畢竟你們現(xiàn)在都在拼命往lncRNA結(jié)合miRNA還有LncRNA結(jié)合DNA作為誘導上去努力，但實際上這篇蚊帳用的是生信的方法，來分析LncRNA與蛋白間的互作關系的：

當然，LncRNA和蛋白間的互作，可能會成為未來的一個趨勢。隨便分析了一下五年來這個課題的趨勢（刪掉了OT和SR等等這樣的水刊）：

今年還沒過完蚊帳量就已經(jīng)比去年多了，那文獻質(zhì)量怎么樣呢？

高分雖然一直持平，但中檔次的文獻是在連年增長的。那我們回過來看看這篇蚊帳講了啥哈。他們用了幾個RNA-蛋白互作數(shù)據(jù)庫，來進行分析：

當然，這里就有一個問題了，蛋白和RNA的互作，是基于兩者序列的，也就是說要同時分析蛋白的序列以及RNA的序列才行。

他們用幾個常見的蛋白，來分析，發(fā)現(xiàn)對于某一個蛋白的RNA結(jié)合位點的氨基酸來說，結(jié)合RNA的能力基本上是一致的（不同的點就是不同類型的LncRNA）：

而RNA結(jié)合蛋白的氨基酸位點與mRNA和LncRNA之間的結(jié)合也是相似的（紅的mRNA，藍的LncRNA）：

而同樣LncRNA上的蛋白結(jié)合位點，在不同的數(shù)據(jù)庫中，所結(jié)合的蛋白也都差不多（用了GENCODE來注釋）：

這就說明LncRNA和蛋白的互作關系，確實是與他們的序列有關。當然，這么一篇蚊帳并不能說明大家的關注度，前幾天NATURE GENETICS （IF=27.125）上的另一篇文獻：

這篇文獻做法差不太多，但是用了一種叫k-mer（類似序列相似度）的算法來進行計算，發(fā)現(xiàn)有相似GO分組，也就是功能相近的LncRNA，有著類似的RNA序列：

可能看到這里你并不是特別明白，也不會有很多思路，但如果隨便拓展一下：LncRNA和mRNA之間的類似序列，會不會和它們結(jié)合miRNA一樣有著競爭關系呢？臥槽，聽上去就比ceRNA來得高大上很多了吧。

當然，完全看不懂也沒關系，畢竟，這兩篇文獻給我們貢獻了幾個有用的RNA蛋白互作的數(shù)據(jù)庫不是么？

比如這個CLIPdb，還真的蠻好用：

或者這個doRiNA也蠻有意思的：

有興趣就去自己試試看吧。好了，今天就先策到這里吧，祝你們心明眼亮。