公元404年三月初五，桓玄被劉裕很少的兵力打敗，逃出京師一帶。劉裕進(jìn)入建康。，劉毅為青州刺史，何無忌為瑯邪內(nèi)史，孟昶為丹陽尹，劉道規(guī)為義昌太守?；感蚊乃就酵踔k和其他大臣都共同推舉劉裕領(lǐng)揚(yáng)州牧。劉裕堅(jiān)決推辭，于是仍然以王謐為侍中、領(lǐng)司徒、揚(yáng)州刺史、負(fù)責(zé)尚書事務(wù)。王謐推舉劉裕為使持節(jié)、負(fù)責(zé)揚(yáng)、徐、兗、豫、青、冀、幽、并八州軍事兼徐州刺史

劉裕剛到建康時(shí)，許多大事情都交給劉穆之處理。雖然很多事情都是倉猝之間當(dāng)場決定，劉穆之卻辦得十分公允，讓大家都滿意。劉裕于是把他當(dāng)作心腹，所有事情都要咨詢他。劉穆之也盡心盡力，從無遺漏或隱瞞。當(dāng)時(shí)晉室為政寬馳，綱紀(jì)不立，豪族放縱，小民窮窘，主要是因?yàn)樗抉R元顯的政令違背常理。桓玄雖然想有所改革整頓，但他制定的新律法條目繁瑣，眾人都無所適從。劉穆之根據(jù)時(shí)宜加以斟酌簡化，隨時(shí)矯正不合適的律法。劉裕以身作則，先以他的權(quán)威禁止那些不法行為。于是朝廷內(nèi)外百官都肅然奉職，因此在不到十來天的時(shí)間里，風(fēng)俗頓時(shí)改變。而且桓玄雖然以英雄豪杰被人推崇，然而他出身豪門，一朝占據(jù)皇位，晉氏四方的牧守以及在朝大臣，都盡心服事，臣主的名分很容易就被人接受而確定下來。但劉裕原來在朝廷沒有什么地位，他的兵眾也不足一旅。很少人能想到他居然能奮臂于草莽之中，倡舉大義恢復(fù)了大晉的皇運(yùn)。于是王謐等有民望的朝廷大臣，無不感到慚愧而害怕他。

當(dāng)初，諸葛長民到了豫州，誤過了舉義的日期，結(jié)果沒有成功。刁逵捉住諸葛長民，用檻車將他送到桓玄那里去。到了當(dāng)利時(shí)聽說桓玄已經(jīng)敗了，護(hù)送的人便共同打破檻車放出了諸葛長民，然后逃回到歷陽。刁逵丟棄了城池逃走，但被部下捉獲，送到石頭城處斬。他的子侄不管長幼也都被殺，唯獨(dú)赦免了他的小弟給事中刁騁。刁騁后來謀反伏誅，于是刁氏滅絕了。刁氏歷來殷富，兄弟子侄都不看重名譽(yù)和品行，一心只想聚斂財(cái)富。刁家有田上萬頃，有奴婢幾千人。他們的奴仆門客縱橫山澤，成為京口的一大蠹蟲。劉裕把他們的家產(chǎn)全部散發(fā)，讓百姓能拿多少就拿多少，居然好幾天都拿不完。當(dāng)時(shí)天下饑荒困弊，好多人家靠著從刁家拿來的財(cái)產(chǎn)維持生計(jì)。刁逵的故吏將他弟弟的兒子刁雍藏匿起來，后來送到洛陽去。后秦君主姚興任命他為太子中庶子。

劉裕任命魏詠之為豫州刺史，出鎮(zhèn)歷陽，任命諸葛長民為宣城內(nèi)史。

當(dāng)初，劉裕名微位薄，而且輕率狡詐沒有什么品行，上流階層都不怎么跟他往來，只有王謐一個(gè)人很看重他。他跟劉裕說：你會(huì)成為一代英雄。劉裕曾和刁逵玩樗蒲賭博，不一會(huì)就把錢輸光了，還欠了一大筆。刁逵把他綁在拴馬的柱子上。王謐見了，責(zé)怪刁逵不該這么做，讓他放了劉裕，并代他還欠款。因此劉裕很恨刁逵而對(duì)王謐感恩戴德。

尚書左仆射王愉和他兒子荊州刺史王綏陰謀襲擊劉裕，結(jié)果事情敗露，遭到夷族。王愉父子是江東的頭等望族。王綏少年時(shí)就有重名，歷來因?yàn)閯⒃３錾碡毢?，總是欺凌他。王綏也是桓氏的外甥，劉裕所以殺了他們。王綏弟弟的兒子王慧龍被僧彬藏匿起來，得免一死?/p>

三月初十，劉裕遷去鎮(zhèn)守東府。

桓玄來到尋陽，郭昶之給他提供器用和兵力。殷仲文從后頭趕來，遠(yuǎn)遠(yuǎn)望見桓玄的船，旌旗輿服全都和皇帝的威儀一樣，嘆息道：從失敗中重新振作起來，是可以這么做的。三月十四，桓玄逼迫晉安帝西上。劉裕任命劉毅為冠軍將軍兼青州刺史，讓他率領(lǐng)何無忌和劉道規(guī)等人的兵馬去追趕桓玄。桓玄留下龍?bào)J將軍何澹之和前將軍郭銓與郭昶之守衛(wèi)湓口?；感诼飞献约簩懽鳌镀鹁幼ⅰ罚ㄒ话愕弁醯钠鹁幼⒅荒苡瑟?dú)立的史官記載，好事壞事都得記錄），敘述討伐劉裕的戰(zhàn)事，自認(rèn)為他的戰(zhàn)略計(jì)策全部正確無誤，只是各路大軍違背節(jié)度，最終導(dǎo)致他的失敗逃亡。他專門集中精力著述，沒時(shí)間和屬下商議眼前的大事。《起居注》寫成后，他到處宣揚(yáng)。

三月二十九，劉裕自稱得到晉安帝的密詔，任命武陵王司馬遵總理百官辦事，加侍中、大將軍，同時(shí)大赦，只有桓玄的家族不在寬宥的范圍。

這期間，流亡南燕的劉敬宣和高雅之結(jié)交了青州大姓以及鮮卑豪帥，陰謀刺殺南燕主慕容備德，共同推舉司馬休之領(lǐng)頭。慕容備德十分寵信他的司空劉軌，高雅之便想邀請(qǐng)劉軌同謀。劉敬宣說：劉公年齡已經(jīng)衰老，有安心定居齊地的打算。不能告訴他。高雅之最終忍不住還是把他們的陰謀告訴了他。劉軌不肯，因而陰謀多少有點(diǎn)泄漏。劉敬宣等人只好急忙往南逃走。南燕人接著搜捕了劉軌，把他殺了，又追上高雅之，也把他殺了。劉敬宣和司馬休之抵達(dá)淮泗之間時(shí)，聽說桓玄已經(jīng)失敗，便放心地回歸東晉。劉裕任命劉敬宣為晉陵太守。

夏四月初二，武陵王司馬遵搬到東宮居住，朝廷內(nèi)外都很敬重他。司馬遵革除桓玄的百官稱制書，改為百官稱令書。他還任命司馬休之負(fù)責(zé)荊、益、梁、寧、秦、雍六州軍事、領(lǐng)荊州刺史。

四月初三，桓玄挾持晉安帝來到江陵，桓石康接納了他們。桓玄重新署任安置百官，任命卞范之為尚書仆射。他自從失敗逃亡之后，擔(dān)心威令不行，便更加增添和嚴(yán)峻刑罰，結(jié)果搞得大家愈益離心離德。殷仲文諫道：陛下少年時(shí)就有英雄的聲譽(yù)，遠(yuǎn)近無不臣服，于是掃平荊雍，匡護(hù)京師，名聲播于神州大地。在據(jù)有皇位之后，卻遇到如此厄運(yùn)，并非因?yàn)橥?yán)不足的緣故。百姓私底下喁喁細(xì)語，都盼望得到皇上的恩澤。所以陛下應(yīng)當(dāng)弘揚(yáng)仁慈的風(fēng)氣，好得到人心。桓玄怒道：漢高祖和魏武帝也曾幾次遇到慘敗。如今因?yàn)楦魑粚㈩I(lǐng)的失策，加上天時(shí)不利，所以不得不遷都回到原來的楚地。而這幫小人還議論紛紛，妄自興起異議！現(xiàn)在正應(yīng)當(dāng)用嚴(yán)峻的刑罰糾正這一風(fēng)氣，不能再施以寬仁?；感笥译S從都稱呼桓玄為桓詔?；肛穭裰G道：詔是用于辭令的詞，不能當(dāng)作稱謂。漢魏時(shí)代的君主都沒有這樣的稱呼，只聽說過北方的胡虜稱苻堅(jiān)為苻詔而已。希望陛下遵循古代帝王的法則，讓今后萬世可以效法?；感f：這稱呼已經(jīng)習(xí)慣了，現(xiàn)在再宣詔取消它，只怕更不吉祥。如果一定得改，可以等到事情平定以后再說。荊、江二州的郡縣聽說桓玄逃亡回來，有不少人上表慰問皇上的起居。桓玄全不接受，讓他們改成向他慶賀轉(zhuǎn)遷新都。

當(dāng)初，王謐是桓玄的佐命元首大臣?；感芏U時(shí)，是王謐親手解下晉安帝的御璽印綬?；感r(shí)，大家都認(rèn)為王謐罪該萬死，但劉裕特別保全了他。劉毅曾在朝會(huì)上，問王謐御璽和印綬現(xiàn)在哪里。王謐內(nèi)心非常緊張。比及王愉父子被殺時(shí)，王謐的堂弟王諶跟王謐說：王駒無罪，而劉裕他們把他殺了。這是剪除勝過自己的人，以杜絕民望。兄長不但是桓氏的黨附，而且名位又這么高，難道還能躲得過嗎？王駒是王愉的小字。王謐非?？謶郑闾拥角⑷?。劉裕寫信給武陵王司馬遵，力保王謐。司馬遵只好迎接他回來復(fù)位。

桓玄兄長的兒子桓歆帶領(lǐng)氐人領(lǐng)袖楊秋入寇歷陽。魏詠之率領(lǐng)諸葛長民、劉敬宣、劉鐘一道將他們打敗，并在練固殺了楊秋。魏詠之又在歷陽打敗桓歆，接著諸葛長民在芍陂又再敗桓歆?；胳务R渡過淮河逃走。

桓玄派武衛(wèi)將軍庾稚祖和江夏太守桓道恭率領(lǐng)幾千人幫何澹之及前將軍郭銓和江州刺史郭昶之等人共同守衛(wèi)湓口。何無忌和劉道規(guī)的大軍來到桑落洲。四月二十三，何澹之等人率領(lǐng)水師開戰(zhàn)。何澹之平常所乘坐的戰(zhàn)船羽儀旗幟十分豐盛。何無忌看到那船后說：賊帥必定不在那里。他們不過想詐我而已。我們應(yīng)當(dāng)開始猛攻。大家說：何澹之不在那船上，即使得到它也沒什么好處。何無忌說：現(xiàn)在我們眾寡不敵，勝利沒有把握。何澹之既然不在這船上，那么船上的士兵必定虛弱。我用精兵攻打它，一定能夠得手。一旦得手，對(duì)方的勢頭就癟了，而我們的士氣則倍增。然后乘勝進(jìn)軍，一定可以擊敗賊兵。劉道規(guī)說：有道理！便前往猛攻并奪得那只戰(zhàn)船。義軍然后趁機(jī)傳呼說：已捉得何澹之了！何澹之的水師大為驚擾。何無忌的部眾也以為真是這樣，果然士氣倍增，乘勝進(jìn)攻何澹之等人，結(jié)果把他們打得落花流水。何無忌等人因此攻克了湓口，進(jìn)據(jù)尋陽。何無忌接著派遣使者奉送宗廟的神像以及武康公主和瑯邪王妃回到京師。朝廷于是加劉裕負(fù)責(zé)江州的軍事。

在桑落戰(zhàn)役中，桓玄的部將胡藩所乘的戰(zhàn)船被義軍燒毀，胡藩全身披鎧摔入水中，在水下潛行了三十多步，然后才得以登岸。當(dāng)時(shí)江陵道路已經(jīng)斷絕，胡藩只好回到豫章。劉裕歷來聽說胡藩為人忠義正直，便請(qǐng)他來參議軍事。

桓玄回到荊郢一帶后，召募水軍制造樓船、器械，收集荊州的兵馬。不到一個(gè)月，又有了部眾二萬人，樓船和器械也都十分豐盛?；感狞h羽們說：愛卿們選擇了正路，跟從朕躬。京都下頭那些竊取高位的人正準(zhǔn)備到我的軍門來謝罪時(shí)，看到愛卿們進(jìn)入了石頭城，會(huì)覺得就像天兵下降一般。四月二十七，桓玄又率領(lǐng)各路大軍挾持著晉安帝東下?；感е偎覒?zhàn)船從江陵出發(fā)，任命苻宏為梁州刺史，派苻宏和羊僧壽為前鋒?；感€任命鄱陽太守徐放為散騎常侍，想派他去游說劉裕的部隊(duì)。他跟徐放說：他們那些人不識(shí)天命，做了如此狂妄的事來，因此懼怕大禍而聚結(jié)一塊，不能自拔。愛卿是三州所信賴的人，你可以去向他們表明朕的心意。如果對(duì)方愿意退兵解散，朕將會(huì)讓他們重新開始，各自可以得到一定的職位和任命，不會(huì)讓他們失望的。江水就在這里，朕不食言。徐放答道：劉裕為首倡的領(lǐng)袖，劉毅的兄長被陛下殺了，這兩人是游說不了的。我將會(huì)申明圣旨給何無忌。桓玄說：愛卿的使命如果成功，朕將讓你為吳興太守。徐放于是受命，來到何無忌的部隊(duì)。

同時(shí)，劉裕任命諸葛長民負(fù)責(zé)淮北的軍事，出鎮(zhèn)山陽；任命劉敬宣為江州刺史。

劉毅、何無忌、劉道規(guī)、下邳太守平昌人孟懷玉率領(lǐng)部眾從尋陽西上。五月十七，與桓玄在崢嶸洲相遇。劉毅等人的兵力不滿萬人，而桓玄的士兵有好幾萬，大家都很害怕，想退回到尋陽。劉道規(guī)說：不能退回！彼眾我寡，強(qiáng)弱異勢。現(xiàn)在我們?nèi)绻窇植贿M(jìn)，必然會(huì)被對(duì)方趁勢打敗。這樣即使退到尋陽，又豈能堅(jiān)守得?。』感m然外頭有點(diǎn)英雄豪杰的虛名，其實(shí)內(nèi)心十分膽怯。加上他先前已經(jīng)失敗逃亡，他的部眾已經(jīng)沒有拼死的決心了。兩軍對(duì)陣，將領(lǐng)勇猛的才會(huì)戰(zhàn)勝，不在人數(shù)的多少。劉道規(guī)因此麾眾首先前進(jìn)，劉毅等人跟了上去。桓玄經(jīng)常在他的大戰(zhàn)船邊側(cè)蕩漾著他的小船，隨時(shí)準(zhǔn)備敗逃，所以他的部眾也都沒有斗志。劉毅等人趁風(fēng)縱火，無不爭先?；感牟勘娨虼舜鬄闈。瑹溯w重連夜逃遁。郭銓前往劉毅那里請(qǐng)降?；感蕦⒔y(tǒng)和馮稚等人聚集了四百人襲破尋陽城，但劉毅派建威將軍劉懷肅把他打敗。劉懷肅是劉懷敬的弟弟。

桓玄挾持著晉安帝乘著一艘孤船往西逃走，把永安何皇后和王皇后留在巴陵。殷仲文當(dāng)時(shí)在桓玄的船上，借口請(qǐng)求到其它船上去收集散卒，因此趁機(jī)背叛桓玄，帶著兩位皇后逃到夏口，然后回到建康。

五月二十三，桓玄和晉安帝回到江陵。馮該勸他繼續(xù)作戰(zhàn)，但桓玄不肯。他想逃到漢中投奔桓希，但人情乖戾沮喪，號(hào)令不行。第二天夜里，桓玄準(zhǔn)備好了打算出發(fā)，城內(nèi)卻已經(jīng)亂了?；感缓煤陀H近心腹一百多人乘馬從城西逃走。抵達(dá)城門時(shí)，左右隨從中有人在暗中想砍死桓玄，但沒有砍中。于是他的黨徒們自相殘殺，前后尸體交橫?；感銖?qiáng)得以上船，左右隨從都分散了，只有卞范之在身邊。

五月二十五，荊州別駕王康產(chǎn)帶著晉安帝進(jìn)入南郡府舍，太守王騰之帶領(lǐng)文武官員作為晉安帝的侍衛(wèi)。

桓玄快到漢中時(shí)，毛璩弟弟的兒子屯騎校尉毛修之派人引誘桓玄入蜀，桓玄答應(yīng)了。寧州刺史毛璠是毛璩的弟弟，死在任上。毛璩派他兄長的孫子毛祐之和參軍費(fèi)恬帶領(lǐng)幾百人，送毛璠的棺柩回江陵。五月二十六，他們和桓玄一行在枚回洲相遇。毛祐之和費(fèi)恬迎擊桓玄，矢下如雨。桓玄的嬖人丁仙期和萬蓋等人用自己的身體蔽護(hù)桓玄，結(jié)果都被箭射死?；感砩弦仓辛思?，他兒子桓昇當(dāng)即把箭拔去。益州督護(hù)漢嘉人馮遷抽刀上前，桓玄拔下頭上的玉導(dǎo)給他，想收買馮遷，但馮遷不肯接受?；感?zé)問道：你是何人？敢殺天子！馮遷說：我殺的只是天子之賊而已。于是當(dāng)場把桓玄殺了。桓玄死時(shí)三十六歲。他們同時(shí)還殺了桓石康和桓浚等五人并砍下他們的首級(jí)，庾頤之則戰(zhàn)死?；笗N說：我是豫章王，請(qǐng)諸君手下留情。毛祐之他們于是將桓昇送到江陵，在那里的東市處斬。

這月，王騰之帶著晉安帝的乘輿來到江陵，入居太府?；钢t同時(shí)聚眾沮中，為桓玄舉哀。朝廷任命毛修之為驍騎將軍。五月二十八，朝廷大赦，對(duì)那些被威逼而跟從桓玄的人一無所問。七月二十三，朝廷護(hù)送先帝們的神像回太廟。劉毅等人傳送桓玄的首級(jí)，掛在建康南城門朱雀門外的浮橋上示眾。觀看的百姓無不歡欣慶幸。

當(dāng)初，桓玄在宮中，總覺得內(nèi)心不安，好似被鬼神所困擾。他跟親信說：我擔(dān)心自己會(huì)死，所以和時(shí)間競賽。元興中年（403），衡陽地區(qū)有雌雞化為雄雞，八十天以后雞冠萎縮。比及桓玄建國于楚，衡陽屬于楚地。他從篡位直到敗亡，歷時(shí)共八十天。當(dāng)時(shí)有童謠說：長干巷，巷長干，今年殺郎君，后年斬諸桓。他的兇兆符會(huì)就是這樣。郎君指的是司馬元顯。

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