1599年秋，倫敦市場上的胡椒價格突然從每磅3先令上漲到8先令。對于這次價格爆漲聚集在羅斯伯瑞街的英國商業(yè)領(lǐng)袖和領(lǐng)袖們將此歸結(jié)于葡萄牙人和荷蘭人對香料的壟斷。在當(dāng)時的倫敦市長斯蒂芬尼的鼓動下，在場的貴族與紳士們紛紛表示愿意出資并于現(xiàn)場募集了30133英鎊的資本用以成立一家可以與葡萄牙人和荷蘭人競爭的公司并組建屬于公司的船隊。但是在向女王申請許可狀的時候，女王出于外交考慮僅對此表示默許的態(tài)度。到10月底，一支由5艘船總計1.5萬噸與500多名水手的船隊整裝待命。
　　
　　在1600年12月1日，鑒于和西班牙、荷蘭關(guān)于胡椒價格協(xié)商的失敗，在伊麗莎白女王批準(zhǔn)下英國東印度公司正式成立。當(dāng)時女王頒布的特許狀為期為15年，給予公司在非洲好望角以東地區(qū)貿(mào)易獨占權(quán)，并給予公司在所轄區(qū)域內(nèi)制定法律、受理行政和建立貿(mào)易據(jù)點的特權(quán)。并規(guī)定，公司每次航行輸出貴金屬與外國貨幣的上限為3萬英鎊。如英國公民在公司轄區(qū)之內(nèi)私自從事貿(mào)易活動，其貨物一律充公，其中一半歸于英國國庫。
　　
　　在東印度公司特許狀被批準(zhǔn)后，公司立刻任命托馬士·史密斯爵士為總經(jīng)理，他曾經(jīng)作為莫斯科公司和利特凡公司的主要負(fù)責(zé)人而享有良好的商譽(yù)。而作為第一次航行的船長人選，東印度公司最終選擇了當(dāng)時英國最富有海上劫掠經(jīng)驗的詹姆士·蘭開斯特船長。就這樣，在1601年4月8日，蘭開斯特船長以紅龍?zhí)枮槠炫瀻е拇犈c價值7.2萬英鎊的各種商品出發(fā)了。
　　
　　在7個月后，公司迎來了他們第一筆買賣：搶劫了一艘葡萄牙商船。到第二年的6月5日，到達(dá)東印度群島亞齊的蘭開斯特船長利用當(dāng)?shù)赝镣跖c葡萄牙人的矛盾簽署了有利于英國人的貿(mào)易協(xié)定。不過由于英國的貨物并不足以換取足夠的香料，于是英國人就一路向東邊搶邊貿(mào)易渡過了那一年的剩余時間，并在此期間和萬隆等地的土王簽署了相關(guān)的貿(mào)易條約。到1603年2月20日蘭開斯特船長率領(lǐng)船隊返航于同年9月11日返回英國。在之后的10年里，公司總共進(jìn)行了16次航行，除了第四次航行因遭遇海上風(fēng)暴而導(dǎo)致全損外，其他航行平均每次都給東印度公司帶來不少于本金三倍的利潤。并且，自1612年起英國東印度公司效仿荷蘭東印度公司的經(jīng)營模式開始采取了合股投資的經(jīng)營模式，不僅降低了風(fēng)險而且更大的刺激了公司的資本積累。很快，公司的資本就象滾雪球一樣迅速膨脹，公司的經(jīng)營不僅在東印度群島開展并一度延伸至中國的廈門和日本。不過，英國人在日本九州登陸后因在當(dāng)?shù)卦庥龊商m人勢力的壓制貿(mào)易進(jìn)展并不順利，最后在1623年東印度公司退出了在日本的經(jīng)營。
　　
　　東印度公司，在日本的遭遇實際意味著當(dāng)時作為海上霸主的荷蘭人已經(jīng)開始把英國人視為對手與勁敵加以對待，荷蘭人的反擊開始了。