公元404年五月二十六，桓玄在被劉毅和何無忌等人打敗后，在入蜀路上的枚回洲被益州督護(hù)漢嘉人馮遷殺死，桓玄的黨羽也基本被消滅。

劉毅等人取勝之后，以為大事已定，便不急著追趕桓玄的殘部，又遇到大風(fēng)，戰(zhàn)船不能前進(jìn)?；感懒藢⒔?，各路部隊(duì)還沒抵達(dá)江陵。當(dāng)時(shí)桓謙藏匿在沮中，揚(yáng)武將軍桓振藏匿在華容浦，桓玄的故將王稚徽則依然衛(wèi)戍巴陵。他派人向桓振報(bào)告說：桓歆已經(jīng)攻克京邑，馮稚也重新攻克了尋陽，劉毅諸軍以及中路全都敗退了?；刚穹浅８吲d，便集聚了二百多人，去襲擊江陵。桓謙也聚眾響應(yīng)。閏五月初三，桓振他們重新攻陷江陵，殺了王康產(chǎn)和王騰之?；刚褚姇x安帝還在行宮，便躍馬奮戈，直沖到階下，問他桓昇在哪里。聽說已經(jīng)死了，他圓睜雙目瞪著晉安帝責(zé)問道：臣的門戶有什么地方對(duì)不起國(guó)家，竟然遭到如此屠滅！瑯邪王司馬德文下了御床跟他說：這哪里是我兄弟的意思！桓振想殺了晉安帝，被桓謙苦苦攔住?；刚襁@才下馬，改容向晉安帝致拜后出了行宮。閏五月初六，桓振為桓玄舉哀，立了辦喪事的庭院，謚號(hào)桓玄為武悼皇帝。

次日，桓謙等人帶領(lǐng)群臣將御璽和印綬還給晉安帝說：主上效法堯禪讓給舜的先例。可惜如今楚運(yùn)不佳，百姓的民心再次回歸于晉。同時(shí)任命瑯邪王司馬德文領(lǐng)徐州刺史，桓振為負(fù)責(zé)八州軍事的荊州刺史，桓謙重新?lián)问讨泻托l(wèi)將軍，加江豫二州刺史。侍奉晉安帝的左右隨從，都是桓振的心腹。

桓振少年時(shí)沒什么品行，桓玄不把他當(dāng)做子弟輩看待。至這時(shí)，桓振嘆息道：靈寶公以前不早用我，因此導(dǎo)致失敗。如果靈寶公還在，我為前鋒，拿下天下不算回事。如今我獨(dú)自做這大事，卻怎能成功？于是破罐破摔，縱意酒色，肆行誅殺。桓謙勸桓振帶兵出戰(zhàn)，自己堅(jiān)守江陵?；刚駳v來看不起桓謙，不肯采納他的意見。

劉毅抵達(dá)巴陵后，殺了王稚徽。何無忌和劉道規(guī)在馬頭進(jìn)攻桓謙，在龍泉進(jìn)攻桓蔚，把他們都打敗了。桓蔚是桓秘的兒子。

何無忌打算乘勝直搗江陵。劉道規(guī)勸道：兵法根據(jù)時(shí)機(jī)能屈能申。目前不能冒進(jìn)。這些桓氏族人世代身居西楚，底下士兵都肯為他們盡力?；刚裼鹿谌?，很難和他爭(zhēng)鋒。況且我們可以利用這一時(shí)機(jī)養(yǎng)兵蓄銳，慢慢用計(jì)策對(duì)付他們。用不著擔(dān)憂攻他不下。何無忌不肯。結(jié)果桓振和義軍在靈溪大戰(zhàn)，馮該又帶兵會(huì)合桓振。何無忌等人大敗，陣亡了一千多人。何無忌退回到尋陽，修繕船只和兵甲，和劉毅等人一道寫信向朝廷請(qǐng)罪。劉裕因?yàn)閯⒁闶枪?jié)度諸軍的主將，便免了他青州刺史的職位。何無忌雖受劉毅的節(jié)度，但沒耐心接受他的督攝，經(jīng)常不請(qǐng)示而自作主張。劉毅疾恨何無忌擅自作主，便免去他瑯邪內(nèi)史的職位，以輔國(guó)將軍的身份攝行軍事。何無忌于是與劉毅不和。劉毅因?yàn)楹螣o忌的錯(cuò)誤自行引咎，所以當(dāng)時(shí)的輿論十分贊許他。

桓振任命桓蔚為雍州刺史，代替王曠鎮(zhèn)守襄陽。

這時(shí)，益州刺史毛璩的部將柳約之、羅述、甄季之聽說桓玄死了，便從白帝城向東進(jìn)軍。他們抵達(dá)枝江時(shí)，聽說何無忌等人在靈溪大敗，便帶兵后退。接著羅述和甄季之都生了病，柳約之便前往桓振那里偽降，陰謀找機(jī)會(huì)襲擊桓振。不幸事情泄露，桓振把他殺了。柳約之的司馬時(shí)延祖和涪陵太守文處茂收集了他的部眾，退保涪陵。

六月，毛璩派部將攻打漢中，殺了桓希。毛璩接著自領(lǐng)梁州刺史。江夏相張暢之和高平太守劉懷肅到西塞磯攻打何澹之，也把他打敗。劉道規(guī)進(jìn)討武昌，打敗桓玄署任的太守王旻。魏詠之和劉籓則在白茅打敗桓石綏。

七月二十三，東晉永安皇后何氏去世。八月十九，東晉將永安也即穆章皇后安葬在永平陵。

同時(shí)，劉裕領(lǐng)青州刺史。劉敬宣在尋陽，聚集軍糧，修繕戰(zhàn)船，一直做著充分的準(zhǔn)備，所以何無忌等人雖然戰(zhàn)敗退卻，卻靠著劉敬宣的后勤工作而重新振作起來。桓玄兄長(zhǎng)的兒子桓亮這時(shí)自稱江州刺史，入寇豫章，但被劉敬宣擊敗。

劉毅、何無忌、劉道規(guī)再次從尋陽西上，抵達(dá)夏口?；刚衽涉?zhèn)東將軍馮該守衛(wèi)東岸，揚(yáng)武將軍孟山圖占據(jù)魯山城，輔國(guó)將軍桓仙客守衛(wèi)偃月壘，總共有部眾一萬人。他們將戰(zhàn)艦連接兩岸，水陸相援。劉毅監(jiān)督各路大軍進(jìn)討，但尚未到達(dá)夏口，就遇到大風(fēng)，一些戰(zhàn)船沉沒了，損失了一千多人。劉毅與劉懷肅和索邈等人進(jìn)攻魯山城，劉道規(guī)進(jìn)攻偃月壘，何無忌和檀祗則陳列戰(zhàn)艦在中流，以防止桓軍越逸。劉毅親自身披甲胄，義軍歡騰雀躍，前赴后繼，叫聲震動(dòng)山谷。從辰時(shí)連續(xù)作戰(zhàn)直到午時(shí)，攻城半日之后兩城俱潰。義軍生擒了孟山圖和桓仙客，馮該則逃到石城去了。

十二月，劉毅等人進(jìn)攻并占領(lǐng)了巴陵。劉毅號(hào)令嚴(yán)整，百姓安心喜悅。劉裕于是重新任命劉毅為兗州刺史?；刚袢蚊阜胖疄橐嬷荽淌罚M(jìn)駐西陵。涪陵太守文處茂擊敗桓放之，他只好退回江陵。

這一年，東晉的民眾為了避亂，背負(fù)嬰兒到淮北逃難的比比皆是，一路上都是難民。

公元405年春正月，南陽太守扶風(fēng)人魯宗之起兵襲擊襄陽，桓蔚敗走逃回到江陵。正月初七，劉毅等人的部隊(duì)抵達(dá)馬頭?；刚駫冻种鴷x安帝進(jìn)駐江津，派使者求和，愿意割江荊二州給劉裕，并奉送天子回建康。劉毅等人不答應(yīng)。兩天后，魯宗之在柞溪擊破桓振的武賁中郎將溫楷，進(jìn)駐紀(jì)南?；刚窳粝禄钢t和馮該守衛(wèi)江陵，自己帶兵與魯宗之大戰(zhàn)。桓振勇冠三軍，無人能夠抵御，魯宗之因此大敗?；刚褡汾s他，結(jié)果遇見魯宗之單騎在道路上?；刚癫徽J(rèn)識(shí)他，便問他魯宗之在哪里。魯宗之騙他說：已逃到前頭去了?；刚癫唏R猛追，魯宗之于是從后頭逃走，得免一死。

劉毅率領(lǐng)何無忌和劉道規(guī)等人的軍隊(duì)在豫章口擊破馮該，桓謙棄城逃走。劉毅等人乘勝前進(jìn)，于是順利地進(jìn)入江陵，搜捕了桓玄的黨羽卞范之、羊僧壽、夏侯崇之、桓道恭等人，全部斬首。桓振打了勝仗回來，卻望見江陵城里大火，知道城池已陷。他的部眾看到大勢(shì)已去，也都全部潰散?；刚裰缓锰拥?jīng)榇ㄈチ恕?/p>

正月十三，朝廷下詔將大事都盡數(shù)委托給冠軍將軍劉毅。

正月十六，東晉改元并大赦，惟獨(dú)不赦免桓氏家族。但因?yàn)榛笡_始終忠于王室，朝廷決定特赦他的孫子桓胤。朝廷還任命魯宗之為雍州刺史，毛璩為征西將軍、負(fù)責(zé)益、梁、秦、涼五州軍事，毛璩弟弟毛瑾為梁、秦二州刺史，毛瑗為寧州刺史。劉懷肅在石城追上馮該，把他殺了。桓謙、桓怡、桓蔚、桓謐、何澹之、溫楷全都投奔后秦去了?；糕腔负氲牡艿?。

二月初六，東晉留臺(tái)預(yù)備了法駕到江陵去迎接晉安帝。劉毅和劉道規(guī)留駐在夏口，何無忌則帶著晉安帝東返。

再說當(dāng)初，益州刺史毛璩聽說桓振再次攻陷江陵，便率領(lǐng)部眾三萬順流東下，準(zhǔn)備討伐桓振。他派他弟弟西夷校尉毛瑾和蜀郡太守毛瑗從外水出兵，派參軍巴西人譙縱和侯暉從涪水出兵。蜀人不喜歡遠(yuǎn)征，因此侯暉來到五城水口后，和巴西人陽昧陰謀作亂。譙縱為人謙和謹(jǐn)慎，深為蜀人愛戴，因此侯暉和陽昧一道逼迫譙縱為起事領(lǐng)袖。譙縱堅(jiān)決不肯，甚至投河自盡，但被大家救了出來。侯暉等人又用兵馬威逼譙縱登上乘輿，譙縱又五體投地，叩頭堅(jiān)決推辭。侯暉居然把譙縱綁在乘輿上頭。

到了405年二月，蜀兵從五城水口回來，在涪城偷襲毛瑾，并把他殺了，然后推舉譙縱為梁、秦二州刺史。毛璩抵達(dá)略城時(shí)，聽說這一事變，急忙趕回成都，然后派參軍王瓊帶兵討伐。但王瓊被譙縱的弟弟譙明子打敗，陣亡了什之八九。益州的營(yíng)戶（從事農(nóng)耕等勞動(dòng)的俘虜）李騰開城迎納譙縱的士兵，殺了毛璩和他弟弟毛瑗，滅了他們一家。譙縱于是自稱成都王，任命他的堂弟譙洪為益州刺史，任命譙明子為巴州刺史，進(jìn)駐白帝。于是巴蜀大亂，漢中空虛，氐王楊盛趁機(jī)派他兄長(zhǎng)的兒子平南將軍楊撫占據(jù)漢中。

三月，桓振從鄖城襲擊江陵。荊州刺史司馬休之戰(zhàn)敗，逃到襄陽，桓振于是自稱荊州刺史。建威將軍劉懷肅從云杜帶兵飛馳前來救援，劉毅也派廣武將軍唐興去幫助他。結(jié)果他們與桓振在沙橋大戰(zhàn)。桓振的士兵人數(shù)雖少，但個(gè)個(gè)都奮力苦戰(zhàn)。每一個(gè)回合，桓振總是圓睜雙眼奮力出擊，無人敢當(dāng)。但當(dāng)時(shí)桓振已經(jīng)喝得半醉，而且身上已經(jīng)中了流矢，最終被唐興臨陣殺死。官軍殺了桓振及其輔將軍桓珍之后，便再次收復(fù)了江陵。劉毅又攻拔遷陵，并在臨幛殺了桓玄所任命的太守劉叔祖。

至此，桓玄篡位的插曲宣告結(jié)束，東晉進(jìn)入了劉裕掌權(quán)的時(shí)代，開始了由東晉向劉宋王朝的過渡。

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