1.ceRNA、ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、ceRNA分析等名詞經(jīng)常出現(xiàn)，這些概念到底有啥區(qū)別？

ceRNA全稱(chēng)competing endogenous RNA，是一種能夠競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合RNA的作用元件。通常lncRNA和circRNA會(huì)競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合miRNA，我們一般把lncRNA和circRNA可以稱(chēng)作ceRNA。ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)全稱(chēng)ceRNAregulation network，指的是有ceRNA參與的整個(gè)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。而ceRNA分析指的是對(duì)整個(gè)ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行分析。一般有circRNA-miRNA-mRNA分析或lncRNA-miRNA-mRNA分析。

2.ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)內(nèi)RNA類(lèi)型好多，感覺(jué)無(wú)從下手，切入點(diǎn)不是很明確，有沒(méi)有一些好的建議？

ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析中目前包含四種RNA，即mRNA、miRNA、lncRNA和circRNA。其中miRNA處于調(diào)控的核心地位，當(dāng)miRNA被lncRNA或circRNA這類(lèi)ceRNA競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合時(shí)，受miRNA調(diào)控的mRNA轉(zhuǎn)錄水平會(huì)上升。

3.是否mRNA，lncRNA，circRNA和miRNA都具有ceRNA調(diào)控機(jī)制呢？

并非如此，ceRNA調(diào)控機(jī)制作為普遍存在的現(xiàn)象，但是并非任何mRNA，lncRNA，circRNA都能夠具有MRE，對(duì)于不具有共有MRE的mRNA，lncRNA，circRNA來(lái)說(shuō)，就不存在ceRNA調(diào)控機(jī)制。也就是說(shuō)有些lncRNA、mRNA和circRNA很有可能是單身狗。

基于這樣一個(gè)知識(shí)背景，我們來(lái)看那些正兒八經(jīng)的不花錢(qián)不動(dòng)腦的故事是怎樣煉成的，甩一張流程圖，看完這個(gè)，總結(jié)一下就是用數(shù)據(jù)分析構(gòu)建了ceRNA網(wǎng)絡(luò)，然后做了qPCR驗(yàn)證，當(dāng)然是不怎么花錢(qián)的。

ceRNA分析流程圖

第一步就是差異分析的結(jié)果，包括mRNA, miRNA,lncRNA三次，其次基于數(shù)據(jù)進(jìn)行l(wèi)ncRNA-mRNA共表達(dá)分析，這里我們關(guān)心正向相關(guān)的lncRNA-mRNA，為啥？因?yàn)橹挥袑?shí)力均衡，才有資格爭(zhēng)奪你們的女神?。╩iRNA）。然后，基于數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)miRNA-lncRNA，miRNA-mRNA關(guān)系對(duì)，這里，貼心的小編為你整理出預(yù)測(cè)工具或在線(xiàn)網(wǎng)站。

1.   mirwalk2.0 比較早的一款miRNA靶基因預(yù)測(cè)軟件，支持在線(xiàn)對(duì)人類(lèi)，小鼠，大鼠，狗，牛等物種的miRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè)分析，能夠保持一直更新的在線(xiàn)服務(wù)，那都是良心之作呀。

網(wǎng)址：http://zmf.umm./apps/zmf/mirwalk2/index.html

2.    starBase v2.0 該數(shù)據(jù)庫(kù)采集了6000多份樣本，14種癌癥來(lái)自于37個(gè)獨(dú)立研究的108份CLIP-seq數(shù)據(jù)，同時(shí)輔助降解組實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)搜尋miRNA的靶標(biāo)，提供了各式各樣的可視化界面去探討miRNA靶標(biāo)。除了miRNA和靶標(biāo)mRNA之間關(guān)系，該數(shù)據(jù)庫(kù)還進(jìn)行l(wèi)ncRNA、circRNA、protein與mRNA之間的相互作用分析，并分析了ceRNA機(jī)制。該數(shù)據(jù)庫(kù)主要包含人、小鼠、線(xiàn)蟲(chóng)3個(gè)物種信息。

網(wǎng)址：http://starbase./

3.    TargetScan  TargetScan數(shù)據(jù)庫(kù)是大家比較常用的預(yù)測(cè)miRNA靶基因數(shù)據(jù)庫(kù)，主要通過(guò)搜索和每條miRNA種子區(qū)域匹配的保守的8mer和7mer位點(diǎn)來(lái)預(yù)測(cè)靶基因。該數(shù)據(jù)庫(kù)提供人、小鼠、大鼠、奶牛、狗、猩猩、恒河猴、負(fù)鼠、雞和青蛙等動(dòng)物信息。

網(wǎng)址：http://www./

4.    PITA  該數(shù)據(jù)庫(kù)基于靶位點(diǎn)的可接性(target-siteaccessibility)和自由能預(yù)測(cè)miRNA的靶標(biāo)，是著名的生物信息學(xué)家Segal實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的。主要包含human、mouse、fly和worm的信息，使用者可以通過(guò)miRNA預(yù)測(cè)靶基因，也可以通過(guò)mRNA預(yù)測(cè)miRNA信息，無(wú)論是miRNA還是mRNA均可通過(guò)提供name或ID進(jìn)行分析。

網(wǎng)址：http://genie./pubs/mir07/mir07_dyn_data.html

5.   另外還有本地軟件miranda可以進(jìn)行miRNA與靶基因的結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)哦。

好了，回到我們的套路上，得到miRNA-lncRNA，miRNA-mRNA關(guān)系對(duì)后，結(jié)合lncRNA-mRNA共表達(dá)關(guān)系，妥妥的三角戀，故事就開(kāi)始了——構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)。

ceRNA網(wǎng)絡(luò)

最后找?guī)讓?duì)關(guān)鍵的lncRNA-miRNA-mRNA進(jìn)行qPCR驗(yàn)證。然后就沒(méi)有然后啦，這樣的套路你get到了嗎？趕緊收藏吧！

最后為大家安利一個(gè)數(shù)據(jù)挖掘精品課程，有著十年生物信息分析經(jīng)驗(yàn)的宋老師，擅長(zhǎng)高通量數(shù)據(jù)分析、項(xiàng)目開(kāi)發(fā)與設(shè)計(jì)，擁有豐富的線(xiàn)下和線(xiàn)上培訓(xùn)經(jīng)驗(yàn)。還構(gòu)建了自助生物信息學(xué)分析平臺(tái)：云生信“www.biocloudservice.com”。

基于生物信息學(xué)挖掘高通量（二代測(cè)序/基因芯片）數(shù)據(jù)的關(guān)鍵靶標(biāo)基因

課程簡(jiǎn)介

本課程是生信基礎(chǔ)班，目的是讓臨床醫(yī)生、動(dòng)植物學(xué)研究者了解生信的優(yōu)勢(shì)、與自己學(xué)科的密切關(guān)聯(lián)，并且學(xué)會(huì)基于生信的分析思路和實(shí)際工具、軟件的操作。

學(xué)習(xí)目標(biāo)

學(xué)會(huì)原始芯片/測(cè)序數(shù)據(jù)的查找下載、差異分析、KEGG pathway富集分析、GO富集分析、聚類(lèi)熱圖heatmap圖制作、蛋白互作關(guān)系預(yù)測(cè)等。

適合人群

對(duì)生物信息感興趣的無(wú)基礎(chǔ)或者基礎(chǔ)較差的學(xué)員。