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從 “2018 冷泉港亞洲:癌癥與代謝” 會(huì)議林圣彩教授主題報(bào)告的演講內(nèi)容出發(fā),深度整理林教授 AMPK 系列研究重大成果和新發(fā)現(xiàn)的研究思路,以期幫助科研工作者能夠借助他山之石,在自己的領(lǐng)域巧耕耘,摘碩果。 圖 1:林圣彩 教授 冷泉港 2018 報(bào)告現(xiàn)場(chǎng) 3 月 26 日(本周一)晚,在 “2018 冷泉港亞洲:癌癥與代謝” 會(huì)議的主題報(bào)告上林圣彩教授帶來了 AMPK 最新的研究成果。林教授系統(tǒng)的介紹了 AMPK 作為糖感受器這一改寫教科書式發(fā)現(xiàn)的研究歷程。其通路逐步闡明的故事也為廣大科研工作者提供了很好的參照。 作為林教授的 “粉絲”,此次有幸在現(xiàn)場(chǎng)聽到了林教授風(fēng)趣的演講和研究歷程的故事,小編將林教授的分享再結(jié)合其科學(xué)發(fā)現(xiàn)和研究思路整理如下,希望能給大家?guī)硪稽c(diǎn)啟發(fā)。一隅之見,如有謬誤,望不吝賜教。 研究戰(zhàn)略:圍點(diǎn)打援,深挖洞,廣積糧 近 20 年來 [1],林教授課題組一直都在持續(xù)關(guān)注 Axin 蛋白相關(guān)分子及其作用機(jī)制。 Axin 是多結(jié)構(gòu)域支架蛋白,能與 APC、GSK-3β、PPA2 和 β-catenin 等蛋白相互作用形成復(fù)合物,是 Wnt 信號(hào)通路中的關(guān)鍵負(fù)調(diào)控因子。 林教授課題組早年就發(fā)現(xiàn)除了在 Wnt 信號(hào)通路的經(jīng)典作用,Axin 作為支架蛋白在 JNK 信號(hào)通路中也起到了多重作用 [2]。從相互作用蛋白入手闡明了整個(gè)信號(hào)通路的分子機(jī)理及生物學(xué)功能。此后又進(jìn)一步研究 Axin 同 p53 的關(guān)系與作用 [3-4],及其在 TGFβ 信號(hào)通路中的功能和機(jī)制 [5]。將 Axin 的生物學(xué)意義在發(fā)育分化、細(xì)胞生長(zhǎng)、凋亡、腫瘤研究領(lǐng)域進(jìn)行了深入挖掘,產(chǎn)生了系列研究成果。 隨后林教授課題組又逐漸將研究的目光轉(zhuǎn)向細(xì)胞代謝相關(guān)的信號(hào)通路,并在 AMPK 的研究中取得了修改經(jīng)典教科書級(jí)別的發(fā)現(xiàn)。林教授在同一個(gè)蛋白上深度挖掘,從一條通路擴(kuò)展到相關(guān)的多條信號(hào)通路,進(jìn)而又涉及到了不同學(xué)科領(lǐng)域,闡述跟同一個(gè)蛋白相關(guān)的其他通路的功能新發(fā)現(xiàn),并能夠持續(xù)的高水平產(chǎn)出。這除了需要能夠洞見 Axin 這樣蛋白的多通路橋梁作用的戰(zhàn)略眼光之外,還需要課題組有成熟完備的技術(shù)平臺(tái)和辛勤努力的科研人員。 Toolbox 如何修煉自己的戰(zhàn)略眼光?首先需要對(duì)經(jīng)典通路的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)及其上下游有充分的理解,CST 通路幫您搭建信號(hào)通路、蛋白相互作用的既微小又宏大的世界觀: 圖 2:經(jīng)典的 WNT 信號(hào)通路中 Axin 起到關(guān)鍵調(diào)節(jié)作用,點(diǎn)擊??圖片查看 Axin 相關(guān)的更多經(jīng)典信號(hào)通路:MAPK、JNK、AMPK、Warburg、凋亡(Apoptosis)等。 “跨界分子” AXIN 的再次升華:在 AMPK-LKB1 互作機(jī)制中的功能,明確其代謝通路地位 作為細(xì)胞能量感受器,AMPK 可對(duì) AMP:ATP 比值升高做出反應(yīng)。在其激活后,可對(duì)補(bǔ)充細(xì)胞 ATP 供應(yīng)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路做出正向調(diào)控,這些通路包括脂肪酸氧化和自噬。AMPK 對(duì)消耗 ATP 的生物合成過程具有負(fù)向調(diào)控作用,包括糖異生、脂質(zhì)和蛋白質(zhì)合成。林教授風(fēng)趣而又貼切的將 AMPK 比喻為細(xì)胞感知 “貧窮” 狀態(tài)的關(guān)鍵蛋白。 AMPK 作為異源三聚體復(fù)合體出現(xiàn),內(nèi)含一個(gè)催化性 α 亞單位和調(diào)節(jié)性 β 和 γ 亞單位。AMP 結(jié)合到 γ 亞單位后,可變構(gòu)激活復(fù)合體,使其變?yōu)樘K氨酸 172 (T172)位點(diǎn)更易磷酸化的底物,在 α 亞單位的激活環(huán)中更易被主要的上游 AMPK 激酶 LKB1 磷酸化。因此 pAMPKα (T172)被 LKB1 磷酸化被看做是 AMPK 通路激活的標(biāo)志。 從 2013 年的 Cell Metab 文章開始 [6],林教授課題組開始將 AXIN 的研究拓展到了 AMPK 信號(hào)通路,首次報(bào)道發(fā)現(xiàn)了 AXIN-AMPK-LKB1 復(fù)合物相互作用的現(xiàn)象,確立 AXIN 在 AMPK 通路中的作用。其研究思路簡(jiǎn)單總結(jié)如下(詳細(xì)請(qǐng)見文末參考文獻(xiàn)原文): Figure 1, 2 多模型現(xiàn)象闡述:AXIN 對(duì) AMPK 激活和脂質(zhì)穩(wěn)態(tài)調(diào)節(jié)起到關(guān)鍵作用。
Toolbox 檢測(cè)指標(biāo)的篩選在表型研究中至關(guān)重要,CST 推出了很多小包裝抗體試劑盒,幫助大家多快好省初篩通路蛋白,以本文涉及到的 AMPK 相關(guān)的脂代謝領(lǐng)域?yàn)槔?/span>
表:CST 的 AMPK 相關(guān)的脂代謝領(lǐng)域小包裝抗體試劑盒。點(diǎn)擊查看用于靶點(diǎn)篩選的小包裝抗體試劑盒。 Figure 3 機(jī)制說明:AXIN-AMPK-LKB1 復(fù)合物證明。
Figure 4 深入機(jī)制:AMP 增加 AMPK-AXIN 親和力。
Figure 5 找到突破點(diǎn),夯實(shí)機(jī)制:AMPK 的豆蔻?;瘜?duì) AMPK-AXIN 親和力增加是必須的。
Figure 6 探索上游因素,解釋現(xiàn)象:AXIN 影響 AMPK 是通過 LKB1 進(jìn)行的。
所用技術(shù):coIP、Pulldown、siRNA。 圖 3:AXIN-AMPK-LKB1 相互作用現(xiàn)象闡述和機(jī)制證明,及作用模式圖 [6]。 此文證明了 AXIN 是一個(gè)橋梁,不僅在經(jīng)典的 Wnt 通路中起作用,而且也 “意外發(fā)現(xiàn)” 其將 AMPK 和其上游激酶 LKB1 連接在一起 [7]。此三者形成一個(gè)復(fù)合體,促進(jìn) LKB1 對(duì) AMPK 的磷酸化激活,使得 AMPK 的活性升高,從而完成信號(hào)傳遞過程。當(dāng)時(shí)這篇文章認(rèn)為 AMP 在其中起到最關(guān)鍵的作用,而尚未明確此文中采取的糖饑餓這種刺激因素實(shí)際上也能成為 AMPK 還是糖感受器的一個(gè)證據(jù),也為后面更升華的研究埋下伏筆。 “順藤摸瓜” 發(fā)現(xiàn) v-ATPase - Ragulator 復(fù)合物是代謝控制的中心:可調(diào)節(jié) mTORC 和 AMPK 的開關(guān) AMPK 之外,mTOR 也是細(xì)胞代謝通路的一條主要通路。mTORC1 是重要的生長(zhǎng)調(diào)節(jié)因子,能夠控制調(diào)節(jié)脂質(zhì)合成代謝、增殖、蛋白翻譯合成等一系列合成代謝途徑。相對(duì) “貧窮” 感知者:分解代謝通路的 AMPK,林教授將合成代謝通路的 mTOR 比喻為細(xì)胞感知 “富足” 狀態(tài)的關(guān)鍵分子。 小分子 GTP 酶 Rheb,在與 GTP 結(jié)合的狀態(tài)下,是 mTORC1 激酶活性所需的強(qiáng)效刺激劑,并且受到其 GAP(即TSC1/2)的負(fù)性調(diào)控。在經(jīng)典通路中,絕大多數(shù)上游輸入信號(hào)通過 Akt 和 TSC1/2 來調(diào)節(jié) Rheb 的核苷酸負(fù)載狀態(tài),AMPK 對(duì) mTORC1 的負(fù)調(diào)控也不例外。 與這種通過 “PI3K/Akt – TSC 復(fù)合物- Rheb” 軸的中心調(diào)控方式相對(duì)應(yīng)的,氨基酸信號(hào)以獨(dú)立于軸的方式將信號(hào)指向 mTORC1 ,并促進(jìn) mTORC1 轉(zhuǎn)運(yùn)到溶酶體表面,在溶酶體可與 Rheb 接觸并激活。這一過程由多種復(fù)合體的協(xié)調(diào)行動(dòng)來介導(dǎo),主要包括 v-ATPase – Ragulator - Rag。 Rag 是一類 GTPase,由 A、B、C、D 四個(gè)成員組成,Rag A/B 的 GTP 結(jié)合形式能將 mTORC1 轉(zhuǎn)位到內(nèi)涵體表面。Ragulator 復(fù)合物是由 LAMTOR 1/2/3/4/5 組成的五聚物,能將 Rag 定位到內(nèi)涵體膜,并且可以作為其鳥苷酸交換因子(GEF)。V-ATPase 能夠感受能量和營(yíng)養(yǎng)狀態(tài),刺激 Ragulator 的 GEF 活性,進(jìn)而使得 Rag A/B 由 GDP 結(jié)合形式轉(zhuǎn)化為 GTP 結(jié)合形式,從而增加 Rag 同 mTORC1 的親和力,最終導(dǎo)致 mTORC1 轉(zhuǎn)位到溶酶體表面 [8]。 圖 4:經(jīng)典的 mTOR 信號(hào)通路。點(diǎn)擊查看 mTOR 信號(hào)通路的簡(jiǎn)介和熱門靶點(diǎn)抗體產(chǎn)品。 那么,在經(jīng)典的 “TSC 復(fù)合物- Rheb” 軸之外,是否還存在 AMPK 對(duì) mTOR 調(diào)控的另外作用機(jī)制?在不同能量和營(yíng)養(yǎng)狀態(tài)下這兩條經(jīng)典的通路如何對(duì)話?林教授課題組 2014 年發(fā)表的論文給出了證明:溶酶體 v-ATPase - Ragulator 復(fù)合物是 AMPK 和 mTORC1 的共同激活因子,是合成代謝和分解代謝的重要開關(guān) [8]。其研究思路簡(jiǎn)單總結(jié)如下(詳細(xì)請(qǐng)見文末參考文獻(xiàn)原文): Figure 1 明確第一主角和前文關(guān)聯(lián): LAMTOR1 在 AXIN 激活 AMPK 作用中是必須的。
Figure 2 第一主角調(diào)控細(xì)節(jié)闡明:葡萄糖饑餓介導(dǎo) Ragulator-AXIN/LKB1-AMPK 復(fù)合物在內(nèi)涵體形成。
Figure 3 做實(shí)調(diào)控功能,確實(shí)是全新發(fā)現(xiàn)的通路:LAMTOR1 降低 pAMPK 激活所需的 AMP 濃度閾值。
Figure 4 進(jìn)一步鏈接框架,印證新穎性:AXIN 在 LKB1 轉(zhuǎn)位至內(nèi)涵體過程中起到支架蛋白的作用。
Figure 5 再點(diǎn)出第二主角:v-ATPase 和 Ragulator 共同扮演主要感受器促使 AXIN/LKB1 的轉(zhuǎn)位
Figure 6 第二主角的功能和機(jī)制再明確:AXIN 在 v-ATPase 抑制導(dǎo)致的 mTOR 從內(nèi)涵體解離中起到協(xié)助作用
Figure 7 鏈接到經(jīng)典通路的功能中,完善整體機(jī)制: AXIN 抑制 Ragulator 對(duì)Rags 的 GEF 活性,補(bǔ)上機(jī)制作用鏈條的最后一環(huán)節(jié)
圖5:溶酶體 v-ATPase- Ragulator 復(fù)合物是 AMPK 和 mTORC1 的共同激活因子,是合成代謝和分解代謝的重要開關(guān)機(jī)制證明,及作用模式圖 [8]。 此研究的重要意義在于經(jīng)典的兩大細(xì)胞代謝通路由于 AXIN - V-ATPase– Ragulator-Rag 互作復(fù)合物的存在,在溶酶體上關(guān)聯(lián)到了一起。發(fā)現(xiàn)了一條區(qū)別于經(jīng)典 AMPK-mTOR 調(diào)控模式的新途徑。以 mTOR 為代表的合成代謝途徑和以 AMPK 為代表的分解代謝途徑,實(shí)際上有著之前為人不知的更廣泛的聯(lián)系和密切相互作用 [7]。這也為代謝穩(wěn)態(tài)的分子機(jī)制探索和相關(guān)藥物作用機(jī)理的發(fā)現(xiàn)和開發(fā)提供了重大依據(jù)。 “萬能神藥” 二甲雙胍作用機(jī)制的揭示就提供了一個(gè)有力證明。林教授課題組的進(jìn)一步研究還發(fā)現(xiàn)了二甲雙胍能通過 V-ATPase – Ragulator,作用于 AXIN-LKB1,最終激活 AMPK 并抑制 mTORC,為揭示經(jīng)典藥物的藥理機(jī)制提供了重要參考 [9]。 打通 “任督二脈”:AMPK 感知葡萄糖的全新方式被發(fā)現(xiàn) 在發(fā)現(xiàn)了 AXIN 能在 AMPK 通路中起作用,并且接著又證明 AMPK 和 mTOR 兩條通路焦點(diǎn)控制開關(guān)的 V-ATPase – Ragulator 之后。上面實(shí)驗(yàn)的處理組:葡萄糖饑餓和 AMP 處理激活同時(shí)采用,似乎總是會(huì)引發(fā)一個(gè)問題:葡萄糖剝奪激活 AMPK,是否僅通過 AMP 的變化發(fā)生? 于是林教授課題組又做了大量工作,發(fā)現(xiàn) AMPK 對(duì)于葡萄糖的感知是通過前所未知的途徑進(jìn)行的:果糖 1,6-二磷酸(FBP)和醛縮酶(ALDO)可以介導(dǎo)AMPK 感知葡萄糖 [10]。其研究思路簡(jiǎn)單總結(jié)如下(詳細(xì)請(qǐng)見文末參考文獻(xiàn)原文): Toolbox 本文涉及的糖酵解過程中間化合物和酶較多,可以利用通路圖幫助回憶這些分子的關(guān)系。 圖 6:經(jīng)典的 Warburg 效應(yīng)信號(hào)通路,展現(xiàn)糖酵解關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)。點(diǎn)擊查看 Warburg 效應(yīng)信號(hào)通路的簡(jiǎn)介和熱門靶點(diǎn)抗體產(chǎn)品。 Figure 1 現(xiàn)象闡述,揭示新機(jī)制:葡萄糖饑餓激活 AMPK 不依賴于 AMP/ADP
Figure 2 做實(shí)表型的新通路:葡萄糖饑餓激活 AMPK 依賴于溶酶體途徑,排除能量應(yīng)激效應(yīng)
Figure 3 篩到關(guān)鍵代謝物:FBP 缺失是饑餓激活 AMPK 的關(guān)鍵代謝物信號(hào)
Figure 4 找到與關(guān)鍵代謝物互作的關(guān)鍵酶,補(bǔ)全機(jī)制:ALDO 是 FBP 作用于葡萄糖饑餓激活 AMPK 信號(hào)的物理連接點(diǎn)
圖 7:果糖 1,6-二磷酸(FBP)和醛縮酶(ALDO)可以介導(dǎo) AMPK 感知葡萄糖,及作用模式圖 [10]。
雖然這里只按照論文的正圖主線講解了行文的邏輯,但是背后大量的工作和嚴(yán)謹(jǐn)?shù)恼撟C,讓我充分信服 AMPK 作為糖感受器的堅(jiān)實(shí)分子基礎(chǔ)。這篇文章顛覆了傳統(tǒng)認(rèn)為的:AMPK 需要依賴于 AMP 結(jié)合才能活化的認(rèn)知。研究也開創(chuàng)了醛縮酶以及糖酵途徑成為 AMPK 調(diào)節(jié)新途徑,以及 AMPK 可以作為糖感受器調(diào)控代謝過程的新認(rèn)知 [10]。 文章還側(cè)面印證了 AMPK 作為能量感受器和糖感受器的雙重功能。這也是在急性葡萄糖饑餓期間,細(xì)胞 AMP:ATP 能量供給能維持不變現(xiàn)象的分子基礎(chǔ)。首先 AMPK 作為葡萄糖傳感器,其次作為監(jiān)測(cè)能量狀態(tài) AMP:ATP 的傳感器。AMPK 的雙重功能能夠獨(dú)立運(yùn)作,也會(huì)彼此增強(qiáng) [11]。這種能量和糖的穩(wěn)定對(duì)于細(xì)胞正常的生理功能穩(wěn)態(tài)的維持起到重要作用。 |
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