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案例分享 | 基因檢測輔助診斷遺傳病——脊髓性肌萎縮癥(SMA)

 生物_醫(yī)藥_科研 2019-01-07


脊髓性肌萎縮癥(Spinal Muscular Atrophy,SMA)指一組遺傳性神經(jīng)肌肉疾病,其特征在于脊髓前角細(xì)胞的α神經(jīng)元(即下運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元)和腦干核的進(jìn)行性退化和喪失,導(dǎo)致對稱性的肌肉無力和肌萎縮。與遠(yuǎn)端的肌肉相比,近端的肌肉更加虛弱(近端>遠(yuǎn)端)。肌肉無力通常隨年齡增長而加重。體重增加不良伴生長障礙,限制性肺病,脊柱側(cè)凸,關(guān)節(jié)攣縮和睡眠困難是常見的并發(fā)癥。SMA在人群中的攜帶頻率約為1/40-1/50,發(fā)病率約1/8000-10000,是第二常見的致死性常染色體隱性遺傳病,僅次于囊性纖維化。


其他形式的脊髓性肌萎縮及相關(guān)運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元疾病,如脊髓性肌萎縮伴進(jìn)行性肌陣攣性癲癇(ASAH1基因,AR)、脊髓性肌萎縮伴下肢主導(dǎo)(DYNC1H1BICD2基因,AD)、X連鎖嬰幼兒脊髓性肌萎縮( UBA1基因,XLR)、脊髓性肌萎縮伴呼吸窘迫1型(IGHMBP2基因,AR)等,都是由其他基因突變引起的。


2018年5月11日,國家衛(wèi)生健康委員會(huì)等5部門聯(lián)合制定了《第一批罕見病目錄》,SMA被收錄其中。


疾病類型


0型SMA(先天性SMA)在出生之前就很明顯,是最罕見和最嚴(yán)重的形式。受感染的嬰兒在子宮內(nèi)活動(dòng)較少,因此通常生來就有關(guān)節(jié)攣縮。出生時(shí)肌張力減退,呼吸肌非常虛弱,由于呼吸衰竭,他們往往活不過嬰兒期。一些0型脊髓性肌萎縮癥的嬰兒出生時(shí)也有先天性心臟缺陷。


I型SMA(急性嬰兒起病或Werdnig-Hoffmann病,OMIM 253300)是最常的形式。在出生或出生后的頭幾個(gè)月里,肌肉明顯無力。大多數(shù)受影響的兒童無法控制他們的頭部運(yùn)動(dòng),也無法獨(dú)立坐著??赡苡型萄蕟栴},可能導(dǎo)致喂養(yǎng)困難和發(fā)育不良。由于呼吸肌無力以及異常鐘形胸部阻止肺部完全擴(kuò)張,可能會(huì)有呼吸問題。由于呼吸衰竭,大多數(shù)I型SMA兒童不能在兒童早期存活。


II型SMA(慢性嬰兒起病或Dubowitz病,OMIM 253550)的特征是6到12個(gè)月大的兒童肌肉無力。這種類型的孩子可以獨(dú)坐,盡管他們可能需要幫助才能坐好。然而,隨著兒童后期肌肉無力惡化,受影響的人可能需要支持才能坐下?;颊卟荒塥?dú)立站立或行走,手指往往會(huì)不由自主地顫抖,脊柱側(cè)凸,呼吸肌無力可能會(huì)危及生命。II型SMA患者的壽命各不相同,但許多能活到二十或三十多歲。


III型SMA(慢性青少年起病或Kugelberg-Welander病,OMIM 253400)通常在兒童早期后引起肌肉無力??梢元?dú)立站立和行走,但隨著時(shí)間的推移,行走和爬樓梯可能會(huì)變得越來越困難。許多受影響的人在晚年需要輪椅的幫助。III型SMA患者的預(yù)期壽命一般正常。


IV型SMA(成年發(fā)病,OMIM 271150)很罕見,通常在成年早期開始。通常會(huì)出現(xiàn)輕微到中等程度的肌肉無力、震顫和輕微的呼吸問題。IV型SMA患者具有正常的預(yù)期壽命。


SMA表型譜


發(fā)病原因


SMA患者的主要致病基因是運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元存活基因(survival motor neuron,SMN)。SMN基因位于5號染色體長臂1區(qū)3帶(5q13)上,具有9個(gè)外顯子(外顯子1,2a,2b,3-8),全長約27kb,編碼294個(gè)氨基酸的RNA結(jié)合蛋白SMN,這是高效組裝小核內(nèi)核糖核蛋白(snRNP)復(fù)合物所必需的。


有2個(gè)高度同源拷貝SMN1(OMIM 600354)和SMN2(OMIM 601627),端粒側(cè)稱SMN[T]SMN1,著絲粒側(cè)稱SMN[C]SMN2。兩者僅在各自的3’端有5個(gè)堿基的差別,其中2個(gè)堿基位于外顯子7、8,另3個(gè)堿基在內(nèi)含子6、7中。其中,在外顯子7的c.840C>T突變最為關(guān)鍵,導(dǎo)致SMN2的外顯子剪接增強(qiáng)器功能受到抑制和SMN2外顯子7跳躍。第8號外顯子中的堿基變化對功能沒有明顯影響。


SMA患者中,約95%為SMN1基因第7和第8外顯子純合缺失或第7外顯子純合缺失所致,5%為SMN1雜合缺失、點(diǎn)突變或SMN1基因轉(zhuǎn)化為SMN2基因所致。SMN1變異會(huì)減少SMN蛋白的產(chǎn)生,從而導(dǎo)致脊髓中前角細(xì)胞的喪失。雖然SMN1的缺失可以由SMN2來彌補(bǔ),SMN2可以產(chǎn)生足夠的SMN蛋白以允許除運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元之外的細(xì)胞類型的相對正常的發(fā)育。然而,SMN2并不能完全彌補(bǔ)SMN1的缺失,因?yàn)殡m然SMN2的轉(zhuǎn)錄水平與SMN1相當(dāng),但大部分SMN2轉(zhuǎn)錄本缺乏外顯子7,導(dǎo)致產(chǎn)生截短的不太穩(wěn)定的SMN蛋白。SMN1/SMN2拷貝數(shù)檢測是SMA攜帶者篩查與臨床確診的重要手段。


著絲粒SMN[C]基因(SMN2)缺失不會(huì)導(dǎo)致SMA,但SMN2基因拷貝數(shù)的增加與較溫和的SMA表型有關(guān)。


通常,人們在每個(gè)細(xì)胞中具有2個(gè)SMN1基因拷貝和1-2個(gè)拷貝的SMN2基因。然而,SMN2基因的拷貝數(shù)有所不同,有些人最多有8個(gè)拷貝。在患有SMA的人中,具有多個(gè)SMN2基因拷貝通常與在生命后期發(fā)展的病癥的不太嚴(yán)重的特征相關(guān)。SMN2基因產(chǎn)生的SMN蛋白可以幫助彌補(bǔ)由SMN1基因突變引起的蛋白質(zhì)缺乏。 0型脊髓性肌萎縮癥患者通常在每個(gè)細(xì)胞中具有0個(gè)拷貝或SMN2基因的1個(gè)拷貝,而I型患者通常具有1個(gè)或2個(gè)拷貝,II型患者通常具有3個(gè)拷貝,III型患者具有3個(gè)或者4個(gè)拷貝,IV型有4個(gè)拷貝或更多。許多未知的其他因素也導(dǎo)致SMA的嚴(yán)重程度變化。


疾病診斷


患有以下情況的個(gè)體應(yīng)懷疑脊髓性肌萎縮癥(SMA):


①有運(yùn)動(dòng)障礙史,特別是技能喪失

②近端肌無力

③肌張力減退

④無反射/反射減退

⑤舌束震顫

⑥身體檢查有運(yùn)動(dòng)單位疾病的證據(jù) 


2008年全美醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)會(huì)(American College of Medical Genetics,ACMG)建議不分地域種族,對所有育齡人群實(shí)施SMN1攜帶者基因篩查,對高風(fēng)險(xiǎn)胎兒實(shí)施產(chǎn)前診斷或植入前診斷。


對于與SMA臨床癥狀相似的患者,可通過MLPA、DHPLC 和實(shí)時(shí)熒光定量PCR等方法檢測其SMN1基因。如SMN1基因純合缺失,即2個(gè)SMN1基因均缺失,則可確診為患者。如果只檢出1個(gè)SMN1基因,即SMN1雜合缺失,則可能存在以下3種情況。


SMN1基因在RNA水平檢測出該基因某一位點(diǎn)存在點(diǎn)突變,則可確診為SMA患者。


②臨床診斷十分傾向SMA,但僅檢測到雜合缺失,未找到具體突變位點(diǎn),這時(shí)需謹(jǐn)慎判斷是否為患者。因?yàn)榛驒z測方法尚不能覆蓋全長SMN1基因,可能為沒有檢測到突變位點(diǎn),而非突變位點(diǎn)不存在,此時(shí)需再次結(jié)合患者臨床表現(xiàn)作進(jìn)一步判斷。


③僅存在SMN1基因雜合缺失,而無SMA臨床表現(xiàn)及突變位點(diǎn),則為攜帶者。

當(dāng)顯示存在2個(gè)SMN1基因時(shí),需再次分析臨床特征,排除其他的運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元疾病,例如肯尼迪病(脊髓延髓肌萎縮癥),遠(yuǎn)端SMA和肌萎縮側(cè)索硬化等。

 

基因檢測案例分享


臨床信息:女,2-3個(gè)月,肌無力、喂養(yǎng)困難、吮吸力低。脊髓性肌肉萎縮癥待查。

檢測項(xiàng)目:送檢基源基因全外顯子測序,基于WES二代測序數(shù)據(jù)的SMN基因分析顯示:檢出SMN1基因拷貝數(shù)為0,SMN2基因拷貝數(shù)為2。該結(jié)果匹配疾病表型為脊髓性肌肉萎縮癥;未檢出SMN1基因點(diǎn)突變。


一、SMN1,SMN2基因關(guān)聯(lián)疾病表型簡介

OMIM收錄該基因關(guān)聯(lián)疾病表型:

注:“AR”:常染色體隱性遺傳。

信息參見:

https://www./entry/600354


二、變異解析

受檢者檢出SMN1基因拷貝數(shù)為0,即SMN1基因純合缺失,導(dǎo)致脊髓性肌肉萎縮癥(SMA),主要臨床表現(xiàn)為呼吸困難、對稱性近端肌無力,出生6個(gè)月內(nèi)發(fā)病。


三、遺傳咨詢建議


受檢者檢出SMN1基因純合缺失,且MLPA檢出受檢者父母均存在SMN1基因外顯子7雜合缺失(如下圖),其下一胎有25%的概率遺傳到SMN1基因純合缺失而患脊髓性肌肉萎縮癥(SMA),建議進(jìn)行生育前遺傳咨詢。


受檢者之父:


受檢者之母:


SMA診療進(jìn)展

 

一、護(hù)理:咳痰機(jī)、呼吸機(jī)、站立架、胃造瘺手術(shù)等,延長患者生存期和提高生活質(zhì)量。


二、藥物:


①神經(jīng)保護(hù)小分子藥物


Olesoxime(TRO19622),一種新型神經(jīng)保護(hù)分子,目前正在SMA(NCT02628743)中進(jìn)行研究。其次,由Cytokinetics與日本藥企Astellas合作開發(fā),一種新的肌鈣蛋白激活劑(CK-2127107)目前正在進(jìn)行SMA的II期試驗(yàn)(NCT02644668)。


②基于RNA的治療方法


該治療方法旨在改變SMN2剪接以增加含有外顯子7的轉(zhuǎn)錄物的比例,從而增加全長SMN蛋白。反義寡核苷酸(ASO)(ASO-10-27或ISIS-SMNRx)是單鏈RNA分子,專門設(shè)計(jì)用于靶向SMN2轉(zhuǎn)錄物中的互補(bǔ)序列,導(dǎo)致包含外顯子7。Hua等試驗(yàn)表明在腦室內(nèi)注射ASO-10-27后校正SMN2剪接并恢復(fù)小鼠運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元中的SMN表達(dá),而皮下注射使其壽命延長25倍。Ionis 公司已完成ASO 的I期、II期和III期臨床試驗(yàn)(NCT01494701,NCT01703988,NCT01839656,NCT02193074,NCT02292537,NCT02386553)。


2016年12月24日,美國食品藥品監(jiān)督管理局(FDA)批準(zhǔn)了Biogen和Ionis制藥聯(lián)合開發(fā)的脊髓性肌萎縮癥(SMA)反義核苷酸(ASO)治療藥物Nusinersen(原名ASO10-27、ISIS-SMNRx)(商品名Spinraza)上市。作為全球首個(gè)獲批治療脊髓性肌萎縮的孤兒藥,Spinraza的價(jià)格非常昂貴。第一年的價(jià)格在 $750,000,后續(xù)治療花費(fèi)也是在每年 $350,000。目前研究顯示該藥物效果非治愈,只大約50%多患者身上幫助穩(wěn)定病情和改善運(yùn)動(dòng)能力(詳見:https://www./)。


至少另外兩種SNM2剪接修飾劑目前正在SMA中進(jìn)行臨床試驗(yàn),包括諾華制藥公司LMI070(NCT02268552)和羅氏公司 RG7916(NCT02633709)。


③基因替代療法


在SMA中也正在研究病毒傳遞SMN1的基因替代療法。Foust和他的同事證明,在出生后第1天將攜帶SMN1的腺相關(guān)病毒9 (AAV9)靜脈注射給SMA小鼠導(dǎo)致正常壽命(> 400天),而未治療小鼠則為16天。


AveXis公司的產(chǎn)品AVXS-101針對的是SMN1基因本身。AVXS-101利用病毒作為載體,通過輸液的形式將正常SMN1基因的拷貝傳遞到患者自己的神經(jīng)元細(xì)胞中,從而產(chǎn)生SMN 蛋白。AveXis公司已經(jīng)完成了含有SMN1(AVXS-101)的AAV9的I期試驗(yàn),靜脈內(nèi)給予I型SMA嬰兒(NCT02122952),正在進(jìn)行AVXS-101的I期、II期和III期臨床試驗(yàn)(NCT03381729,NCT03421977,NCT03505099,NCT03461289,NCT03306277)。

 

參考文獻(xiàn):

劉倩, 吳菁. 脊髓性肌萎縮的診療進(jìn)展[J]. 中國產(chǎn)前診斷雜志(電子版), 2014(3):54-58.

張蕾, 頡小玲, 李娟, et al. 脊髓性肌萎縮癥遺傳學(xué)及治療研究進(jìn)展[J]. 臨床兒科雜志, 2017(8).

Hua Y, Sahashi K, Rigo F, Hung G, Horev G, Bennett CF, Krainer AR. 2010. Peripheral SMN restoration is essential for long-term rescue of a severe spinal muscular atrophy mouse model. Nature. 2011;478:123–6. 

Foust KD, Wang X, McGovern VL, Braun L, Bevan AK, Haidet AM, Le TT, Morales PR, Rich MM, Burghes AH, Kaspar BK. Rescue of the spinal muscular atrophy phenotype in a mouse model by early postnatal delivery of SMN. Nat Biotechnol. 2010;28:271–4. 

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