因素的影響。我們來看看具體怎么做的吧~

1)  提取高質(zhì)量基因組 DNA，利用Nanodrop、Qubit 和 0.35% 瓊脂糖凝膠電泳進行純度、濃度和完整性質(zhì)檢；

2)  將基因組DNA打斷成平均8kb左右；

3)  使用SQK-LSK109連接試劑盒（ONT官方試劑）進行文庫構(gòu)建，包括DNA 損傷修復(fù)和末端修復(fù)、接頭連接、磁珠純化等；

4)  使用Qubit 進行文庫定量。

吶~只需簡單幾步，短短一個多小時，就能將前期樣品處理好啦~

甲基化建庫流程

待文庫構(gòu)建完成后，就要上機測序咯~ 前面已經(jīng)跟各位小主介紹過，ONT 測序是新一代基于納米孔的單分子實時電信號測序技術(shù)(百邁客與Oxford Nanopore公司合作-斥巨資引進Nanopore全測序平臺)，由于 DNA 鏈上不同堿基化學(xué)性質(zhì)存在差異，所以當單個堿基通過納米孔通道時，會產(chǎn)生不同的電信號，而當存在堿基修飾時，同一位置的電信號也會有所差別。基于此，軟件則將這些電信號進行識別，判讀為不同的修飾信息。

 ONT 電信號識別  

ONT甲基化的優(yōu)勢在哪里？

啰嗦了這么久，小R給各位小主總結(jié)一下，ONT甲基化測序的好處到底有哪些吧~

1)  單堿基水平檢測，無中間處理，不擴增、不富集，真實還原堿基修飾信息

2)  測序讀長長，避免短讀長帶來的拼接比對錯誤，鑒定準確

3)  鑒定種類豐富，5mC、6mA多種堿基修飾一次搞定，性價比高

4)  可進行等位基因特異性甲基化檢測

ONT 甲基化實測數(shù)據(jù)如何？

小R很低調(diào)，一直希望用實力證明自己！為了能讓各位小主安心，百邁客對某糧食作物進行了WGBS（30X）和ONT（30X）甲基化兩種測序策略效果對比，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，以CpG修飾為例，ONT測序結(jié)果與WGBS結(jié)果一致性在0.97左右，相關(guān)性達到0.9以上，充分說明了ONT甲基化結(jié)果可靠！

ONT 甲基化成功案例有哪些？

使用ONT平臺進行甲基化研究可謂日漸火熱啊，截至目前，已經(jīng)有十多篇文章發(fā)表，研究學(xué)者的熱情日益高漲啊~小R將目前見刊的文章給大家進行了匯總，方便各位小主查閱哦~

自從2017年開啟第一個ONT平臺研發(fā)立項，百邁客不斷探索與前進，經(jīng)過一年多時間的沉淀與磨礪，百邁客Nanopore測序技術(shù)已經(jīng)逐步成熟并且達到穩(wěn)定狀態(tài)。截至目前，百邁客已擁有3臺ONT最高通量測序儀PromethION，并建立超過上百種物種類型的文庫，擁有大量的項目經(jīng)驗！無論是技術(shù)還是項目經(jīng)驗上，我們都實力過硬！

各位小主還在等什么？？！！心動不如行動，和小R一起攜手，加入ONT測序大軍吧！

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