Phytozome 作為專門收錄植物基因組的網(wǎng)站，在基因組數(shù)據(jù)的下載、查詢、可視化瀏覽等方面做的也很不錯(cuò)，也是一個(gè)不錯(cuò)的基因組數(shù)據(jù)下載數(shù)據(jù)庫。

今天主要介紹一下該網(wǎng)站基因組如何下載，如何通過blast查詢同源基因，以及根據(jù)基因相關(guān)功能結(jié)構(gòu)域批量下載相關(guān)基因的CDS，PEP等序列信息；

基因組下載

該網(wǎng)站需要注冊登陸之后才能下載基因組數(shù)據(jù)：注冊也非常簡單，這里就不詳細(xì)說明了：注冊完賬號登陸就可以：https://phytozome.jgi.

登陸之后就可以去下載參考基因組，點(diǎn)擊download：

點(diǎn)擊之后進(jìn)入所有物種的下載網(wǎng)站，如果想下載擬南芥的數(shù)據(jù)可直接勾選想要的信息，就可以下載了，使用起來也很方便：

查找功能的基因序列，并批量下載：

以擬南芥基因組為例，查找Nucleotide binding site,NBS結(jié)構(gòu)域相關(guān)的基因，并批量下載其CDS等序列，以便用于做后續(xù)分析；如定量，設(shè)計(jì)引物，同源比對等等；

首先，回到首頁，點(diǎn)擊想要搜索的物種，和搜索的關(guān)鍵詞：

得到很多關(guān)于NBS相關(guān)的基因，共有128個(gè)基因如下：

批量下載這些基因的序列：先勾選所有基因，注意有翻頁，記得一起勾選上，再add一下：

然后就可以按下面的步驟下載想要的序列了，非常的方便：

當(dāng)然了，如果想看其中一個(gè)感興趣的基因具體的信息也非常的方便：只要點(diǎn)擊GB 可視化方法就可以：

點(diǎn)擊B顯示的效果：

點(diǎn)擊G顯示的效果，具體序列直接可以得到：

關(guān)于該基因的序列，功能，基因外顯子內(nèi)含子，同源蛋白，表達(dá)量等信息應(yīng)有盡有：

blast 比對查找同源序列

進(jìn)入blast搜秀界面，輸入序列，選擇要查找的物種，可以是多個(gè)(ctrl+)物種，就可以跨物種搜索同源序列了：

搜索結(jié)果如下，也可以批量導(dǎo)出，便于后續(xù)分析，是不是功能很強(qiáng)大？

另外，我們在網(wǎng)易云課堂上有更多的精彩教學(xué)視頻，您可以點(diǎn)擊以下鏈接進(jìn)行觀看！

更多生物信息課程：

1. 文章越來越難發(fā)？是你沒發(fā)現(xiàn)新思路，基因家族分析發(fā)2-4分文章簡單快速，學(xué)習(xí)鏈接：基因家族分析實(shí)操課程、基因家族文獻(xiàn)思路解讀

2. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)理解不深入？圖表看不懂？點(diǎn)擊鏈接學(xué)習(xí)深入解讀數(shù)據(jù)結(jié)果文件，學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組（有參）結(jié)果解讀；轉(zhuǎn)錄組（無參）結(jié)果解讀

3. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)深入挖掘技能-WGCNA，提升你的文章檔次，學(xué)習(xí)鏈接：WGCNA-加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析

4. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么挖掘？學(xué)習(xí)鏈接：轉(zhuǎn)錄組標(biāo)準(zhǔn)分析后的數(shù)據(jù)挖掘、轉(zhuǎn)錄組文獻(xiàn)解讀

5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及結(jié)果解讀、OTU網(wǎng)絡(luò)圖繪制、cytoscape與網(wǎng)絡(luò)圖繪制課程

6. 生物信息入門到精通必修基礎(chǔ)課，學(xué)習(xí)鏈接：linux系統(tǒng)使用、perl入門到精通、perl語言高級、R語言畫圖

7. 醫(yī)學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)挖掘課程，不用做實(shí)驗(yàn)也能發(fā)文章，學(xué)習(xí)鏈接：TCGA-差異基因分析、GEO芯片數(shù)據(jù)挖掘、GSEA富集分析課程、TCGA臨床數(shù)據(jù)生存分析、TCGA-轉(zhuǎn)錄因子分析、TCGA-ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析

8.其他課程鏈接：二代測序轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)自主分析、NCBI數(shù)據(jù)上傳、二代測序數(shù)據(jù)解讀。