統(tǒng)治中亞的察合臺汗國一分為二，西察合臺汗國被帖木兒帝國取代，帖木兒帝國又被烏茲別克汗國滅亡，中亞進入諸汗國并立時期；而東察合臺汗國繼續(xù)存在到1570年，被葉爾羌汗國取代。

葉爾羌汗國（1514—1680年）的建立者是賽依德（1487—1533年）。他出身于東察合臺汗國(1348一1514)的王室家族，生于吐魯番，其父是東察合臺汗國的第12任汗阿黑麻。阿黑麻在位時，把都城設(shè)在吐魯番。1501年，阿黑麻帶兒子賽依德前往塔什干支持馬哈木對抗昔班尼。東察合臺汗國被打敗，賽依德被棄于戰(zhàn)場，被當?shù)厝怂偷桨⒑谖簦摮沁_魯花赤巴耶濟德叛變，他被送到監(jiān)獄。他在與烏茲別克人的戰(zhàn)爭中被擒獲；開始了在中亞的流亡生活。

阿黑麻1504年死在阿克蘇，其長子滿速兒（1483年－1545年）在吐魯番即位，成為東察合臺汗國的第13任汗。1508年，賽依德積聚起來的一 點力量，被他的兄長滿速兒汗擊潰。年底，他抵達喀布爾(今阿富汗首都)投奔了他的表兄巴布爾——印度莫臥兒帝國的創(chuàng)建者。1514年春，流亡在喀布爾的賽依德召集舊部5千人馬，從費爾干納進攻南疆，擊潰南疆統(tǒng)治者杜格拉特部埃米爾阿巴拜克所率5萬軍隊，乘勝追擊至拉達克山，殺阿巴拜克，盡據(jù)六城。1514年9月，賽依德登上汗位，以葉爾羌（現(xiàn)在的莎車）為都城，歷史上稱之為葉爾羌汗國。

葉爾羌汗國建立之后，在東察合臺汗國境內(nèi)出現(xiàn)了兩個政權(quán)并存的局面。1543年，滿速兒汗死，子沙汗繼位。1565年，沙汗死于一次襲擊瓦刺的戰(zhàn)斗中。馬速王子自立為汗。1570年，葉爾羌汗國的第三代汗阿不都克里木(熱西德汗的次子) 派四個弟弟瑣非、馬黑麻、阿布撒亦和忽來失率軍東征，攻入吐魯番，俘虜馬速汗，吐魯番汗國（東察合臺汗國）滅亡。結(jié)束了自東察合臺汗國中期以后天山南路分為東西兩部的局面，實現(xiàn)了統(tǒng)一。

葉爾羌汗國的疆域包括吐魯番,哈密，塔里木盆地。汗國版圖的東方是嘉峪關(guān)、南方是西藏、西南是克什米爾、博羅爾,巴爾蒂斯坦,西方與蒙兀兒帝國為鄰，與烏茲別克以費爾干納谷地為界，北方以天山為界，與哈薩克相鄰。

葉爾羌汗國信奉伊斯蘭教，各和卓的勢力很大。后來分為黑山派和白山派，兩派互斗不已，直到亡國。白山派的支持者是哈薩克人,黑山派的支持者是吉爾吉斯人。白山派在喀什噶爾統(tǒng)治,黑山派在葉爾羌統(tǒng)治。因為后來很多大城市由吉爾吉斯人管理,因此葉爾羌汗國有時被稱為吉爾吉斯汗國。在阿布都克里木汗時期（1560年代至1590年代初），伊斯蘭教的“和卓”一派即開始進入葉爾羌汗國。阿布都克里木汗之子馬黑麻汗繼位以后，黑山派和卓受到汗王的大力支持，這一教派在葉爾羌汗國內(nèi)迅速發(fā)展。稍后，白山派也進入該國，要求分享黑山派的權(quán)力。兩派之間的矛盾越來越尖銳，甚至發(fā)生血腥廝殺。1670年（清康熙九年），黑山派擁立伊思瑪業(yè)勒為葉爾羌汗。伊思瑪業(yè)勒汗鎮(zhèn)壓白山派。白山派首領(lǐng)阿帕克和卓經(jīng)克什米爾逃往西藏。后來他假借五世達賴介紹的名義，前往準噶爾勾結(jié)渾臺吉噶爾丹。噶爾丹于1678年（康熙十七年）進軍葉爾羌，將伊思瑪業(yè)勒汗及其家族俘獲，帶回準噶爾，另立阿帕克和卓為傀儡國王。1680年葉爾羌汗國亡。