喀喇汗王朝在王朝的直轄領(lǐng)地，再不分封，實(shí)行中央集權(quán)。取消了分封制，這在中亞史上是一個(gè)具有里程碑意義的重大進(jìn)步，這有利于社會(huì)的安定和生產(chǎn)的發(fā)展。

盡管喀喇汗王朝實(shí)行中央集權(quán)，但汗國(guó)仍具有一定的分裂趨勢(shì)。問(wèn)題的根源就在于雙汗制度，大汗直接統(tǒng)治東部，汗廷在八剌沙袞(Balasagun)，副汗治怛邏斯(Talas)和喀什(Kashgar)。雙汗都享有軍事權(quán)，對(duì)汗國(guó)的統(tǒng)一是一大隱患。

喀喇汗王朝王宮遺址

汗國(guó)北部的巴爾喀什湖地區(qū)，七河流域，伊犁河流域是一片特殊區(qū)域，這塊由葛邏祿人組成的政治實(shí)體統(tǒng)治，葛邏祿各部擁有約15座城邑，由喀喇汗大汗任命諸個(gè)官員控制，享有較高的半自治權(quán)力，定期向汗國(guó)中央繳納賦稅，提供勞役與兵力。

經(jīng)過(guò)100多年的政治演變，喀喇汗王朝汗桃花石族的兩大系已完全形成，即長(zhǎng)支阿里系和幼支哈桑系。起初，王朝的統(tǒng)治權(quán)控制在阿里系手中，但玉素甫卡迪爾汗占領(lǐng)喀什噶爾后，王朝的統(tǒng)治權(quán)轉(zhuǎn)到哈桑系手中。1041年伊卜拉欣用武力奪取布哈拉后，阿里系控制了河中地區(qū)，而哈桑系只控制王朝東部。伊卜拉欣自稱(chēng)桃花石·博格拉·喀喇汗，完全獨(dú)立自主，不承認(rèn)東部喀喇汗為宗主。于是在中亞地區(qū)形成了完全平行的兩個(gè)獨(dú)立王朝--東部喀喇汗王朝和西部喀喇汗王朝。

大約自1041年起，喀喇汗王朝正式分裂為二，西汗為阿里后裔，通稱(chēng)阿里系，領(lǐng)有河中地區(qū)及費(fèi)爾干納西部，以撒馬爾罕、布哈拉為都城;東汗為哈侖·卜格拉汗后裔，通稱(chēng)哈侖或哈散系，領(lǐng)有怛邏斯、白水城、石城、費(fèi)爾干納東部、七河流域和喀什噶爾，以八剌沙袞為政治、軍事都城，以喀什噶爾為宗教、文化中心。